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河南省柯萨奇病毒A组16型VP4基因特征分析被引量：1: 2015年; 目的分析河南省手足口病标本分离柯萨奇病毒A组16型（coxsachievirus A 16,CVA16）VP4的基因特征,并比较VP4与VP1遗传进化分析的差异。方法对分离自河南省手足口病（hand-foot-mouth disease,HFMD）患儿的8株CVA16,采用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行VP4区域扩增并对扩增产物进行测序,用分子生物学软件ATGC进行序列拼接,Bioedit比对剪齐,用MEGA 4.0软件进行同源性分析,并与已报道的CVA16标准株序列构建基因进化树。结果河南省8株毒株VP4核苷酸同源性为91.3%～98.1%、氨基酸同源性为100.0%,与国际原型株CA16/G10/RSA/1951（A型）比对,VP4核苷酸同源性为79.7%～82.6%,氨基酸同源性为100.0%;与B1a、B1b和B2型代表株核苷酸同源性分别为92.3%～95.7%、92.8%～98.6%、88.9%～91.8%,氨基酸同源性均为100.0%。河南省分离的CVA16毒株均属于B1亚型,有B1a和B1b两个进化支共同存在和循环,但VP4与VP1的进化树分型不完全一致。结论 VP4基因不能作为CVA16病毒基因亚型分型的依据。; 许玉玲王海霞卫海燕陈豪敏黄学勇; 关键词：柯萨奇病毒A组16型 VP4 进化树

河南省病原微生物菌(毒)种保藏中心的建设与规划: 2023年; 随着新型冠状病毒感染(新冠感染)疫情愈演愈烈,病原微生物菌(毒)种作为直接关系国家生物安全的重要战略资源,其对传染病防治、科研、分子诊断、疫苗研制、病理研究等方面的作用愈发重要。而河南省病原微生物菌(毒)种保藏中心(菌(毒)种保藏中心)的建设无法满足当前需求。目前河南省还没有建成经过国家认证的菌(毒)种保藏中心。除新型冠状病毒(新冠病毒)样本外,其他菌(毒)种仅省疾病预防控制中心(省疾控中心)内部科室上交至中心,各地市疾控中心及各医院的菌(毒)种样本为单独保存,不能收集整合全省的病原微生物资源。本文介绍了河南省菌(毒)种保藏中心的建设与规划,在建设的目标、需求、硬件设施、软件系统、人员培训和管理、资源共享等方面进行了阐述与讨论,以期改善目前硬件设施相对落后短缺、软件系统信息化程度不高、人员培训不够、资源共享不全面、不便捷的现况,力争满足本省生物安全战略、传染病防控与科研工作需求,提高我省病原微生物菌(毒)种资源质量和管理水平。; 李金月许玉玲王海霞夏向群; 关键词：病原微生物

河南省境外输入新型冠状病毒肺炎病例的病毒基因组特征分析被引量：1: 2021年; 目的分析河南省境外输入2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)毒株的基因组进化特征及变异情况。方法纳入2020年5月至12月河南省报告的16例境外输入新型冠状病毒肺炎确诊病例,采集患者咽拭子标本送至河南省疾病预防控制中心进行全基因组测序。以全球共享流感数据倡议组织平台上公布的SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1作为参考序列,采用MEGA X软件进行序列比对和分析,并采用最大似然法构建系统进化树。结果16例病例中,13例来自俄罗斯,2例来自缅甸,1例来自乌克兰。共获得16条基因组长度为29804~29882 bp的2019-nCoV基因组序列。共检测到145个核苷酸突变位点和80个氨基酸突变位点,所有序列均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸位点突变,以及刺突蛋白区D614G氨基酸位点突变。BetaCov/HEN02/Human/2020、BetaCov/HEN04/Human/2020和BetaCov/HEN05/Human/2020毒株基因组的第29704位点出现碱基A插入,所有序列均未发现缺失变异。系统进化树分析显示,16株毒株与目前流行的需关注的变异株均无相关性。结论2020年5月至12月河南省境外输入病例的2019-nCoV毒株基因组突变呈现随机性和多样性,均不属于需关注的变异株。; 毋碧聪宋云卢世栋胡晓马红霞李东晓李懿王海霞叶莹黄学勇郭万申; 关键词：冠状病毒属进化

柯萨奇病毒B组4型河南分离株VP1区基因特征分析被引量：1: 2017年; 目的了解河南省手足口病病原柯萨奇病毒B组4型（CoxB4） VP1区基因特征,并比较不同疾病来源CoxB4病毒分离株VP1区异同.方法对采集的手足口病患者临床标本134份进行RT-PCR扩增和病毒分离鉴定;通过设计CoxB4病毒VP1区特异性引物,对8株病毒进行PCR扩增,用生物学软件ATGC进行序列拼接,ClustalX1.83进行序列比对,BioEdit剪齐,MEGA4.0进行同源性分析和构建系统进化树.结果 CoxB4河南分离株VP1区长852 bp,与GenBank公布的其他分离株核苷酸相似性为80.3％～97.0％,氨基酸相似性96.1％～100％;与糖尿病患者分离株E2核苷酸差异最大为19.7％,与手足口病分离株差异最小为3.0％.系统进化树显示CoxB4河南分离株属于Genotype Ⅴ型,手足口病分离株与脑膜炎分离株遗传距离较近,分布在一簇中,糖尿病患者分离株在另外一簇.结论河南地区手足口病感染CoxB4病毒存在Genotype Ⅴ型传播和流行.; 许玉玲王海霞卫海燕黄学勇; 关键词：手足口病 VP1基因系统进化树

腺病毒7型河南分离株全基因序列测定及重组分析被引量：3: 2014年; 目的了解腺病毒7型河南分离株（hAdV35/Henan/2010）全基因特征及与其他腺病毒之间的进化重组关系。方法设计39对全长引物,采用RT-PCR方法扩增河南分离株腺病毒全序列,用DNASTAR中的SeqMan拼接全序,运用BioEdit进行序列剪齐,运用Mega4.0分析基因组编码蛋白hexon、fiber、E4和penton区域氨基酸与核苷酸的同源性,并与其他腺病毒序列绘制进化树,运用Simplot软件进行序列重组分析。结果 hAdV35/Henan/2010基因组全长35 234bp,与其他腺病毒相比,基因组氨基酸和核苷酸同源性为68.0%-99.8%和46.5%-99.5%。不同编码区hexon、fiber、E4和penton的核苷酸同源性分别为72.4%-95.4%、74.1%-97.0%、55.7%-92.7%和69.9%-99.3%。进化树分析显示河南分离株与腺病毒7型疫苗株同属一支,与腺病毒3型进化分支最近,Bootsacn分析显示与B亚属腺病毒在多个区域发生重组,尤其与腺病毒3在hexon区域高度重组。结论 hAdV35/Henan/2010与B族腺病毒亲缘关系较近,与hAdV3在hexon区域存在重组。; 黄学勇王海霞许玉玲聂轶飞许汴利

2013年河南省新布尼亚病毒的分离与S片段基因特征分析被引量：3: 2014年; 目的分离2013年河南省新布尼亚病毒分离株,并了解S片段序列特征.方法采集2013年的发热伴血小板减少综合征急性期血清,用Vero细胞分离新布尼亚病毒,对分离到的毒株采用RT PCR法扩增病毒S片段基因,并进行同源性分析,构建系统进化树.结果从采集的64份标本中分离到新布尼亚病毒22株,新分离的毒株的S片基因序列比对发现,同源性在94.6％～100％之间,其双义编码的两个蛋白质,NSs蛋白的氨基酸的同源性在95.90％～100％之间,N蛋白的氨基酸的同源性在99.50％～100％之间.系统进化树分析发现,22株病毒株分属于A、B和E三个基因型,其中A型18株,B和E型各2株.结论 2013年河南省新布尼亚病毒以A基因型为主要流行型别.; 杜燕华王海霞黄学勇马红霞许汴利; 关键词：基因分型发热伴血小板减少综合征

2021年河南省新型冠状病毒Delta变异株肺炎流行病学及分子特征研究: 2022年; 目的:分析总结2021年河南省新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV-2)Delta变异株肺炎流行病学及分子特征,为疫情防控提供依据。方法:依据中国疾病预防控制中心(Chinese Centre for Disease Control and Prevention,CDC)反馈测序结果,挑选2021年河南入境和本土病例为SARS-CoV-2 Delta变异株肺炎患者111例,从大疫情网上获得患者基本信息,对年龄、性别、是否接种疫苗、接种剂次、RT-qPCR检测ORF1 ab基因和N基因Ct值在不同性别及不同症状病例间有无差异、患者临床分型等进行统计学分析,对测序结果核苷酸及刺突蛋白(spike protein,S)突变位点进行分析,总结规律。结果:111个病例在不同年龄组间的性别分布差异无统计学意义(χ^(2)=2.217,P=0.529)。不同疫苗接种史人群中的病例类型差异无统计学意义(χ^(2)=12.074,P=0.209)。SARS-CoV-2核酸阳性标本中,大部分标本Ct值分布在较低区间,病毒载量较高。ORF1 ab基因Ct值在不同性别间的差异无统计学意义(χ^(2)=1.646,P=0.439),在无症状感染者、轻型、普通、重型之间差异具有统计学意义(χ^(2)=13.257,P=0.039)。N基因Ct值在不同性别及不同症状病例间差异均无统计学意义(P均>0.05)。本研究的111例患者主要通过密接筛查和全员核酸筛查发现,两者共占总体的62.2%(69例)。测序长度覆盖度基本都大于99%(占90.1%,100/111),核苷酸突变位点总数多为46~50个(86.4%,89/103),S蛋白突变位点总数多为12个(82.5%,85/103)。103株Delta变异株均含有T19R、R158G、L452R、T478K、D614G、P681R、D950N、E156del、F157del这9个突变位点,突变率为100%。结论:2021年河南省SARS-CoV-2 Delta变异株对人群普遍易感;病毒载量高,ORF1 ab基因载量增高会加重临床症状。; 李金月许玉玲王海霞夏向群宋云黄学勇; 关键词：新型冠状病毒 S蛋白 N基因

新型冠状病毒抗原检测胶体金法与核酸检测实时荧光RT-PCR方法比较被引量：9: 2022年; 目的对比分析新型冠状病毒抗原检测胶体金法与核酸检测实时荧光RT-PCR方法的检测结果,验证抗原检测胶体金法能否快速辅助诊断新型冠状病毒感染。方法从河南省疾病预防控制中心生物资源库挑选2021年7-8月收集的新冠阳性和新冠阴性鼻拭子各60份,口咽拭子各30份,所有样本用实时荧光RT-PCR方法检测新冠核酸ORF1ab和N基因,用抗原检测胶体金法检测抗原,选择13份阳性样本进行10倍和100倍稀释,两种方法检测,分析胶体金法与核酸检测RT-PCR法检测结果的阳性和阴性一致率,进行统计学Kappa分析。结果 180份样本抗原检测胶体金法与核酸检测RT-PCR法的阳性符合率为98.89%,阴性符合率为100.00%,Kappa=0.989,13个样本10倍和100稀释后胶体金法阳性符合率分别为100%、84.61%。结论新型冠状病毒抗原检测胶体金法可作为早期辅助确诊新型冠状病毒感染的快速方法。; 许玉玲王海霞李金月夏向群黄学勇; 关键词：新型冠状病毒抗原检测胶体金法实时荧光RT-PCR

新型冠状病毒肺炎病例血清中和抗体动态变化及影响因素被引量：7: 2021年; 目的了解新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)确诊病例血清抗新型冠状病毒(2019 novel Coronavirus,2019-nCoV)中和抗体动态变化规律及可能的影响因素。方法采用微量中和试验检测COVID-19确诊病例血清中和抗体,采用Excel 2007和SPSS 22.0对COVID-19病例血清中和抗体检测数据进行分析。结果采集、检测来自155个COVID-19病例的420份血清样本,包括急性期、恢复期和痊愈半年病例血清样本。采样时间为发病第0~221天。发病第1周血清中和抗体几何平均滴度(geometric mean titer,GMT)为1∶13,第2周为1∶31;个别病例发病第15天血清中和抗体滴度仍表现为<1∶4;发病第6~32周血清中和抗体GMT均超过1∶52(13×4)。以1∶64作为血清中和抗体保护水平分界点,急性期病例(0~14 d,0~2 w)、痊愈病例(36~63 d,6~9 w)和痊愈半年病例血清(183~210 d,27~30 w)中和抗体阳性率分别为30.56%、82.31%和86.52%。统计分析显示,除第1、2周以外,各周血清中和抗体水平无显著性差异(χ^(2)=9.270,P=0.931)。病例血清中和抗体水平在性别、年龄、职业方面不存在统计学差异,普通型和轻型病例血清中和抗体水平不存在统计学差异(P>0.05)。结论COVID-19病例血清中和抗体水平仅与疾病进程具有统计学关联;中和抗体在感染后第3周整体上可达到保护性水平,并维持至发病后第30周。; 李幸乐卢世栋李金月宋威蓉毋碧聪马红霞赵嘉咏王海霞叶莹黄学勇郭万申; 关键词：新型冠状病毒中和抗体保护率

1起家庭聚集性肺炎病原学检测及基因特征分析: 2016年; 目的分离鉴定引起家庭聚集性肺炎的病原体，并进行基因特征分析。方法采集该家庭每个成员的血清、咽拭子和肺炎患者的肺泡灌洗液，通过PCR方法、病毒分离、hexon测序、BLAST比对和血清IgG酶联免疫方法检测病原，并对hexon序列进行进化树分析。对阳性病毒分离物进行全基因组扩增。结果父母咽拭子2份、孩子肺泡灌洗液2份经PCR检测均为腺病毒（AdV）阳性，肺泡灌洗液病毒分离阳性，4份标本hexon区域PCR扩增测序，核苷酸同源性为99.5%～100.0%，病毒全序扩增拼接分析，BLAST比对与腺病毒7型核苷酸同源性97.0%，基因进化树分析显示hexon基因分型与腺病毒7d位于同一分支。ELISA方法检测一家4口均出现恢复期与急性期血清腺病毒IgG4倍增高现象。结论腺病毒7型是该起家庭聚集性肺炎的病因。; 许玉玲王海霞聂轶飞罗成琳黄学勇赵坤许汴利; 关键词：大叶性肺炎聚集性病例

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王海霞

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