实蝇作为一类十分重要的经济类昆虫,其快速和准确鉴定一直是困惑各国植检,以及农林等部门的重要难题。“世界有害实蝇自动识别系统2.0”(AFIS2.0),针对实蝇科8属83种,基于深度学习框架,利用Mask-R-CNN模型对图像分割校准,根据Discriminative Deep Metric Learning原理,对预训练的AlexNet模型进行微调提取分割后特征,采用模板匹配法对图像分类鉴别;基于内嵌BLAST+程序及外源BOLD链接进行分子序列比对;依据固定比例权重融合图像及分子识别结果,构建集成镶嵌翅、胸、腹及分子信息的在线实蝇科自动识别系统。其主要包括数据输入、预处理、自动识别、结果显示及物种复核五模块。此外,本文还对“世界有害实蝇自动识别系统2.0”的主界面、功能菜单、主操作流程及一些其它功能进行了介绍,讨论了影响AFIS2.0识别准确度的因素,总结了主要特点,展望了未来应用和发展前景。经检测翅图像最佳识别率(识别结果列表中的Top1物种)达90%,翅、中胸背板和腹部背面图像的Top5平均识别率为94%。初步应用结果表明,可一定程度减少有害实蝇鉴定所需的搜索范围和鉴定时间,部分解决口岸及农林部门有害实蝇物种的自动鉴定和识别问题。