目的通过生物信息学分析研究结直肠癌与正常结肠粘膜间基因表达的差异,找出关键的差异表达基因,从而预测参与结直肠癌发生发展中的关键基因。方法从GEO表达谱数据库中下载表达谱基因芯片数据GSE50760(包括18例结直肠癌样本及配对的正常结肠粘膜组织)。利用Morpheus在线软件对基因芯片GSE50760的数据进行分析,获得在结直肠癌与正常结肠粘膜组织中差异表达的基因,并构建聚类分析热图。利用human protein atlas在线数据库获得差异表达基因在结直肠癌与正常结肠粘膜组织中的免疫组化表达水平。并进一步利用human protein atlas数据库的数据对差异表达基因在结直肠癌患者中的表达高低进行生存分析。结果通过分析GSE50760获得前100个差异表达的基因。利用human protein atlas在线数据库对这100个差异表达基因的免疫组织表达水平进行分析发现,FAM135B基因在结直肠癌组织中的表达比正常结肠粘膜中的表达明显下调。生存分析也提示当FAM135B基因高表达时,结直肠癌患者的预后相对较好。结论 FAM135B可能是结直肠癌中潜在的抑癌基因,其表达下调在结直肠癌的发生发展过程发挥重要作用,并可能成为判断结直肠癌患者预后的重要的生物学指标。
随着外科理念的更新以及外科技术的不断发展,保留十二指肠胰头切除术(duodenum preserving pancreatic head resection,DPPHR)已成为胰头良性、低度恶性肿瘤手术治疗的主要方式[1]。与经典的胰十二指肠切除术(Whipple术)相比,DPPHR避免切除过多的胰腺组织与周围脏器,提高了患者术后的生存质量,但手术操作难度较大。随着微创外科技术进步,腹腔镜DPPHR已在临床得到应用推广[2]。
目的:探讨热休克蛋白90ABl(heat shock protein 90 kDa alpha,class B member 1,Hsp90AB1)在肝细胞癌中的表达意义。方法:使用免疫组织化学染色方法检测肝细胞癌组织芯片中Hsp90AB1的表达。运用生物信息学技术分析肝细胞癌相关基因芯片GSE54238;在数据库GEPIA中分析Hsp90AB1基因在正常肝组织及肝癌组织中的表达,对肝癌患者根据Hsp90AB1的表达差异进行生存分析。qRT-PCR检测Hsp90AB1基因在正常肝细胞系及肝癌细胞系中的表达。结果:免疫组化实验发现,与正常肝组织相比,Hsp90AB1在肝癌组织中表达上调(P<0.05)。对基因芯片GSE54238的生物信息学分析显示Hsp90AB1基因在正常肝组织和肝癌组织中的表达存在差异。GEPIA数据库分析发现Hsp90AB1基因在肝癌组织中显著过表达(P<0.05)。生存分析显示,Hsp90AB1高表达的肝癌患者预后相对较差(P<0.01)。相对于正常肝细胞系,Hsp90AB1在肝癌细胞系中高表达(P<0.05)。结论:Hsp90AB1基因可能是肝细胞癌潜在的促癌基因,其高表达可能与肝细胞癌患者较差的预后相关。
