刘志杰
- 作品数：7 被引量：5H指数：2
- 供职机构：北京大学化学与分子工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学理学自动化与计算机技术更多>>
- 具有相同结构骨架的蛋白质环区肽库
- 在蛋白质结构数据库(PDB)中存在许多源于相同结构骨架而又具有不同序列和构象的环区。通过搜索PDB及结构相似蛋白家族数据库(FSSP),建立了一个具有101个环区家族的数据库,其中每个家族的环区均源于同一结构骨架。对各家...
- 李维忠刘志杰韩玉真来鲁华
- 关键词：肽库
- 文献传递
- 蛋白质分子与配体结合过程构象变化的研究被引量：2
- 2000年
- 蛋白质分子与配体的作用模式主要有直接的环区结合及铰链式结合两种方式.针对这两种不同的作用方式,我们提出采用不同的策略进行结合过程的构象研究.对于直接的环区结合模式,通过建立环区主链构象库,来实现蛋白质环区与配体的准柔性对接,并以链霉抗生物素蛋白体系为例对构象库建立的可行性进行了验证计算.对铰链结合方式,采用分步对接的方法进行计算,并具体应用于HIV蛋白酶与其小分子配体的结合过程.计算结果表明,这两种处理方法分别能较好地模拟不同类型的蛋白质与配体结合后的构象变化.
- 刘志杰江林李维忠韩玉真来鲁华
- 关键词：蛋白质配体构象变化
- 蛋白质结构预测与序列设计
- 蛋白质结构预测作为实验测定方法的重要补充,可以加深人们对决策蛋白质结构和功能的各种内在因素的认识,从而对药物设计和功能蛋白设计提供很大的帮助.同源结构预测是一种比较成功的蛋白质结构预测方法,可以预测得到较高精度的蛋白质骨...
- 刘志杰
- 关键词：蛋白质结构预测分子对接蛋白质设计
- 蛋白质功能环区肽库的合理筛选
- 1999年
- 改变蛋白环区序列是功能蛋白质设计的重要方法 .运用环区数据库的最新统计结果 ,凭借精确快速的环区构象计算程序 ,将分子对接算法与组合化学策略结合 ,提出了用计算机模拟筛选组合肽库以获得功能蛋白的合理方法 .其优势在于将主侧链计算分离 ,将侧链计算与分子对接结合 ,把巨大组合数量的构象和对接计算简化为少量正则构象的计算和侧链生长 。
- 李维忠刘志杰梁世德韩玉真来鲁华
- 关键词：蛋白质设计蛋白质工程
- 基于微扰突变的蛋白质侧链安装的遗传算法被引量：3
- 1999年
- 在侧链转子库的基础上， 我们提出了用于蛋白质侧链安装的微扰突变的遗传算法。它在常规单点突变的同时又采用了微扰突变的方法， 因而同时具有传统遗传算法和理论搜索模拟方法的特点。我们分别用均方根偏差能量函数和真实的能量函灵敏计算了单个蛋白质和蛋白与蛋白复合物结合区域的侧链构象。结果表明该方法优于传统的遗传算法， 能精确地重建蛋白质侧链的构象。
- 刘志杰李维忠韩玉真来鲁华
- 关键词：蛋白质构象
- 蛋白质-蛋白质相互作用研究与功能蛋白质设计
- 为更好了解蛋白质的作用网络,作者从四个方面作了基础研究,对蛋白质相互作用的研究同时也为理解蛋白质结构与功能的关系提供线索,为蛋白质的功能设计提供基础.
- 来鲁华分子动态与稳态结构国家重点实验室(北京)江林高莹刘士勇刘志杰梁世德韩玉真
- 文献传递
- 基于微扰突变的蛋白质侧链安装的遗传算法
- 链转子库的基础上，研究人员提出了微扰突变的遗传算法。它在常规单点突变的同时又采用了微扰突变的方法，因而同时具有传统遗传算法和理论搜索模拟方法特点。研究人员分别用均方根偏差能量函数和真实的能量函数计算了单个蛋白质和蛋白复合...
- 刘志杰李维忠韩玉真来鲁华
- 关键词：遗传算法
