刘庆坡
- 作品数：17 被引量：174H指数：7
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- 粳稻叶绿体基因组的密码子用法被引量：33
- 2004年
- 基因组密码子使用受多种因素的影响 ,本试验通过对应分析探讨了若干重要因子对粳稻品种“日本晴”叶绿体全基因组序列密码子用法的效应。结果指出 ,在影响最大的第一条向量轴上 ,基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)和GC3s极显著相关 (r =0 785 和 - 0 80 4 ) ,而CAI与GC3s高度负相关 (r =- 0 917 ) ;说明基因表达水平的高低是影响密码子使用的主要因素 ,并且高表达的基因强烈偏好使用以T或A结尾的密码子。基因编码区碱基组成的影响力远不及基因的表达水平 ,G +C含量与ENC、CAI以及第一条向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0 344 、- 0 4 2 2 和 - 0 4 2 1 ;相关性测验和方差分析均表明基因长度对密码子的使用影响不大 ,估计与那些编码未知功能的ORFs的存在有关 ;复制转录对密码子的使用没有明显的选择。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合 ,确定了TGT和GAA等 12个密码子为叶绿体基因组的主要偏爱密码子。
- 刘庆坡薛庆中
- 关键词：叶绿体基因组密码子使用基因表达水平G+C含量
- 一种植物内生菌及其应用
- 本发明公开了一种植物内生菌，分类命名为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)，完整命名为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)SAN1，该菌株已于2013年3月11日保藏在中国微生物菌种保...
- 冯英潘风山刘庆坡陈宝马晓晓杨肖娥
- 文献传递
- 起译密码子AUG侧翼序列对水稻基因表达水平的影响被引量：1
- 2004年
- 对541条水稻基因序列测定了其起译密码子AUG侧翼区序列(-20～+6)不同位点的同义密码子偏性及基因表达水平。结果表明,与密码子适应指数(CAI)和密码子偏好指数(CPP)、mRNA丰度呈显著或极显著相关的位点分别有5个(-19、-18、-9、-4和+5)、8个(-19、-18、-14、-9、-6、-4、-1和+5)和7个(-18、-16、-15、-9、-7、-1和+6),其中只有-4和+5位点与CAI和CPP的值正相关,表明上述位点在转录水平上处于有利进化的自然选择压。对高表达的变应原蛋白基因7个特殊位点(-18、-16、-15、-9、-7、-1和+6)的碱基作定点突变分子模拟,其表达量分别降低63.3%和72.5%,显示了这些位点对基因表达的重要性。AUG侧翼序列适应指数(AUGCAI)与侧翼区的G+C含量呈高度正相关(r=0.625),表明在AUG侧翼富集G+C对翻译起始更有效。紧邻起译密码子AUG侧翼序列8个位点(-6～-1和+4～+6,除-4外)对G或C强烈偏好,暗示这是调节翻译起始效率以及同义密码子偏性的重要因素之一,尤其是在高表达基因中。
- 刘庆坡谭军薛庆中
- 关键词：水稻起译密码子基因表达
- 一种以杏鲍菇废料为原料的植物育苗基质及其制备方法和应用
- 本发明公开了一种以杏鲍菇废料为原料的植物育苗基质及其制备方法和应用，将杏鲍菇废料粉碎过筛后以40％-60％的比例与猪粪及菜园土(体积比)混均后进行无发酵仓式发酵制备成基质。利用该方法制备的植物育苗基质，生产过程简单，使用...
- 冯英罗莎马晓晓刘庆坡孟茜潘风山
- 拟南芥丝氨酸羧肽酶类蛋白家族的基因组学分析被引量：12
- 2005年
- 基于隐马可夫模型,利用已知丝氨酸羧肽酶(SerineCarboxypeptidases,SCP)氨基酸序列作为训练集,搜索拟南芥全蛋白质组数据库,鉴定了54个推定的SCPL(丝氨酸羧肽酶类,SerineCarboxypeptidaseLike)基因,详细分析了各基因的结构特征、染色体定位与编码的蛋白质序列,发现7个可能最近发生复制事件的基因簇聚区,并且其SCPL基因广泛存在交替剪接方式。系统进化分析表明,88.9%基因编码的蛋白质属于双链羧肽酶Ⅰ或Ⅱ亚族,仅11.1%蛋白质属于单链羧肽酶Ⅲ亚族,暗示SCP蛋白不仅具有独特拓扑结构的催化中心与高度保守的“α/β水解酶折叠”三级结构,其DNA或蛋白质序列特征也可以作为系统进化研究依据。
- 冯英刘庆坡贾佳薛庆中
- 关键词：基因家族拟南芥进化
- 水稻与拟南芥PHDfinger蛋白的系统分析被引量：14
- 2004年
- PHD finger (planthomeodomainfinger)是具Cys4 His Cys3 特征结构的锌指蛋白结构域 ,它广泛存在于植物或动物转录调节蛋白中。此类蛋白在植物或动物蛋白质组中具有多个功能各异的家族成员 ,并在发育中扮演重要的角色。鉴定了水稻 4 4个推定的非冗余PHD finger蛋白 ,并与拟南芥蛋白质组中 4 5个该家族成员进行了比较 ;所构建的 2棵进化树涵盖了这 89个蛋白质 ,暗示水稻、拟南芥与人的PHD
- 冯英刘庆坡薛庆中
- 关键词：锌指蛋白基因家族水稻拟南芥
- 遗传密码子及其应用被引量：13
- 2006年
- 作为生命信息的基本遗传单位,基因组遗传密码的破译对于人们加深对生命本质的认识具有重要的理论价值和现实意义.目前,遗传密码子的研究重心已由遗传密码子的破译及反常密码子的发现转入到遗传密码子的起源与进化及扩张等研究.遗传密码子的起源与进化是当今基因组学研究的热点命题之一,相关的学说、假设层出不穷,但尚未取得实质性突破.另一方面,无义密码子的再定义及遗传密码的扩张等研究却极大的丰富和发展了遗传密码子的科学内涵,推动了生命科学研究的发展.文章综述了遗传密码子的多态性、起源与进化、无义密码子的再定义及遗传密码的扩张等方面的研究进展,并就其应用价值作了评述,期待为其在基因组学、医学等相关领域的应用研究提供参考.
- 刘庆坡薛庆中
- 关键词：遗传密码进化
- 水稻线粒体丝氨酸羟甲基转移酶基因的电子克隆被引量：15
- 2005年
- 采用基于EST的电子克隆方法得到了一段长 16 11bp的cDNA序列 ,以此为信息探针搜索HTGs数据库 ,找到一个与之高度匹配的基因组DNA序列———OSJNBa0 0 5 7G0 7克隆。用FGENESH分析该克隆中的联配区域得到一个包含 14个外显子和 13个内含子的基因。该基因位于水稻第 3染色体物理图谱的 136 .0～ 137.6cM区域。推导的ORF编码 4 98个氨基酸 ,经BLASTP搜索SWISS -PROT数据库和蛋白序列的亚细胞定位显示 ,该基因编码水稻的线粒体丝氨酸羟甲基转移酶 (mSHMT)。该基因受到EST序列的完全支持 ,其中不乏来自盐胁迫、稻瘟病菌侵染等逆境处理的EST序列 ,推测该基因与水稻对逆境的应答反应有关。
- 刘庆坡冯英董辉
- 关键词：水稻线粒体丝氨酸羟甲基转移酶电子克隆EST逆境
- 20个物种同义密码子偏性的比较分析被引量：37
- 2004年
- 对6种双子叶植物、4种单子叶植物、7种多细胞真核动物、2种单细胞真核生物及1种原核生物(大肠杆菌)的编码序列(CodingDNASequence,CDS)进行了比较研究。结果发现,各供试物种密码子的用法存在明显的位置依赖,编码区域不同区段对密码子选择使用的程度差异很大,表明基因的同义密码子偏性与其编码区不同区域的碱基环境密切相关;基因组差异是造成密码子使用偏性的首要因素。对"翻译起始区"和"翻译终止区"的特征分析发现,大部分供试物种编码序列中的"翻译起始区"碱基偏置强烈,"翻译终止区"相对较弱,暗示"翻译起始区"的密码子使用对提高蛋白翻译的效率和精确性更为重要。不同物种中G+C含量对其同义密码子偏性的贡献率差异很大,但并非是影响同义密码子使用偏性的唯一因素。可以认为,基因编码区域密码子偏性的研究能为搜寻物种进化的分子机理提供线索。
- 刘庆坡冯英董辉
- 关键词：密码子使用偏性G+C含量
- 一种植物内生菌及其应用
- 本发明公开了一种植物内生菌，分类命名为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)，完整命名为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)SAN1，该菌株已于2013年3月11日保藏在中国微生物菌种保...
- 冯英潘风山刘庆坡陈宝马晓晓杨肖娥
- 文献传递
