沈称意
- 作品数：5 被引量：2H指数：1
- 供职机构：上海大学理学院数学系更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：理学自动化与计算机技术化学工程更多>>
- DC-CLUSTER软件的设计与开发
- 2008年
- 目前,基因芯片的信息挖掘已成为生物信息学研究的热点之一,引起了广泛的重视。特别是高密度的DNA微阵列,由于它荷载了成千上万个DNA片段,可用于高通量的生物学检测,其开发和利用已进入商业化阶段,而其信息处理和信息挖掘更受关注。本文介绍了基因芯片分析中聚类分析软件的设计与实现过程,并对软件系统结构、功能模块、关键技术进行了阐述。该软件能完成基因芯片分析中聚类分析工作。它的开发为从事基因芯片分析的研究人员提供了有效的数据处理和分析工具。
- 李冯沈称意王翼飞
- 关键词：生物信息学基因芯片聚类分析差异基因
- 应用支持向量机预测蛋白质相互作用位点被引量：1
- 2008年
- 蛋白质相互作用位点的识别对于突变设计和预测蛋白质相互作用的网络是非常重要的.基于支持向量机学习方法,该文提出一种用于预测蛋白质相互作用位点的有效数据属性抽取方法,该方法利用蛋白质的序列信息、蛋白质残基的可及表面积和进化率来构造向量,通过十倍交叉验证来对数据进行训练和预测.实际计算的结果显示,该方法的准确率为72.19%,比只利用序列信息和进化率信息的方法提高了5.71%.
- 孟炜王飞飞彭新俊沈称意王翼飞
- 关键词：支持向量机
- 蛋白质系统突变分析及系综优化算法的计算机实现
- 随着后基因组时代的到来，蛋白质组学以及功能蛋白质相关研究的兴起，蛋白质作为重要的生物大分子，其结构与功能之间关系的研究越来越引起人们的重视。蛋白质结构与功能之间关系的阐明，将有助于理解蛋白质行使其特有生物功能的结构基础，...
- 沈称意
- 关键词：突变分析蛋白质组学功能蛋白质生物功能
- 文献传递
- 蛋白质系统突变分析及系综优化算法的计算机实现
- 2008年
- 蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段,由于常规的实验方法费时费力,计算机模拟蛋白质位点系统突变,并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要.介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方法,利用系综优化算法对各突变体的自由能进行计算,并提出合理的评估标准.与现有的生物学实验结果相比较,计算机模拟计算的正确率为69.23%,假阳性率为30.77%.
- 沈称意李冯彭新俊刘祥王翼飞
- 关键词：突变分析
- 基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测被引量：1
- 2006年
- 蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%.
- 刘阳张冬宁邵建林沈称意汤正诠王翼飞
- 关键词：支持向量机剖面
