孟祥坤
- 作品数：9 被引量：8H指数：2
- 供职机构：苏州大学医学部基础医学与生物科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 家蚕质型多角体病毒(苏州株)S10片段的cDNA克隆及序列分析被引量：4
- 2009年
- 为了探讨质型多角体病毒基因的遗传与变异,通过RT-PCR从家蚕(Bombyx mori)质型多角体病毒(Cytoplasmic Polyhedrosis Virus,CPV)苏州株(BmCPV-suzhou)的dsRNA中成功克隆了S10片段。该片段cDNA含有一个744bp的完整开放阅读框(ORF),编码由248个氨基酸残基组成的多角体蛋白,其分子量为28.46kD,等电点为7.12。比较不同宿主来源的CPV多角体蛋白基因氨基酸序列发现,同型CPV多角体蛋白基因高度相似,而不同型的CPV多角体蛋白之间几乎没有同源性;基于质型多角体蛋白基因的核苷酸序列和氨基酸序列的系统进化分析表明,BmCPV的不同株系与舞毒蛾(Lymantria dispar)CPV(LdCPV)和马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)CPV(DpCPV)聚为一类,表明三种CPV的亲缘关系较近。研究结果为深入探讨质型多角体病毒的变异与分子进化提供了新的参考。
- 马焕艳孟祥坤朱越雄薛仁宇曹广力贡成良
- 关键词：家蚕质型多角体病毒多角体蛋白
- BmCPV-SZ全基因组序列测定与分析及其多角体蛋白包装特性的研究
- 家蚕质型多角体病毒（Bombyx mori cypovirus，BmCPV）是家蚕幼虫的病原微生物之一，可以引起家蚕中肠性脓病，给养蚕业带来很大的损失。对BmCPV基因组进行克隆与分析可以为深入研究该病毒基因组的功能以及...
- 孟祥坤
- 关键词：家蚕质型多角体病毒系统进化分析多角体蛋白
- 文献传递
- 小菜粉蝶颗粒体病毒lef-3基因的克隆与分析被引量：1
- 2009年
- 【目的】研究杆状病毒lef-3基因的起源与进化,从分子水平明确病毒之间的亲缘关系。【方法】通过常规PCR方法获得小菜粉蝶颗粒体病毒晚期基因表达调控因子lef-3的基因片段,克隆后测序,然后利用软件对lef-3及编码序列进行生物信息学分析。【结果】克隆得到的PiraGVlef-3基因ORF序列中存在4个突变位点,但氨基酸性质未发生改变,推导PiraGV LEF-3蛋白含399个氨基酸残基,分子量为3.99kD;通过高级结构预测及其编码序列与其它杆状病毒的LEF-3同源性比对表明,该基因可能编码单链DNA结合蛋白;BLAST比对发现lef-3基因只存在于鳞翅目昆虫为宿主的杆状病毒基因组;进化分析表明LEF-3可分为3组,其中GV属的LEF-3聚类为1个组,NPV属的LEF-3聚类为2个组;GV的lef-3基因编码区的选择压力分析表明,大多数lef-3基因间相比较表现为负向选择,但不同lef-3基因间的Ka/Ks不同,也有正向选择;起源分析表明,杆状病毒lef-3基因可能来源于细菌。【结论】获得了小菜粉蝶颗粒体病毒(PiraGV)lef-3基因,通过生物信息学分析推测出了lef-3基因的起源进化规律。
- 孟祥坤贡成良薛仁宇曹广力朱越雄
- 关键词：进化起源
- BmCPV多角体蛋白对异源蛋白的包埋
- 探索家蚕质型多角体在体内对蛋白的包埋特性，对从从患病家蚕中肠纯化的BmCPV 蛋白进行液相色谱- 串联质谱分析，共鉴定了28种蛋白质，其中5种蛋白质BmCPV编码，23种蛋白质来自宿主家蚕，显示宿主蛋白可 以被包埋进Bm...
- 张轶岭孟祥坤潘中华郑小坚曹广力薛仁宇贡成良
- 关键词：家蚕质型多角体病毒多角体包埋串联质谱
- 文献传递
- 家蚕质型多角体病毒(苏州株)基因组片段8 cDNA克隆与分析
- 2010年
- 为研究家蚕质型多角体病毒(BmCPV1)的遗传与变异、探讨S8片段的功能,通过RT-PCR克隆BmCPV1苏州株(BmCPV1-SZ)S8的cDNA,并对其核苷酸序列(GenBank登录号:GQ150539)和编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:S8由1 328 bp构成,具有一个编码390个氨基酸残基的开放阅读框;在BmCPV1-SZ S8的编码氨基酸序列与BmCPV1-I和BmCPV1-H的一致性达93%,但与其他非CPV1型的相似程度较低;在推导的蛋白的氨基酸序列中间区域,具有E-丰富和P-丰富的区域,其局部区域的氨基酸序列与某些蛋白的功能(细胞周期控制、蛋白降解和RNA降解)区域的序列具有一定的相似性;结构域家族分析显示,BmCPV1-SZ S8编码蛋白属GcrA家族,具有与DNA结合的HTH结构域。Blocks分析显示,S8编码蛋白同时具有DNA聚合酶家族、RNA聚合酶2的结构功能域;高级结构分类显示,S8编码蛋白具有与TIM桶酶、肽酶、核苷三磷酸水解酶相似的同源结构。推测该蛋白具有转录调控因子和多功能酶的功能。基于S8编码的氨基酸序列的进化分析显示,相同类型的CPV聚为一类,同一宿主不同类型的CPV相距较远,推测CPV主要根据其类型聚类,而宿主昆虫对聚类的影响相对较小。
- 张晓荣孟祥坤朱越雄贡成良薛仁宇曹广力
- 关键词：家蚕质型多角体病毒RT-PCR克隆生物信息学
- 家蚕质型多角体病毒苏州株基因组片段2的克隆与分析
- 2011年
- 为了探讨呼肠孤病毒科依赖RNA的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RDRP)基因的遗传与变异,通过RT-PCR对家蚕质型多角体病毒(Bombyx moricytoplasmic polyhedrosis virus)苏州株(BmCPV-suzhou)的S2片段进行了分段克隆,对各克隆的测序结果进行拼接,获得了S2片段的全长序列。分析显示,BmCPV-suzhou S2片段的全长为3 854 bp(GenBank登录号:GQ924586),含有1个3 678 bp的编码RDRP基因的开放阅读框,并分别在5′和3′端发现了保守序列AGUAA和GUUAGCC。RDRP的氨基酸序列比对分析结果显示,BmCPV-suzhou与BmCPV-china、BmCPV-1、舞毒蛾(Lymantria dispar)CPV-1(LdCPV-1)、马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)CPV-1(DpCPV-1)、舞毒蛾CPV-14(LdCPV-14)、棉铃虫(Heliothis armigera)CPV-14(HaCPV-14)的相似性分别为99%、97%、94%、94%、54%、55%。基于RDRP氨基酸序列的系统进化分析表明,BmCPV的不同株系与LdCPV-1、DpCPV-1聚为一类。
- 刘卫星孟祥坤薛仁宇曹广力贡成良
- 关键词：家蚕质型多角体病毒RDRP
- BmCPV多角体蛋白对异源蛋白的包埋被引量：2
- 2011年
- 为了解家蚕质型多角体病毒(BmCPV)的多角体蛋白对异源蛋白的包埋作用,将BmCPV的多角体蛋白基因克隆至昆虫细胞表达载体pIZT/V5-His,转染家蚕卵巢培养细胞(BmN)后通过吉欧霉素(zeocin)筛选获得稳定表达多角体蛋白的细胞株。倒置荧光显微镜观察发现,转化BmN细胞有轻度的病理变化,细胞质中有呈绿色荧光的多角体蛋白结晶,但从转化BmN细胞中纯化的多角体无明显的绿色荧光。以修饰型线性化家蚕杆状病毒BmPAK6感染稳定转化BmN细胞,96 h后纯化多角体,回复感染显示多角体裂解液能感染家蚕BmN细胞,表明BmCPV多角体蛋白能包埋BmPAK6。纯化的多角体及多角体裂解液均能用X-gal显色,表明BmPAK6表达的β-半乳糖苷酶也能被BmCPV的多角体蛋白包埋。研究结果可为获得具有多角体的重组杆状病毒以及开发利用质型多角体蛋白包埋异源蛋白的功能提供新的技术途径。
- 张轶岭孟祥坤朱越雄曹广力薛仁宇贡成良
- 关键词：家蚕质型多角体病毒多角体杆状病毒
- 家蚕质型多角体病毒(苏州株)全基因组序列特征
- 从感染家蚕体内分离到一株质型多角体病毒并且命名为BmCPV-Suzhou，通过对该病毒纯化， 核酸提取与片段分离，经过RT-PCR和克隆测序，获得BmCPV1-Suzhou全基因组10条dsRNA（S1-S10） 的完整...
- 孟祥坤曹广力张晓荣朱越雄薛仁宇贡成良
- 关键词：家蚕质型多角体病毒系统进化分析RDRP
- BmCPV多角体蛋白对异源蛋白的包埋
- 为了探索家蚕质型多角体在体内对蛋白的包埋特性,对从从患病家蚕中肠纯化的BmCPV蛋白进行液相色谱-串联质谱分析,共鉴定了28种蛋白质,其中5种蛋白质BmCPV编码,23种蛋白质来自宿主家蚕,显示宿主蛋白可以被包埋进BmC...
- 张轶岭孟祥坤潘中华郑小坚曹广力薛仁宇贡成良
- 关键词：家蚕质型多角体病毒多角体包埋串联质谱
- 文献传递
