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丁琛

作品数:8 被引量:7H指数:2
供职机构:北京蛋白质组研究中心更多>>
发文基金:国家自然科学基金北京市自然科学基金更多>>
相关领域:生物学医药卫生更多>>

文献类型

  • 4篇期刊文章
  • 4篇专利

领域

  • 3篇生物学
  • 1篇医药卫生

主题

  • 6篇蛋白
  • 5篇蛋白质
  • 5篇蛋白质组
  • 5篇白质
  • 4篇转录
  • 4篇转录因子
  • 3篇蛋白质组分
  • 2篇蛋白质组学
  • 2篇低PH
  • 2篇质谱
  • 2篇色谱
  • 2篇色谱分离
  • 2篇生物研究
  • 2篇内源
  • 2篇酶切
  • 2篇复溶
  • 1篇蛋白质组分析
  • 1篇序列特异性
  • 1篇药物
  • 1篇药物筛选

机构

  • 7篇北京蛋白质组...
  • 2篇安徽医科大学
  • 2篇复旦大学
  • 2篇军事医学科学...
  • 1篇清华大学
  • 1篇沈阳药科大学
  • 1篇浙江大学
  • 1篇河北联合大学

作者

  • 8篇丁琛
  • 6篇秦钧
  • 4篇贺福初
  • 3篇李恺
  • 2篇张姣
  • 2篇卫军营
  • 2篇张养军
  • 2篇钱小红
  • 2篇江静
  • 2篇应万涛
  • 2篇丁琛
  • 1篇郭改改
  • 1篇杨晓明
  • 1篇孙佳楠
  • 1篇李恺
  • 1篇梁丽珠
  • 1篇刘明伟
  • 1篇吴红星

传媒

  • 2篇生物工程学报
  • 1篇生物化学与生...
  • 1篇中国生物工程...

年份

  • 2篇2018
  • 2篇2017
  • 2篇2015
  • 2篇2014
8 条 记 录,以下是 1-8
排序方式:
四氯化碳诱导小鼠肝脏纤维化的差异蛋白质组学
2014年
以四氯化碳(Carbon tetrachloride,CCl4)诱导小鼠肝组织纤维化为研究模型,发现并探讨纤维化肝组织与正常肝组织在蛋白质组水平上的差异。实验小鼠(C57 BL/6)随机分为两组,由橄榄油和四氯化碳诱导15周,并分别对这两组肝组织的全蛋白表达谱进行质谱检测,应用GO(Gene Ontology)功能分类分析和KEGG(Kyoto Enyoolpedia of Genes and Genomes)信号通路的富集分析方法对鉴定到的全蛋白表达谱进行差异表达分析。在对照组和实验组中,我们分别鉴定到17 382和20 486条特异性肽段,图谱平均利用率大于50%,共计鉴定到蛋白4 991种(蛋白特异性肽段个数至少为1),其中差异表达蛋白有2 135种(差异倍数大于或等于2),表达上调蛋白1 264种,下调蛋白871种。纤维化肝脏组织中与细胞外基质组成(Extracellular matrix organization)、细胞骨架组成(Cytoskeleton organization)、有机磷酸代谢(Organophosphate metabolic process)、细胞定位(Cellular localization)和细胞组分调节(Regulation of cellular component organization)相关蛋白的表达是上调的;另外,与小分子代谢(Small molecule metabolic process)、蛋白质转运(Protein transport)和有机氮化合物的代谢(Organonitrogen compound metabolic process),以及四吡咯的合成过程(Tetrapyrrole biosynthetic process)有关蛋白的表达是下调的。信号通路富集分析结果表明,纤维化与VEGF和T细胞受体信号调节通路密切相关。结果提示,纤维化的形成不仅是一个复杂的信号转导过程,更是一个炎症与免疫相互促成的结果;增强肝实质细胞的存活,降低相关信号的传递及接收都有可能对纤维化的发生和发展起到抑制效果。
郭改改吴红星刘明伟丁琛秦钧杨晓明
关键词:四氯化碳蛋白质组学
内源转录因子富集柱
本实用新型公开了一种内源转录因子富集柱,简称TOT柱。该TOT柱由内向外依次由吸头、套管和离心管套装组成,吸头内部装填连接有转录因子串联结合序列的磁珠,并以膜层进行封闭;套管用于两吸头与离心管固定。本实用新型的TOT柱设...
秦钧贺福初丁琛石文昊李恺
文献传递
肝细胞体外培养去分化过程中转录因子表达谱分析被引量:2
2018年
原代肝实质细胞被广泛应用到药物代谢和毒性评估中,但其体外培养呈现去分化状态,表现为逐渐失去正常形态和代谢解毒功能,到目前为止对去分化的分子机制并不清楚。在肝实质细胞体外去分化过程中转录因子(Transcription factor,TF)起重要作用,而且非实质细胞可以在体外维持肝实质细胞功能。然而目前的技术手段不能有效地鉴定和定量分析大量TFs。本文建立了单层肝实质细胞单独培养以及肝实质细胞与非实质细胞共培养系统,细胞培养到24、48、72 h。利用TF富集技术(Transcription factor response elements on tip,TOT)和质谱技术研究在肝实质细胞体外培养过程中TFs变化。本研究3次重复实验共鉴定到219个TFs,分析发现肝实质细胞培养过程中与细胞增殖、死亡、免疫等通路相关的TFs表达增高,而与代谢通路相关的TFs表达减弱。我们建立的肝细胞培养-TFs鉴定系统对揭示肝实质细胞去分化的分子机制以及肝实质与非实质细胞间相互作用具有重要意义。
李瑞阳王云之葛蕊石文昊丁琛
关键词:肝细胞培养质谱
一种两维短梯度高效蛋白质组分离鉴定方法
本发明公开了一种两维短梯度高效蛋白质组分离鉴定技术。本发明的蛋白质组分离鉴定方法,包括以下步骤:1)从离体的细胞或组织中提取蛋白质混合物;2)采用蛋白酶将待分离鉴定的蛋白质混合物酶切成肽段混合物;3)将酶切获得的肽段混合...
秦钧钱小红丁琛应万涛张养军卫军营宋雷江静张姣贺福初
文献传递
基于质谱的磷酸化蛋白质组学:富集、检测、鉴定和定量被引量:4
2018年
磷酸化是一种调控生命活动的重要翻译后修饰,调控生物的生长发育、信号转导、以及疾病的发生发展.从上世纪80年代开始,质谱应用于蛋白质磷酸化的检测中,极大地推动了磷酸化蛋白质组学的发展.质谱检测拥有高灵敏度、高通量的特点,更重要的是具有位点分辨率,因此基于质谱的磷酸化蛋白质组检测方法得到不断的发展和推广.常见的磷酸化蛋白质组研究,首先对磷酸化肽段进行富集,然后进行串联质谱分析,最后通过搜索引擎对修饰位点进行鉴定和定量.本文从这个三个基本方面,对磷酸化蛋白质组研究进行综述,并对未来研究发展方向进行讨论.
石文昊童梦莎李恺王钰珅丁琛
关键词:磷酸化蛋白质组学串联质谱
用少量样品快速富集、分离、鉴定和定量内源转录因子及其复合物的方法及其专用装置
本发明公开了一种用少量样品快速富集、分离、鉴定和定量内源转录因子及其复合物的方法及其专用装置。该方法利用转录因子及其复合物可与序列特异性DNA元件结合的特点,将从生物样本中提取的核蛋白或全蛋白在专用装置TOT柱中与结合有...
秦钧贺福初丁琛石文昊李恺
文献传递
一种两维短梯度高效蛋白质组分离鉴定方法
本发明公开了一种两维短梯度高效蛋白质组分离鉴定技术。本发明的蛋白质组分离鉴定方法,包括以下步骤:1)从离体的细胞或组织中提取蛋白质混合物;2)采用蛋白酶将待分离鉴定的蛋白质混合物酶切成肽段混合物;3)将酶切获得的肽段混合...
秦钧钱小红丁琛应万涛张养军卫军营宋雷江静张姣贺福初
文献传递
蛋白质组分析油酸对HepG2细胞转录因子DNA结合活性的影响被引量:1
2015年
目的:建立由于油酸大量摄入造成的HepG2细胞脂肪变性模型;发现HepG2细胞发生脂肪变性前、后转录因子DNA结合活性的差异。方法:将HepG2细胞在含2mmol/L油酸的培养基中培养24h,通过油红O染色鉴定细胞中的甘油三酯含量,并确定发生脂肪变性的程度。分别提取对照组和实验组的核蛋白,利用转录因子富集技术cat TFRE(a concatenated tandem array of the consensus transcription factor response element),同时运用深度覆盖的蛋白质组学手段,对HepG2细胞脂肪变性前、后的转录因子变化进行动态描绘和定量分析。最后,利用IPA(integrated pathway analysis)对DNA结合活性发生改变的转录因子进行功能分析。结果:对照组总共鉴定到170种转录因子,实验组总共鉴定到190种转录因子,两组总共鉴定到208种转录因子。HepG2细胞发生脂肪变性后,DNA结合活性发生变化的转录因子有101种(重复实验间差异小于2倍,不同处理间差异大于2倍),DNA结合活性加强的有67种,减弱的有34种。其中,调节糖代谢、脂代谢的关键转录因子MLX、MLXIPL的DNA结合活性减弱;NF-κB1的DNA结合活性增加,暗示了NF-κB介导的炎症反应的激活。IPA分析的结果表明,油酸激活了HepG2细胞内NRF2介导的氧化应激反应,促进了基因表达(gene expression)、细胞增殖(cell proliferation)、细胞分化(differentiation of cell)、细胞周期(cell cycle)及细胞存活(cell survival)的进程。结论:油酸诱导HepG2细胞脂肪变性会引起细胞内糖、脂代谢的紊乱,诱发炎症反应,并引起氧化损伤,但是在转录水平上,细胞通过加强脂类代谢基因的表达、减少糖类向脂肪酸的转化、促进细胞增殖及激活NRF2介导的氧化应激反应等,最终促进了HepG2细胞的存活。
梁丽珠孙佳楠李恺刘明伟丁琛秦钧
关键词:转录因子油酸脂肪变性
共1页<1>
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