陈之遥
- 作品数：6 被引量：42H指数：5
- 供职机构：南京大学医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项江苏省科技支撑计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 高通量水凝胶芯片检测Y染色体微缺失方法的建立
- 2012年
- 目的:建立一种高灵敏度、高特异性、低成本的通用水凝胶芯片检测平台,用于临床筛查Y染色体微缺失。方法:以含公用序列的特异性延伸引物对检测位点进行延伸,延伸过程中Cy5-dUTP的掺入使产物被标记上荧光,再与丙烯酰胺修饰公用探针杂交将延伸产物固定于水凝胶芯片上,电泳去除游离的Cy5-dUTP后进行荧光扫描分析,并优化水凝胶芯片检测方法的条件。结果:采用水凝胶芯片检测方法对9例样本的SY254位点检测,检测结果为3例正常,6例微缺失(1例女性样本作为阴性对照),与传统的PCR-电泳检测结果一致。结论:初步建立了一种检测微缺失的水凝胶芯片平台,为Y染色体微缺失的诊断提供了新技术,提高了男性不育的诊疗水平。
- 李佑志陈之遥王慧黄欢宋沁馨周国华
- 关键词：Y染色体微缺失
- 全血直接扩增结合焦磷酸测序法测定亚甲基四氢叶酸还原酶基因多态性被引量：7
- 2012年
- 亚甲基四氢叶酸还原酶基因677C>T和1298A>C两个位点的多态性与临床常用抗肿瘤药物甲氨喋呤及氟尿嘧啶的作用密切相关,对这两个位点多态性的检测能指导临床合理用药。为进一步缩短检测时间,降低检测成本,本研究建立了基于全血直接PCR的焦测序检测方法,采用"HpH Buffer"直接扩增全血模板,仅需1μL全血样本即可对两个位点进行高效扩增。扩增产物经碱变性法制备单链模板后进行焦磷酸测序,经过条件优化,仅需5μL扩增产物和1μL微球即可完成高灵敏的焦测序反应。为验证方法的准确性,检测了12例临床样本,均能正确检测两个位点的基因多态性。本研究为临床基因多态性检测提供了一种操作简便,耗时短,成本低,准确度高的方法,本方法可用于指导甲氨喋呤和5-氟尿嘧啶的个体化用药。
- 刘云龙陈之遥武海萍周国华
- 关键词：亚甲基四氢叶酸还原酶基因基因分型焦磷酸测序
- 新一代测序技术的研究进展被引量：10
- 2012年
- 大规模DNA测序技术是揭秘人类和其它生物遗传密码的重要技术,在分子生物学和基础医学领域有广泛应用。第二代测序技术的出现使DNA测序的通量大幅提高,测序的成本大幅下降,原来只有在大型测序中心才能完成的测序任务现在已经可以在更多的实验室展开。但是,早期的第二代测序技术仍然存在诸如文库构建过程复杂、测序成本依然较高等缺点。为了克服上述缺点,近三年发展了几种新的第二代和第三代测序技术,这些技术不仅继承了早期第二代测序技术通量高的优点,而且在文库构建等方面取得了重要突破,进一步简化了测序操作,降低了测序成本,缩短了测序时间。本文就几种最新的大规模测序技术的原理、特点与发展趋势进行简要介绍。
- 韦贵将邹秉杰陈之遥宋沁馨李佑志周国华
- 指数线性聚合酶链式反应法制备焦磷酸测序反应的单链模板被引量：9
- 2009年
- 建立了一种简单的焦磷酸测序用单链模板制备方法,以包含SNP6位点一段78bp序列为对象,采用非热启动Taq酶进行指数线性PCR扩增,通过加入甘油、BSA等PCR增强剂增加反应的效率和特异性,设计反应液A和B处理PCR产物中干扰焦测序的限制性引物、未完全反应的产物、焦磷酸和dNTPs等杂质,处理后1～2μLPCR产物就可直接用于焦测序检测。测定了BRCA1基因中5个乳腺癌相关的SNP位点,获得的图谱无非特异性信号,测得序列与参考序列一致,能够进行SNP分析,表明本方法可以制备高质量焦测序单链模板,且使焦测序的成本显著降低,操作更为简便,减少了操作过程中样本间的交叉污染,有利于焦测序样品预处理的自动化。
- 杨会勇奚涛梁超陈之遥徐定邦周国华
- 关键词：单核苷酸多态性
- 焦测序技术的研究进展被引量：17
- 2008年
- 焦测序技术是一种实时DNA测序技术。它在DNA聚合酶、三磷酸腺苷硫酸化酶、荧光素酶和三磷酸腺苷双磷酸酶4种酶的协同作用下,将焦磷酸转化为等量的荧光信号,通过荧光信号的高低实时检测待测序列,操作简便,可实现高通量、自动化测定,检测不需要电泳,不需要对样品标记和染色,结果准确可靠重复性好。本文综述了焦测序技术的基本原理、历史及其在测序模板制备技术、反应体系和检测仪器三个方面的最新进展,并重点介绍制备单链的Late-PCR技术、高灵敏度反应体系的获得以及454公司超高通量测序技术,并对焦测序技术的发展做了展望。
- 陈之遥周国华
- 关键词：高灵敏度微流控芯片
- 热玫瑰小双孢菌来源的丙酮酸磷酸双激酶的表达及应用被引量：5
- 2008年
- 以热玫瑰小双孢菌基因组DNA为模板,通过PCR扩增得到了编码PPDK的基因,将此基因片段插入到表达载体pET28a(+)中构建得到了重组表达质粒pET28a(+)-PPDK,将重组表达质粒pET28a(+)-PPDK转化到大肠杆菌BL21(DE3)中,经过IPTG诱导,重组菌成功表达了N端带有6-His Tag的重组PPDK。经SDS-PAGE分析,重组PPDK单体分子量为101 kD。经过镍亲和层析和超滤后,重组PPDK蛋白基本达到电泳纯,并被成功应用于焦测序中。
- 邹秉杰陈之遥周国华
- 关键词：PPDK大肠杆菌
