朱新宇
- 作品数：13 被引量：32H指数：3
- 供职机构：南通师范学院生命科学系更多>>
- 发文基金：江苏省教委自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- DNA聚合酶X家族系统发育树的重建被引量：1
- 2003年
- 随着DNA聚合酶X家族成员数量的增加 ,特别是两个昆虫痘病毒 (entomopoxvirus ,EPV)成员的加入 ,家族内部的系统发育关系需要重新检查。总共 37个来自不同物种的DNA聚合酶X家族成员的核心结构域序列被分析。结果显示 :系统发育树呈现的家族内部系统发育关系基本上与家族成员的物种分布状态相吻合 ,其中 ,病毒成员与真核生物DNA聚合酶beta(polβ)亚群构成姐妹群 ,提示病毒成员可能起源于真核细胞的相应基因。亚群的歧异时间、基因结构比较和同线基因保守性分析显示 ,哺乳动物DNA聚合酶基因 (PolM)可能起源于脱氧核苷酸末端转移酶基因 (TdT)最近发生的基因重复。
- 朱新宇
- 关键词：系统发育基因结构基因重复基因水平转移
- DNA聚合酶x家族的系统发育分析
- 2002年
- 随着DNA聚合酶x家族成员数量的增加,家族内部的系统发育需要重新检查.来自病毒和细胞的DNA聚合酶x家族成员顺序第一次被汇编在一起,进行系统发育分析.分析显示:真核生物DNA聚合酶beta(polβ)可能起源于病毒基因的水平转移;DNA聚合酶mu(polμ)基因仅存在于哺乳动物基因组中,是脱氧核苷酸末端转移酶(TdT)的重复基因;DNA聚合酶lambda(polλ)可能是polμ和TdT的祖先基因,但在某些物种的进化过程中发生了基因丢失.
- 朱新宇
- 关键词：DNA聚合酶系统发育分析基因结构基因重复基因丢失
- 基因功能注释的计算方法被引量：1
- 2003年
- 对未知功能的基因进行注释的通常的方法是依据序列同源性分析。近年来 ,出现了多种不基于序列同源性的基因注释的计算方法 ,这些方法不依赖于核酸或蛋白质序列的相似性 ,所能预测的基因的功能属性也有所扩展 ,如 ,能够预测基因间相互作用关系。这些方法有效地减少实验材料、时间消耗。该文综述了几种这样的计算方法 ,包括原理、方法评估及存在的问题。
- 朱新宇
- 关键词：基因功能计算方法序列同源性
- 线粒体DNA聚合酶的起源与演化
- 2004年
- 随着新的DNA聚合酶A家族成员的加入 ,家族内部的系统发育关系需要重新检查 ,来自大肠杆菌DNA聚合酶Ⅰ (DNAPolⅠ )和它的细菌、噬菌体和真核细胞同源物被用来重建这个家族的系统发育史。分析显示 :在真核生物演化的不同阶段 ,线粒体DNA聚合酶基因可能通过水平基因转移方式起源于不同类群的生物。原始真核生物线粒体DNA聚合酶基因可能来源于细菌 ,植物线粒体DNA聚合酶基因可能从质粒获得 ,而真菌和动物线粒体DNA聚合酶基因可能起源于T3 /T7相关噬菌体。
- 朱新宇
- 关键词：系统发育
- 兔、猫和人的腓肠肌外侧头肌亚体与肌纤维型比较研究被引量：5
- 2002年
- 目的是探讨兔、猫与人的腓肠肌外侧头肌亚体与肌纤维型的分布。采用人体解剖结合组织化学方法确定其肌亚体 ,并作肌动球朊ATP酶酸碱法染色 ,毛细血管数量统计及其三型肌纤维的直径与面积的图象分析。结果表明 ,兔、猫与人各肌亚体 FG型纤维数比例为最高 ,FOG型纤维居中 ,SO型肌纤维最少。各肌亚体SO型纤维毛细血管数目最多 ,家兔、猫与人均为为内侧亚体的毛细血管 /mm2 数目为最多。各肌亚体 SO型纤维直径与面积为最小。说明人与哺乳动物各肌亚体均见有包裹纤维和快缩纤维的同型聚集。
- 朱道立王康乐朱新宇
- 关键词：肌纤维型
- 线粒体DNA聚合酶的起源研究
- 2003年
- 随着新的DNA聚合酶A家族成员的加入,家族内部的系统发育关系需要重新检查.分析显示:在真核生物演化的不同阶段,线粒体DNA聚合酶基因可能通过水平基因转移方式起源于不同类群的生物.原始真核生物线粒体DNA聚合酶基因可能来源于细菌,植物线粒体DNA聚合酶基因可能从质粒获得,而真菌和动物线粒体DNA聚合酶基因可能起源于T3 T7相关噬菌体.
- 朱新宇
- 关键词：系统发育水平基因转移
- 预测蛋白质间相互作用的生物信息学方法被引量：21
- 2004年
- 后基因组时代的研究模式,已从原来的序列-结构-功能转向基因表达-系统动力学-生理功能。建立蛋白质间相互作用的完全网络,即蛋白质相互作用组(interactome),将有助于从系统角度加深对细胞结构和功能的认识,并为新药靶点的发现和药物设计提供理论基础。一系列系统分析蛋白质相互作用的实验方法已经建立,近年来,出现了多种预测蛋白质相互作用的生物信息学方法,这些方法不仅是对传统实验方法的有价值的补充,而且能够扩展实验方法的预测范围;同时,在开发这些方法的过程中建立了一些重要的分子进化和分子生物学概念。本文综述了9种生物信息学方法的原理、方法评估、存在的问题,并分析了这个领域的发展前景。
- 朱新宇沈百荣
- 关键词：蛋白质相互作用功能注释生物信息学
- 系统发育分析指示细菌向Apicoplast的水平基因转移(英文)被引量：2
- 2004年
- 顶复合器门的原生动物 (Apicomplexanprotozoa)含有一个高度退化的质体样 (plastid like)细胞器 ,定名为apicoplast。来自apicoplast的clpC基因和它在其他质体和细菌中的同源物用来重建apicoplast的系统发育史。使用邻接法 (Neighbor Joining)、最小进化法 (MinimumEvolution)、最大简约法 (MaximumParsimony)和最大似然法(MaximumLikelihood)建立进化树。此外为了避免由于序列之间相似的碱基组成而引起的虚假聚类 ,建立了基于LogDet距离的核苷酸NJ树 ;以及为了避免由于在核苷酸和氨基酸水平上的突变饱和而引起的长分枝吸引 (LongBranchAttraction ,LBA) ,建立了基于非饱和位点的核苷酸和氨基酸序列的系统发育树。重建结果强有力地支持apicoplast和细菌B .buigdorferi之间的单系 (monophyly)起源关系 ,也强化了apicoplasst属于混合基因组的假设 。
- 朱新宇
- 关键词：质体水平基因转移突变
- 家兔与大鼠胫骨前肌的生后发育
- 为探讨家兔、大鼠胫骨前肌在生后各日龄阶段前、后肌亚体内快慢肌纤维的发育情况,取生后3,12,30,60,90,120,150d和180d家兔(Oryctolagus cuniculus domestica)和生后2,14...
- 朱新宇朱道立王康乐
- 文献传递
- 新编分子进化实验一组
- 2004年
- 提供一组新编分子进化实验。通过该实验使学生了解重建分子进化树的基本过程,获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识。实验同时具有开放性和研究性特点,符合实验教学改革的方向和要求。
- 朱新宇谢晓玲陈佩林
- 关键词：分子进化
