季星来
- 作品数：6 被引量：50H指数：3
- 供职机构：清华大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 基于结构的蛋白质超家族进化研究
- ＜正＞ 蛋白质超家族是在序列、结构和功能上具有一定的相似性和同源性而被认为具有相应的进化关系的若干类蛋白质家族的合称。蛋白质超家族的进化研究一直是分子进化研究领域的一个重要研究课题,对于在大的范围和大的进化尺度上进行蛋白...
- 季星来孙之荣
- 文献传递
- 假单胞菌中聚羟基脂肪酸酯合成酶基因的克隆与分析被引量：2
- 2002年
- 大多数二型聚羟基脂肪酸酯(Polyhydroxyalkanoates,PHA)合成酶(PhaC)发现于假单胞菌中,其基因组成形式为两个PhaC基因中间有一个PHA降解酶PhaZ基因.根据已知的假单胞菌PHA合成酶基因区域的特殊结构,设计了采用PCR方法从假单胞菌中克隆PHA合成酶基因的克隆方案,并成功地对一株硝基还原假单胞菌(Pseudomonasnitroreducens)和一株石竹伯克霍尔德氏菌(Burkholderiacaryophylli)中的PHA合成酶基因进行了克隆.将克隆得到的phaC1,phaZ和phaC23个基因所编码的氨基酸序列与其他6株已知PHA合成酶基因的假单胞菌的相应序列进行比较,发现这3个蛋白质在假单胞菌中的相似性很高,由phaC1,phaZ和phaC23个基因所组成的基因区域在假单胞菌中非常保守.从对PhaC1,PhaZ和PhaC2的系统进化树分析可以发现,这3个蛋白质与整个PHA合成酶基因区域的系统进化树有着一致的结构.这表明假单胞菌中的PHA合成酶基因区域可能起源于共同的祖先,而其形成可能经历了一次PHA合成酶基因加倍的过程.
- 丘远征张广季星来陈国强
- 关键词：假单胞菌克隆
- 基于结构的丝氨酸蛋白酶超家族进化分析被引量：22
- 2001年
- 丝氨酸蛋白酶是一类水解酶 ,得名于Ser195对底物的亲核攻击 .丝氨酸蛋白酶在长期进化过程中 ,虽然蛋白质序列之间的差异性很大 ,但仍然保持了一个稳定的核心催化结构 ;同时 ,丝氨酸蛋白酶也衍生出各种各样的生物学功能 .但是 ,序列的差异以及大量的复制现象使得丝氨酸蛋白酶超家族的进化研究进展缓慢 .本文用SSAP算法从结构比较的层次上进行蛋白质超家族进化的研究 ,分析了丝氨酸蛋白酶超家族结构与功能的演化 ,研究了丝氨酸蛋白酶结构上的进化及其对功能的影响 。
- 季星来孙之荣
- 关键词：分子进化分析
- SARS-CoV蛋白质组的生物信息学及其进化关系被引量：8
- 2003年
- 一种新的冠状病毒SARS-CoV是引起严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)的病原体,对由SARS病毒全基因组序列推导出的所有蛋白质逐一进行分子量、等电点、分子消光系数等物理化学性质计算,以及跨膜区和亚细胞定位预测,辅以保守序列家族数据库搜索,预测SARS-CoV功能未知蛋白质的功能,同时,通过SARS-CoV与其他冠状病毒蛋白质同源序列比较和进化距离计算,分析SARS病毒的分类地位以及与其他冠状病毒的进化关系。结果表明,尽管SARS病毒是不同于其他3组冠状病毒的一种全新冠状病毒,但在进化关系上更靠近牛冠状病毒BoCoV和鼠肝炎病毒MHV。为实验测定SARS病毒蛋白质组以及抗SARS疫苗研制提供了参考和帮助。
- 柳树群过涛季星来孙之荣
- 关键词：生物信息学进化严重急性呼吸综合征冠状病毒
- 用HMM挖掘基因表达谱数据的功能信息及分子进化研究
- 基因芯片技术是功能基因组学研究手段的一个重要突破，大规模基因表达谱数据为数据挖掘和知识发现提出了很大的挑战。该文发展了一种新颖的加权隐马尔可夫模型对基因表达谱数据进行功能分析，结果表明利用隐马尔可夫模型进行聚类分析能够得...
- 季星来
- 关键词：隐马尔可夫模型分子进化SARS冠状病毒
- Isomap在基因表达谱数据聚类分析中的应用被引量：18
- 2004年
- 基因表达谱数据的聚类分析对于研究基因功能和基因调控机制有重要意义。基于非线性降维算法等容特征映射 ,提出了一种新的大规模基因表达谱数据聚类算法 ,该方法改进了样本向量之间的距离度量 ,用测地距离代替传统的欧式距离 ,有助于挖掘高维数据内在的几何结构。将该算法应用于两个公开的基因表达数据集 ,并用一种新的评价方法Normalized Cut将聚类结果与其他聚类方法的结果进行了比较。结果表明 ,该文的聚类算法优于其他聚类算法 ,聚类结果具有明显的生物学意义 。
- 袁远季星来孙之荣李衍达
- 关键词：基因表达谱K均值算法聚类算法
