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棉花阿拉伯半乳糖蛋白基因的克隆、表达与染色体定位分析: 2010年; 陆地棉李氏超短纤维突变体(Li1li1)是显性单基因突变体,表现为茎秆、叶片卷曲,纤维短至6mm,其隐性纯合体(li1li1)则表现为株型和纤维发育都正常。对开花后10d的李氏纤维发育正常材料(li1li1)和超短纤维突变体(Li1li1)胚珠纤维混合体进行mRNA差异显示反转录PCR(DDRT-PCR)分析,获得1条在李氏纤维发育正常材料中上调表达的差异片段。进一步通过5'RACE技术获得全长为621bp的cDNA,测序及DNA序列的生物信息学分析表明该cDNA片段与拟南芥编码阿拉伯半乳糖蛋白基因AGP14有52%相似性,故命名为GhAGP。表达特征分析表明,该基因在陆地棉根、茎、叶和纤维中组成性表达,在棉纤维中优势表达。基因组序列分析显示,该基因在二倍体棉种非洲棉和雷蒙德氏棉中各有1个拷贝,在四倍体棉种陆地棉TM-1和海岛棉海7124中分别存在2个拷贝,表明A、D亚组中各有1个拷贝。利用本实验室陆地棉遗传标准系TM-1和海岛棉海7124培育的含140个单株的BC1作图群体,将GhAGP基因的2个拷贝分别定位在四倍体棉花部分同源转化群染色体6和染色体25上。; 王磊田亮亮朱一超蔡彩萍赵亮张天真郭旺珍; 关键词：棉花纤维突变体克隆基因定位

用于区别不同棉花品种基因组特征的微卫星位点筛选被引量：6: 2012年; 保守性强、重复性好、多态性高的微卫星位点可被有效用于构建作物DNA条形码。选取目前生产上主要推广种植、代表不同来源系统的12个棉花品种作为微卫星位点筛选材料,参考已构建的四倍体栽培棉种种间高密度遗传图谱信息,从376对覆盖全基因组的SSR引物中,筛选出51对引物可扩增出带型清晰且多态性高的微卫星位点。这些引物在12个供试品种中共产生155个等位位点,每对引物揭示的等位基因位点在2~7之间,平均值为3.04。参照微卫星位点的染色体定位和多态信息,在每条染色体上选择一个多态性相对高的SSR位点,其相应的26对SSR引物被推荐为构建棉花品种DNA条形码的一套首选引物,并初步应用于12个品种的DNA条形码编制。其余25对引物作为候选引物。使用该套引物扩增出的微卫星位点可用于大量棉花品种DNA条形码构建,为棉花品种真实性和纯度的分子鉴定奠定基础。; 赵亮蔡彩平梅鸿献郭旺珍; 关键词：棉花微卫星位点 DNA条形码

海岛棉EST-SSRs分布特征及新标记的开发与利用被引量：2: 2010年; SSRs标记已成为目前应用最为广泛的一种分子标记.相较之其他棉种,海岛棉的ESTs及SSRs标记资源均相当匮乏.本研究利用本实验室2个纤维cDNA文库随机测序获得的海岛棉ESTs序列,进行海岛棉EST-SSRs分布特征分析及新SSRs标记开发与应用研究.通过对9697条非冗余ESTs序列分析,共发现SSRs位点638个,分布于595条ESTs中,EST-SSRs序列的频率是6.13%,平均相隔10.4kb出现一个SSR.在2～6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(26.6%),其次是六核苷酸重复(26.0%)和五核苷酸重复(25.9%).在所有重复基元类型中所占比例最大的是(AAG)n.利用Primer3及virtualPCR程序开发SSRs引物,并去除来源于海岛棉自身部分同源序列以及与CMD释放的不同棉种冗余SSRs引物后,获得380对棉花新SSRs引物.进一步对本实验室四倍体作图亲本陆地棉TM-1和海岛棉海7124进行多态性检测,其多态率为25.8%.利用BC1作图群体,将来源于82对引物的95个多态位点定位在我室构建的海陆遗传图谱上,其中42个定位在At亚组,53个定位在Dt亚组.研究结果为进一步饱和棉花遗传图谱以及开展基于图谱的比较基因组研究奠定了基础.; 吕远大蔡彩平王磊林绍艳赵亮田亮亮吕俊宏张天真郭旺珍; 关键词：海岛棉 EST-SSRS 多态性

四倍体载培棉种高密度遗传图谱的加密及棉花红析R1和茸毛T1基因的精细定位: 棉花是世界性重要的经济作物之一，棉纤维的品质和色彩可以大大提升其经济价值。高密度的遗传图谱是植物基因组研究的基础。可有效阐明基因组的结构特征，为重要性状基因的精细定位和图位克隆奠定基础。棉花叶片密生茸毛和红株性状均由单显...; 赵亮; 关键词：四倍体染色体定位

两个棉花β-葡聚糖酶新基因的结构与表达特征分析被引量：2: 2011年; β-葡聚糖酶是一类能降解β-葡聚糖的水解酶。本研究分别通过电子克隆和棉纤维发育cDNA文库筛选法克隆到2个棉花β-葡聚糖酶新基因,内切-1,4-β-葡聚糖酶基因(GhEG,GenBank登录号为HM462003)和1,3-β-葡聚糖酶基因(GhGLU,GenBank登录号为HM462004)。GhEG全长ORF为1581 bp,编码526个氨基酸残基。GhGLU全长ORF为1 410 bp,编码469个氨基酸残基。基因组水平分析表明,GhEG含5个内含子和6个外显子,而GhGLU无内含子,仅1个外显子。新克隆的2个基因在二倍体棉种非洲棉和雷蒙德氏棉中含1个拷贝,而在四倍体陆地棉和海岛棉中存在2个拷贝。通过开发SNP标记分别将GhEG和GhGLU在四倍体中的1个拷贝定位在第19染色体和第4染色体上。Q-PCR表达分析表明,GhEG在根、茎、叶中表达水平很低,而在纤维伸长期优势表达,在15 DPA和20 DPA纤维中,该基因在海岛棉海7124中的转录本显著高于陆地棉TM-1。GhGLU在根、茎、叶及纤维发育不同时期均有表达,属于组成性表达基因,特别在根、纤维发育初始期和伸长后期优势表达,且表达水平在陆地棉TM-1和海岛棉海7124间也有显著差异。; 董佳蔡彩平王立科赵亮张天真郭旺珍

四倍体栽培棉种高密度遗传图谱的加密及棉花红株R1和茸毛T1基因的精细定位: 棉花是世界性重要的经济作物之一,棉纤维的品质和色彩可以大大提升其经济价值。高密度的遗传图谱是植物基因组研究的基础。可有效阐明基因组的结构特征,为重要性状基因的精细定位和图位克隆奠定基础。棉花叶片密生茸毛和红株性状均由单显...; 赵亮; 关键词：四倍体候选基因 T1 WRKY; 文献传递

陆地棉红株基因(R_1)的精细定位被引量：6: 2009年; 利用陆地棉遗传背景的海岛棉染色体16置换系材料Sub16和陆地棉多基因标记系T586创建了含1259个单株的F2作图群体,结合本实验室最新的栽培四倍体棉种种间分子遗传图谱上染色体16的标记信息,利用分子标记技术,对红株基因R1进行精细定位.在F2分离群体中,红株性状分离比符合孟德尔1:2:1的分离,进一步证明该性状是由一不完全显性单基因控制.利用JoinMap3.0连锁分析软件,使用含237个单株的F2小群体完成红株基因R1的初级定位,进一步利用含1259个单株的F2大群体将该基因精细定位在NAU4956和NAU6752之间,与最近标记的遗传距离为0.49cM.研究结果为进一步克隆该基因及培育红色彩棉转基因品种提供了研究基础.; 赵亮蔡彩平张天真郭旺珍; 关键词：棉花分子标记

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赵亮