王靖 作品数:16 被引量:66 H指数:5 供职机构: 昆山市畜牧兽医站 更多>> 发文基金: 江苏省科技支撑计划项目 国家自然科学基金 江苏省产学研前瞻性联合研究项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
基于主成分分析构建梅山猪一般抗病力的评估模型 2015年 为构建梅山猪一般抗病力的评估模型,并评价A、B两个家系梅山猪的一般抗病力,分别检测了两个家系35日龄梅山猪血清中IL-2、IL-6、IL-10、IL-12、IFN-α和IFN-γ等6个重要细胞因子的浓度,并对这6个指标进行了主成分分析(PCA)。结果表明:前4个特征值基本反映了原先免疫指标的全部信息(累计贡献率达到88.744%),因此选取这4个指标作为主成分,通过建立主成分综合评价模型,比较梅山猪A、B两个家系主成分综合得分,A家系综合得分为0.207,而B家系综合得分为-0.207,因此说A家系梅山猪的一般抗病力高于B家系。研究初步确定了影响梅山猪一般抗病力的主成分,同时对梅山猪两个家系群体的一般抗病力进行了比较分析,以期为今后梅山猪一般抗病力的早期选育提供一定的指导和依据。 沈根明 杨建生 华国浩 王靖 吴圣龙关键词:梅山猪 细胞因子 基于简化基因组测序的娄门鸭遗传多样性评价 被引量:11 2022年 旨在通过分析娄门鸭保种群体的遗传多样性和群体结构来评估保种效果。本研究在娄门鸭保种群中随机选择同一世代163只90日龄的健康个体(39公,124母),翅静脉采血后提取基因组DNA,利用简化基因组测序技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNPs);利用R软件计算个体水平的多态信息含量(PIC)、固定指数(Fix-index)、香农信息指数(SHI)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)以及本研究自创的相对多态信息含量(rPIC)等6个遗传多样性指标,并比较分析了不同染色体水平的遗传多样性指标;同时利用admixture软件分析群体遗传结构,gcta软件分析群体主成分和个体间的亲缘关系,并分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及基因组近交系数F_(ROH),评估保种效果。结果显示,163只娄门鸭个体共检测到622205个SNPs位点,质控过滤后得到374455个高质量SNPs位点,其中50.70%的位点分布在NC_040046、NC_040047、NC_040048和NC_040049四个染色体中。娄门鸭群体PIC、Nei、Ne、SHI和rPIC指标值分别为0.1541、0.1929、1.336、0.2969和0.4109,对于SNPs而言,该群体38.80%的SNPs位点属于高度多态性位点,遗传多样性较为丰富;Fix-index值为0.3208,说明娄门鸭群体出现了分化,这与遗传结构、PCA和亲缘关系分析将娄门鸭群体划分为3个群体的结果一致。PIC、Nei、Ne和SHI四个指标分别在不同染色体上的分布规律均一致,且4个指标两两相关性均达到0.97以上,而Fix-index与其他4个指标的相关性较低,在0.23以下,说明可以选择Fix-index以及PIC等少数指标来评估娄门鸭群体的遗传多样性。163只娄门鸭个体共检测到2966条ROH,ROH片段长度主要集中在0~2 Mb区间;基于ROH得到的基因组近交系数F_(ROH)在公、母鸭中分别为0.0275和0.0433,说明娄门鸭保种群近交程度较低;具体到染色体水平,NC_040068、NC_040074染色体的F_(ROH)值分别达到0.3524和0.3193。结� 刘宏祥 沈永杰 张丽华 章双杰 章双杰 王靖 陈瑜哲 朱春红 朱春红 宋卫涛 陶志云 陶志云 徐文娟 刘红林关键词:近交系数 蛋氨酸螯合锌在畜牧业上的研究进展 2014年 蛋氨酸螯合锌是一种新型的有机矿物质添加剂,具有提高动物生产性能、饲料利用率,增加免疫力和抗病力等功能。文章就蛋氨酸螯合锌的含义、生物学作用及其在畜牧业上的应用作以综述。 林雨鑫 王靖关键词:蛋氨酸螯合锌 畜牧业 猪LBP基因电子克隆及生物信息学分析 被引量:5 2012年 利用电子克隆技术,以人脂多糖结合蛋白(LBP)基因(NM_004139)为种子序列,克隆猪LBP基因。结果表明:所克隆的LBP基因开放阅读框长为1 446bp,编码481个氨基酸。推导其氨基酸序列与人、小鼠、大鼠、牛、狗的相似性分别为74.2%、64.8%、63.2%、77.1%和74.6%。进化树分析显示,猪与牛LBP基因进化距离最近,与大鼠最远。生物信息学分析表明,所克隆的猪LBP蛋白分子大小为53.036 7ku,理论等电点为6.43;亚细胞定位预测猪LBP属于分泌蛋白,主要在线粒体(44.4%)和高尔基体(22.2%)中表达;N端存在信号肽,且在25~26位氨基酸可能存在裂解位点。N端的疏水性较强,且位于信号肽处,最大疏水性值为2.478,最大亲水性值为1.956;由胞外区(1~6位氨基酸)、跨膜区(7~29位氨基酸)和胞内区(30~481位氨基酸)3个部分组成的膜蛋白,有9个Ser、8个Thr和2个Tyr,可能成为蛋白激酶磷酸化的位点;LBP膜外区蛋白由多个α螺旋,膜内区由多个β折叠构成,α螺旋和β折叠平行交替排列,构成一个弯曲螺旋状结构;在33~256和271~474位氨基酸残基之间分别有1个BPI1和BPI2的保守结构域。 喻礼怀 王靖 傅聪 顾雯雯 王龙关键词:电子克隆 生物信息学 长白猪和大白猪生长激素基因多态性及其对部分经济性状的影响 被引量:5 2014年 本研究采用PCR-RFLP方法检测长白猪和大白猪GH基因+146^+652 bp序列Apa I酶切位点的多态性,并进一步分析该多态位点对达100 kg日龄、眼肌厚、背膘厚及第1~4胎次繁殖性能等部分经济性状的影响。结果表明:长白猪和大白猪GH基因+146^+652 bp序列Apa I酶切位点均检测到AA、AB和BB 3种基因型,2个群体在此位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在长白猪中,AA基因型个体的背膘厚显著高于AB和BB基因型个体(P<0.05),第1~4胎次总产仔数和产活仔数总体上符合AB>BB>AA的趋势;在大白猪中,AA基因型个体的眼肌厚显著低于AB和BB基因型个体(P<0.05),第1~4胎次总产仔数和产活仔数总体上符合BB>AB>AA的趋势。本研究结果初步说明,AB、BB基因型个体具有较高的瘦肉率和繁殖性能,对所检测的部分经济性状而言,AA基因型为不利基因型。 王靖 刘颖 董文华 程洪青 包文斌 吴圣龙关键词:GH基因 PCR-RFLP 经济性状 四元杂交合成肉蛋兼用型金昆麻鸭配套系的培育方法 本发明公开了四元杂交合成肉蛋兼用型金昆麻鸭配套系的培育方法,其主要包括:选择樱桃谷鸭、昆山麻鸭、狄高鸭和金定鸭分别组建Y系、K系、D系和J系基础种群;用樱桃谷鸭公鸭和昆山麻鸭母鸭杂交培育樱昆鸭,选育出生长速度较快和体型较... 杨建生 戴国俊 沈永杰 朱杰 王靖 林雨鑫 阮丽莎 陆晓 朱静 陈维大白猪TLR4基因外显子1遗传变异及其与细胞因子水平的关系 被引量:1 2013年 本实验运用PCR-SSCP技术对大白猪TLR4基因外显子1遗传变异进行分析,同时利用ELISA方法对外周血重要细胞因子(IL-2、IL-4、IL-6、IFN-Beta、IL-10、IL-12)的水平进行测定,旨在分析大白猪TLR4基因外显子1多态性及其与重要细胞因子水平间的关系,探讨将其作为抗F18大肠杆菌病遗传标记的可行性。结果表明:大白猪TLR4基因外显子1存在G93C同义突变位点,共检测到3种基因型,分别定义为BB、BC和CC;关联分析结果表明,大白猪TLR4外显子1变异位点对机体重要细胞因子水平没有显著影响(P>0.05),表明基于该位点的分子选育不会对机体免疫应答和一般抗病力产生不利影响。结果提示,有必要将TLR4基因外显子1的变异位点作为抗大肠杆菌病的重要遗传标记进行深入研究。 苏先敏 王靖 赵乔辉 刘璐 吴圣龙 包文斌关键词:多态性 细胞因子 大白猪 BPI基因启动子区甲基化水平对仔猪组织特异性表达的调控作用分析 引言杀菌通透性增强蛋白(bactericidal/permeability-increasing protein,BPI)是脂多糖结合蛋白家族成员,不仅可以杀灭革兰氏阴性菌,还具有中和内毒素或脂多糖等生物学功能。课题组前... 董文华 王靖 喻礼怀 吴圣龙 包文斌关键词:组织特异性表达 十二指肠 断奶仔猪 BPI 启动子区甲基化 文献传递 长白猪雌激素受体和卵泡刺激素β基因多态性对繁殖性能的影响 被引量:3 2013年 本研究以84头长白猪为试验材料,采用PCR-RFLP方法检测雌激素受体(estrogen receptor,ESR)和卵泡刺激素β(follicle-stimulating hormoneβ,FSHβ)基因的多态性,并进一步分析这2个基因多态位点及其合并基因型对繁殖性能的影响。结果表明,ESR和FSHβ基因均存在AA、AB和BB 3种基因型,2基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态;单基因效应分析结果表明,ESR基因AB基因型个体部分繁殖性能指标显著高于AA基因型,AB基因型为ESR基因的有利基因型。初产母猪FSHβ基因中BB、AA、AB基因型个体的所有繁殖性能指标均呈递增趋势,而经产母猪中AA基因型个体的性能指标较高,但是差异不显著(P>0.05);ESR与FSHβ的合并效应分析结果表明,基因聚合效应并不是各个基因效应的简单相加,在繁殖性能已经稳定的第3胎次,AA-AB型个体的繁殖性能显著低于其他合并基因型个体,表明该基因型为不利的合并基因型,故在长白猪选种选育过程中应优先考虑被淘汰。 王靖 赵乔辉 朱世平 吴正常 程洪青 包文斌 吴圣龙关键词:雌激素受体基因 合并基因型 四元杂交合成肉蛋兼用型金昆麻鸭配套系的培育方法 本发明公开了四元杂交合成肉蛋兼用型金昆麻鸭配套系的培育方法,其主要包括:选择樱桃谷鸭、昆山麻鸭、狄高鸭和金定鸭分别组建Y系、K系、D系和J系基础种群;用樱桃谷鸭公鸭和昆山麻鸭母鸭杂交培育樱昆鸭,选育出生长速度较快和体型较... 杨建生 戴国俊 沈永杰 朱杰 王靖 林雨鑫 阮丽莎 陆晓 朱静 陈维