张书东
- 作品数：6 被引量：14H指数：2
- 供职机构：中国科学院昆明植物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学天文地球更多>>
- miR156靶基因SPL在植物中的系统分布和进化模式分析(英文)被引量：2
- 2012年
- Squamosa promoter-binding protein-like genes(SPLs)在植物发育过程中具有重要作用。很多SPLs被miR156调节,然而,对于它们在植物中的系统分布和进化模式还知之甚少。本文对9个测序物种(藻类,苔藓,石松,单子叶和双子叶植物)的183个SPLs进行了生物信息学分析。结果表明miR156应答元件(MREs)仅在陆生植物SPLs中发现,藻类中不存在。系统进化分析显示陆生植物SPLs分为两大分支:groupI和groupII。MiR156靶基因仅分布于groupII,表明它们有着共同的祖先。GroupII进一步分为7个亚支(IIa-IIg),miR156靶基因分布在除IId外的其余6个亚支的特定SPLs。系统分类与基因结构的相关性反映了SPL靶基因结构上的变化。在进化过程中,它们可能发生外显子的丢失且伴随MRE的丢失。另外,基因重复对SPL靶基因的丰度变化影响很大,尤其是被子植物与低等植物分歧后它们数量明显增加。以拟南芥为模式植物分析发现串联重复和片段重复是SPL靶基因扩张的主要机制。
- 凌立贞张书东
- 关键词：基因重复基因结构MICRORNA转录因子
- 被子植物及其关键类群的分子系统发育和演化
- 伊廷双李德铢李洪涛张荣金建军曲小健张书东
- 准确的系统发育关系是所有演化生物学研究的先决条件。基于少量分子片段的分子系统学研究解析了大量系统发育关系，但被子植物及经历了快速辐射分化和复杂演化历史类群的很多重要节点的系统关系尚未解决，成为学科发展的瓶颈。系统发育基因...
- 关键词：
- 关键词：被子植物分子系统发育
- 基于植物ITS2核基因DNA条形码对罂粟的鉴定方法
- 本发明提供基于植物核基因ITS2对罂粟科罂粟属罂粟(鸦片)的鉴定方法。该方法通过广泛调查罂粟属植物的分布区，采集到多个地点的样品，构建该属植物的ITS2序列的数据库，通过比对发现了罂粟特有的信息位点，在总长653bp的I...
- 杨志云杨俊波伊廷双张书东甘露
- 文献传递
- 国产悬钩子属绢毛亚组新资料(英文)被引量：2
- 2012年
- 报道了采自西藏墨脱县悬钩子属绢毛亚组Rubus subsect.Lineati(Focke)Yüet Lu两个中国新纪录种,即酒红悬钩子R.calophyllus Clarke.和炫丽悬钩子R.splendidissimus Hara.
- 张书东
- 关键词：新记录种
- 苹果叶绿体基因组特征分析（英文）被引量：10
- 2014年
- 苹果(Malus×domestica)是最重要的温带水果之一。为了能更好的了解本种的分子生物学基础,对已发布的苹果叶绿体全基因组序列进行了结构特征分析。结果显示苹果的叶绿体基因组全长为160 068bp,具有典型的被子植物叶绿体基因组的环状四分体结构,包含大单拷贝区(LSC),小单拷贝区(SSC)和两个反向互补重复区(IRs),长度分别为88184bp,19180bp和26352bp。基因组共有135个基因(20个基因分布在反向互补重复区,因此整个基因组包含115个不同的基因)。按照功能进行分类,这115个基因包括81个蛋白质编码基因,4个rRNA编码基因和30个tRNA基因。其中,ycf15,ycf68和infA三个基因包含多个终止密码子,推测可能为假基因。苹果的基因组结构,基因顺序,GC含量和密码子使用偏好均与典型的被子植物叶绿体基因组类似。在苹果的叶绿体基因组中,共检测到30个大于30bp的重复序列,其中包括21串联重复,6个正向重复和3个反向重复序列;并检测到237个简单重复序列(SSR)位点,大部分的SSR位点都偏向于A或者T组成。此外,每10000bp非编码区平均分布有24个SSR位点,而编码区平均有5个SSR位点,表明SSRs在叶绿体基因组上的分布是不均匀的。本文对苹果叶绿体基因组序列特征的报道,将有助于促进该种的居群遗传学、系统发育和叶绿体基因工程的研究。
- 金桂花陈斯云伊廷双张书东
- 关键词：苹果叶绿体基因组SSRS
- 云南巧家药山种子植物区系研究
- 云南巧家药山(以下简称巧家药山)位于云南省东北部，总面积202.25km2，包括药山片区和杨家湾片区。地处27°08′54″～27°25′31″N，102°57′47″～103°10′13″E之间。该地区海拔517～40...
- 张书东
