利用基于经典HP模型的蛋白质序列混沌游走方法(chaos game representation,CGR),给出了RHD基因的蛋白质序列CGR图,可视作蛋白质序列二级结构的一个特征图谱描述,对临床上的血型鉴别有一定的参考价值.另外,还根据由Jeffrey在1990年提出的描绘DNA序列的CGR方法,给出了RHD基因的DNA序列的CGR图,并且根据RHD基因DNA序列的CGR图算出了RHD基因相应的马尔可夫两步转移概率矩阵,从概率矩阵表可以看出RHD基因对编码氨基酸的三联子的第3个碱基的使用偏好性.
Rh血型系统作为人类最复杂的血型系统之一,其临床意义仅次于ABO血型系统。研究人类Rh血型系统中RHD基因对同义密码子的使用偏好性有助于从生物信息学角度了解RHD基因的编码特征。本文基于拟氨基酸编码方法,计算了人类Rh血型系统中RHD基因的同义密码子的相对使用度(quasi relative synonymous codon usage,QRSCU)及4种碱基分别出现在密码子3'端的相对频率(quasi relative frequency of nucleotide to codon3',QRFN3')。通过分析计算结果中RHD基因的QRSCU值,得出RHD基因偏好使用以C或G结尾的同义密码子,也说明RHD基因偏好使用密码子-反密码子结合作用强的同义密码子,且避免使用结合作用中度的同义密码子。另外,通过分析计算结果中RHD基因的QRFN3'值,得出RHD基因的同义密码子对后面所接的第一个碱基的使用也有很强的使用偏好性。
