陈庆锋
- 作品数：29 被引量：10H指数：2
- 供职机构：广西大学计算机与电子信息学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广西壮族自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术医药卫生生物学理学更多>>
- 基于多尺度注意力的器官图像分割方法
- 2024年
- 图像分割技术是医学图像研究领域的重要分支,该技术有助于医生对癌症的诊断和治疗。为进一步提高图像分割的精确度,本文提出一种多尺度轴向注意力模型MAU-Net(multi-scale axial attention U-Net)用于器官图像分割。首先,该模型在编码器阶段采用深度残差网络来提取图像特征,提高模型泛化能力;其次,使用像素块融合模块(pixels fuse module,PFM)对编码器的特征信息进行再编码和线性增强,增强特征的位置信息提取能力;最后,在解码器间加入多分支轴向注意力模块(multi-branch axial attention module,MAM)来捕捉上下文信息,从而增强模型识别关键特征信息能力。在Synapse、ACDC、SegTHOR等多个多器官图像数据集上的实验结果表明,MAU-Net在器官识别和边缘预测方面均能实现更好的效果。
- 卢家辉陈庆锋王文广余谦何乃旭韩宗钊
- 关键词：图像分割
- 基于MF-SDAE的lncRNA-疾病关系预测方法及系统
- 本发明提出了一种基于MF‑SDAE的lncRNA‑疾病关系预测方法及系统。首先构建已知的lncRNA‑疾病关系矩阵、lncRNA特征矩阵与疾病特征矩阵；使用矩阵分解模型来对已知的lncRNA‑疾病关系矩阵进行分解得到ln...
- 兰伟赖德焕陈庆锋吴锡敏刘锦
- 文献传递
- 原发性骨肿瘤影像数据库及AI辅助诊断系统的构建与应用
- 2024年
- 目的研究并建立原发性骨肿瘤的开源影像数据库及智能辅助诊断系统。方法回顾性搜集2013年1月至2022年12月期间在六家医疗机构确诊为原发性骨肿瘤患者的三项临床信息(性别、年龄、部位)和影像学检查资料(X线、CT和MRI影像)作为数据库输入资料,采用B/S技术在云平台构建开源的数据库。采用部分数据库影像数据,通过深度学习算法对X线图像构建原发性骨肿瘤良恶性分类辅助诊断系统并验证性能。结果成功建立了一个功能友好的开源原发性骨肿瘤影像数据库,数据库包含2127份病例;同时基于本数据库X线图像开发了一个辅助诊断系统,并作为诊断模块整合至数据库中,系统在测试集平均受试者工作特征曲线曲线下面积(AUC)为0.8499。结论构建了一个开源原发性骨肿瘤影像数据库,并据此验证性地开发了一个原发性骨肿瘤辅助诊断系统,为骨肿瘤医学研究和临床实践提供了有力工具。
- 黄元祥姚顺晗李世源陈庆锋
- 关键词：原发性骨肿瘤
- 一种用于单细胞多组学数据分析的可解释多任务学习框架及方法
- 本发明提供一种用于单细胞多组学数据分析的可解释多任务学习框架，所述框架由编码器模块、解码器模块，鉴别器模块和分类模块组成；其中，所述编码器模块用于获得统一和全面的细胞联合嵌入，捕获不同模态的关键生物信号；所述解码器模块，...
- 兰伟凌同升陈庆锋黄丽宇姚作芳
- 基于自适应局部特征的蛋白质三维结构分类
- 2020年
- 蛋白质的三维空间结构决定该蛋白质的生物功能,研究蛋白质结构的相似性在计算分子生物学中具有重要意义。本文将蛋白质Cα原子距离矩阵分解成许多小的子矩阵表示蛋白质的局部结构,通过对这些局部结构的统计分析得到局部特征频率向量计算蛋白质的相似性,在此基础上提出一种新的基于自适应局部特征频率向量的方法(ALFF)计算蛋白质三维结构相似性。ALFF在选取蛋白质局部特征的方式上,使用OTSU算法确定局部特征最合适的大小m,并通过MeanShift聚类计算出具有代表性的局部特征数量k。实验结果表明,ALFF可以更好更快地划分蛋白质的局部子结构,相对于人工选择参数的方法,ALFF在SCOP蛋白质结构分类中有更高的一致性,与TM-score比较有更好的准确性。
- 张汝昌邱杰王明堂陈庆锋
- 关键词：距离矩阵聚类
- 基于投影位置的序列模式挖掘算法
- 2012年
- 针对PrefixSpan算法在产生频繁序列模式(特别是挖掘密数据集和长序列模式)时会产生大量的投影数据库,使得算法性能下降的问题,提出一种基于投影位置的序列模式挖掘(PSPM)算法.该算法利用Apriori性质舍弃对非频繁项存储,节省了存储空间和扫描不可能出现序列的挖掘时间;在递归挖掘过程中,利用投影位置表直接定位投影序列位置进行挖掘局部频繁项,避免了构造投影数据库,从而提高执行效率.实验结果表明:与PrefixSpan(with pseudo-pro)算法相比,PSPM具有更好的执行效率和可伸缩性.
- 王伟娜李陶深陈庆锋
- 关键词：数据挖掘PREFIXSPAN投影数据库
- 基于建模的功能非编码RNA保守结构查询
- 2013年
- 许多研究已经证明了多种ncRNA的存在,并且有些非编码RNA可能在遗传系统中起着多种催化和调控作用。为了识别的ncRNA的结构—功能关系,运用一组距离约束的新方法对要预测的RNA二级结构进行建模。此外,还采用了一种过滤模式用以识别查询的二级结构的匹配模型。研究结果表明:基于距离约束的方法可以降低预测RNA二级结构的时间复杂度;而过滤模式可以过滤掉很多数据库中不相似的RNA模型。实验结果证明基于距离约束的方法在预测ncRNA结构中更具有应用价值。
- 罗海琼周嘉蓝朝旺陈庆锋
- 关键词：非编码RNA
- 融合子图结构的知识图谱嵌入对抗性攻击方法
- 2024年
- 知识图谱嵌入(Knowledge Graph Embedding,KGE)技术的高速发展极大提高了人类对于结构化知识的利用效率,该技术也为人工智能的相关应用提供了有利的支撑.但是知识图谱嵌入方法的脆弱性(vulnerability)给知识图谱的应用带来了巨大的挑战,近期的一些研究表明,在训练数据中添加微小的扰动便能对训练后的机器学习模型造成巨大的影响,甚至导致错误的预测结果.目前针对可能破坏知识图谱嵌入模型的安全漏洞的研究大多关注嵌入模型的损失函数而忽略图结构信息的作用,因此本文提出了一种融合子图结构深度学习的攻击方法DLOSSAA(Deep Learning of Subgraph Structure Adversarial Attack),对知识图谱嵌入的健壮性进行研究.DLOSSAA方法首先通过对子图结构的深度学习捕获相关子图的结构信息,然后通过修正的余弦相似度(Adjusted Cosine Similarity)筛选出最佳的攻击样本,最后将攻击样本添加到训练数据中进行攻击.实验结果表明,该方法能够有效降低攻击后的知识图谱嵌入模型的性能,攻击效果优于大部分已有的对抗性攻击方法.
- 张玉潇杜晓敬陈庆锋
- 关键词：知识图谱余弦相似度
- 基于对比聚类学习的多行为推荐方法、装置及介质
- 本发明公开一种基于对比聚类学习的多行为推荐方法、装置及介质。该方法先使用图卷积网络学习每个行为的用户和物品嵌入，然后再设计三种类型的任务来提高嵌入质量：a)行为级嵌入，利用自适应参数学习策略来获得每个用户的各个行为的嵌入...
- 兰伟周国贤陈庆锋王文广张希翔岳晓峰
- 基于细胞色素P450通路的前列腺癌差异关键基因的筛选与验证被引量：2
- 2022年
- 目的:研究细胞色素P450与前列腺癌的相关性,通过生物信息挖掘发现细胞色素P450通路与前列腺癌发生发展相关的重要节点。方法:基于3套(GSE46602、GSE32571、GSE70768)前列腺癌数据集筛选差异表达基因,比较关键基因在前列腺癌和正常组织的差异,再结合蛋白表达及病理评分筛选出与前列腺癌发生发展相关联的3个关键节点,并用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)进行实验验证。结果:3套全基因组表达谱整合分析找到P450相关的通路存在ALDH3B2、GSTP1、CYP3A5、GSTM1、GSTM5、GSTM2、MGST3等7个差异表达基因(P<0.05,LogFC<-0.5或LogFC>0.5)。结果发现不同Gleason分级仅与其中的6个基因的mRNA表达有相关性(P<0.05)。蛋白表达分析结果显示GSTP1、GSTM1、GSTM5这3个基因的前列腺癌和癌旁组织的蛋白表达差异具有统计学意义(P<0.05)。RT-qPCR验证发现,与前列腺癌旁正常细胞RWPE-1相比,GSTM1和GSTP1在不同的前列腺癌细胞(DU145、C4-2、LNCaP)中mRNA表达下降。GSTM5表达虽然明显降低但差异无统计学意义(P>0.05)。结论:通过多套数据在mRNA和蛋白质表达水平上整合分析发现,P450相关的药物代谢—细胞色素P450通路和细胞色素P450对外来异物的代谢通路与前列腺癌的发生发展存在紧密相关。
- 黄可馨罗丹王慧丰魏银锋华毅明谢博罗海琼陈庆锋
- 关键词：生物信息学前列腺癌差异表达基因细胞色素P450
