黄珑
- 作品数：12 被引量：34H指数：4
- 供职机构：福建农林大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程更多>>
- 黑穗病菌胁迫下甘蔗SSH文库构建及差异表达基因分析
- 甘蔗黑穗病是一种由黑穗病菌引起的气传真菌病害,然而目前甘蔗与黑穗病菌互作的分子机制仍有待进一步厘清。本研究以接种黑穗病菌和接种无菌水的甘蔗感黑穗病品种ROC22为材料,利用SSH（Suppression Subtract...
- 黄宁凌辉张玉叶苏亚春肖新换黄珑吴期滨苏炜华许莉萍阙友雄
- 关键词：甘蔗黑穗病抑制消减杂交NORTHERN杂交
- 文献传递
- 甘蔗Ca^(2+)/H^+反向运转体基因的克隆与表达分析被引量：7
- 2016年
- CAX(Ca^(2+)/H^+antiporter)是植物细胞膜Ca^(2+)主动运输体系的一个大类。本研究以高粱的CAX1基因(GenBank登录号为XM_002441593)为探针,利用电子克隆并结合RT-PCR技术,获得甘蔗CAX1基因的1条cDNA序列,命名为Sc CAX1(GenBank登录号为KT799799)。生物信息学分析显示,ScCAX1基因全长784 bp,包含1个645 bp的开放阅读框,编码1个214个氨基酸的蛋白质。ScCAX1蛋白被定位于叶绿体类囊体膜,为稳定的疏水性蛋白,不存在信号肽。蛋白二级结构元件多为α-螺旋,具有1个Na_Ca_ex superfamily。实时荧光定量PCR分析表明,甘蔗ScCAX1基因的表达具有组织特异性,在各组织中均表达,但在茎中表达量最低,叶中的表达量最高。在PEG、NaCl、SA、ABA和Me JA胁迫过程中,ScCAX1基因的表达均受到调控。其中ABA、SA和PEG胁迫下表达量上调,均在胁迫24 h达到最大值。SA胁迫24 h的表达量为对照的5.47倍,而ABA胁迫24 h的表达量为对照的3.5倍。NaCl胁迫6 h的表达量达最大值,为对照的2.14倍。推测ScCAX1基因能够响应逆境胁迫,其表达可能与甘蔗的抗盐、抗渗透胁迫性状有关。
- 苏炜华刘峰黄珑苏亚春黄宁凌辉吴期滨张华阙友雄
- 关键词：甘蔗电子克隆生物信息学实时荧光定量PCR
- 甘蔗光合系统Ⅰ亚基O基因的克隆与表达分析被引量：6
- 2015年
- 光合系统Ⅰ亚基O(PhotosystemⅠsubunit O,Psa O)是光合系统Ⅰ中的蛋白亚基,在两个光合系统之间平衡激发能方面起着重要的作用.为研究Psa O基因的结构和功能,对甘蔗(Saccharum offi cinarum L.)叶片全长c DNA文库进行测序,获得光合系统Ⅰ亚基O基因的全长c DNA序列,命名为Sc Psa O(Gen Bank Accession Number:KF714498).生物信息学分析表明,该基因全长708 bp,开放阅读框435 bp,编码144个氨基酸;该基因所编码的蛋白定位于叶绿体基质,无信号肽,为疏水性非分泌碱性蛋白,二级结构多为无规则卷曲,含有PJN00046家族的保守结构域,参与能量新陈代谢及脂肪酸新陈代谢.同时,该基因在不同物种间具有较强的保守性,其中与同属C4植物的同源性较C3植物高.荧光定量PCR分析结果表明,甘蔗Sc Psa O基因在叶片中的相对表达量最高,具有一定的组织特异性;在氯化钠(Na Cl)、聚乙二醇(PEG)、氯化铜(Cu Cl2)、脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)和茉莉酸甲酯(Me JA)等外源胁迫下,其表达量均呈下调趋势,且以PEG胁迫下的下调表现最为明显.这些结果表明这几种外源胁迫可能抑制甘蔗Sc Psa O基因的转录水平表达,为其进一步功能验证以及在甘蔗基因工程中的应用积累了基础资料.
- 肖新换黄宁张玉叶杨宗锋凌辉黄珑苏炜华阙友雄
- 关键词：甘蔗PSA荧光定量PCR
- 甘蔗细胞色素P450还原酶基因的电子克隆与分析被引量：1
- 2014年
- 旨在为甘蔗细胞色素P450还原酶基因的实验克隆、功能鉴定及其应用提供参考。本研究以甘蔗类似细胞色素P450还原酶基因的EST序列CF576130.1为探针,在甘蔗EST数据库中进行检索,并基于电子克隆技术获得了甘蔗细胞色素P450还原酶基因(Cytochrome P450 reductase)的一条cDNA全长序列,命名为ScCYP450。采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、疏水性/亲水性、高级结构及功能域等方面进行预测和分析。结果表明该基因全长1 821 bp,包含一个744 bp的开放阅读框,编码247个氨基酸,该基因编码蛋白定位于细胞内质网(膜),为可溶性碱性蛋白,不存在信号肽,二级结构原件多为无规卷曲,含有多个保守功能域,主要功能为辅酶因子生物合成和翻译功能。
- 苏炜华张玉叶黄宁肖新换黄珑罗俊阙友雄
- 关键词：甘蔗电子克隆生物信息学
- 甘蔗ScBAK1基因及其可变剪接体的克隆与表达分析被引量：6
- 2015年
- 可变剪接(Alternative splic ing,AS)是真核生物基因表达调控研究的热点.BAK1(Brassinosteroid insensitive1-associated receptor kinase 1)是植物中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的一种,可调控植物的生长发育及先天免疫反应.为揭示BAK1基因在甘蔗应答不良外界环境方面的作用,利用电子克隆及RT-PCR方法从甘蔗品种崖城05-179叶片c DNA中克隆到1个BAK1基因及其1个可变剪接体,分别命名为Sc BAK1(Gen Bank登录号:KP032226)和Sc BAK1 S1(Gen Bank登录号:KP032227).生物信息学分析结果表明,Sc BAK1/Sc BAK1 S1基因的ORF长1 860 bp/1 770 bp,编码蛋白含有619/589个氨基酸残基,分子量(Mr)为6.928×104/6.576×104;两种编码蛋白均定位于质膜上,含有信号肽,为酸性、分泌脂溶性蛋白;它们的二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,其次是延伸链,无β-螺旋;蛋白功能预测显示其主要作为细胞膜蛋白,还参与氨基酸及辅酶因子生物合成.荧光定量PCR分析结果显示,Sc BAK1 S1基因的表达在非生物(水杨酸SA、Cu Cl2、PEG、脱落酸ABA、Na Cl、茉莉酸甲酯JA)和生物胁迫(黑穗病菌)下均受到抑制,而Sc BAK1却受SA、Cu Cl2、PEG、Na Cl和黑穗病菌的诱导.结果还表明,相较于Sc BAK1在甘蔗抗黑穗病性、渗透胁迫以及细胞生长方面发挥作用来说,Sc BAK1 S1缺失的氨基酸序列或数目在Sc BAK1的抗逆性方面扮演了重要角色.Sc BAK1和Sc BAK1 S1的不同丰度表达为深入解析Sc BAK1基因在生物和非生物逆境条件下的功能奠定了基础.
- 肖新换黄珑黄宁张玉叶凌辉刘峰苏炜华阙友雄
- 关键词：甘蔗可变剪接生物信息学荧光定量PCR
- 甘蔗ScCBLs和ScCIPKs基因家族的克隆与鉴定
- 低温、干旱和盐碱是植物的生长过程中常见的非生物逆境。为了应对这些胁迫，植物在长期的进化过程中形成了一套自我保护的逆境信号传导和应答机制，其中包括细胞内第二信使——Ca2+信号介导的信号传递机制。钙调神经磷酸酶B类似蛋白（...
- 黄珑
- 关键词：甘蔗基因克隆
- 甘蔗CIPK基因的同源克隆与表达被引量：10
- 2015年
- CIPK （calcineurin B-like-interacting protein kinase）是植物特有一类的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,该蛋白在植物响应逆境胁迫中发挥着重要的作用,尤其与非生物逆境胁迫（干旱、高盐、ABA等）的信号传导密切相关。根据玉米CIPK15基因（EU957447.1,2247 bp）核酸序列保守区域设计1对同源克隆PCR引物,以甘蔗品种崖城05-179的cDNA为模板,通过RT-PCR扩增得到甘蔗CIPK基因的一条全长cDNA序列（GenBank登录号为 KM114052）。序列分析结果表明,甘蔗ScCIPK基因全长1782 bp,具有完整的开放阅读框（ORF,91~1631 bp）,编码513个氨基酸,该基因具有CIPK基因的2个特征结构域（Kc-like superfamily和AMPKA-C-like superfamily）。生物信息学分析显示该基因编码的蛋白定位于内质网,为可溶性蛋白,不存在信号肽,二级结构元件多为α-螺旋,含有多个保守功能域,主要参与中间代谢。实时定量PCR表达分析表明,该基因表达具有组织特异性,虽在甘蔗各组织中均有表达,但在芽中的表达量最高。该基因在PEG、NaCl、ABA、SA和MeJA的胁迫诱导过程中,受ABA胁迫后表达量最高,约为对照的5.3倍,推测该基因的表达与甘蔗抗干旱和抗渗透胁迫有关。
- 黄珑苏炜华张玉叶黄宁凌辉肖新换阙友雄陈如凯
- 关键词：甘蔗同源克隆生物信息学实时定量PCR
- 甘蔗细胞色素P450还原酶基因的RT-PCR扩增与表达分析被引量：3
- 2016年
- 细胞色素P450基因在电子传递链、次生代谢物质合成和对外源化学药物毒性降解中发挥着重要作用,为了深入了解该基因在甘蔗中的功能,通过RT-PCR扩增获得甘蔗细胞色素P450还原酶基因的cDNA全长序列,命名为ScCPR450(Gen Bank Accession Number:KR864841).该基因全长999 bp,含有744 bp的完整开放阅读框,编码247个氨基酸.亚细胞定位结果显示,ScCPR450蛋白分布于细胞质中,与生物信息学预测结果相符.q RT-PCR表达分析表明,该基因在甘蔗中组成型表达,但有组织特异性,芽中表达量最高,其次是叶,而皮中表达量最低.在脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯(Me JA)、聚乙二醇(PEG)和氯化铜(CuCl_2)胁迫诱导过程中,该基因的表达量呈现不同变化模式,其中SA胁迫6 h下,ScCPR450基因的表达量最高,约为对照的12.21倍;在PEG胁迫下,ScCPR450基因的表达量上调且表达量稳定,推测ScCPR450基因在甘蔗响应生物和非生物胁迫中发挥一定的作用.本研究可为该基因家族其它成员的克隆以及深入解析该基因的功能特性奠定基础,进而为基于基因工程技术对甘蔗品种进行定向改良提供基因资源.
- 苏炜华黄珑黄宁刘峰苏亚春肖新换凌辉阙友雄
- 关键词：甘蔗胁迫
- 甘蔗Na^+/H^+逆转运蛋白基因的克隆与表达分析被引量：4
- 2016年
- Na^+/H^+逆向转运蛋白基因SOS1(salt overly sensitive 1)是植物耐盐性的必需基因之一,在植物抵御盐胁迫过程中发挥十分重要的作用。本研究以小麦EST序列KJ563230为探针,利用电子克隆技术结合RT-PCR,获得一条甘蔗SOS1基因的cDNA序列,命名为ScSOS1(GenBank登录号为KT003285)。序列分析结果表明,该基因全长1403 bp,包含一个1272 bp的开放阅读框,编码423个氨基酸的蛋白质。ScSOS1蛋白的相对分子质量为47.6 kD,理论等电点(pI)为9.12。氨基酸序列分析表明,ScSOS1蛋白具有一个CAP-ED superfamily结构域。生物信息学预测显示,ScSOS1的编码蛋白为亲水性蛋白,不存在信号肽,二级结构元件多为无规则卷曲,主要参与中间代谢。实时荧光定量PCR分析表明,ScSOS1基因的表达具有组织特异性,在甘蔗叶鞘、蔗皮、蔗髓、侧芽和根中均有表达,其中在叶鞘中的表达量最高,根中的表达量最低。此外在NaCl、PEG、ABA、SA和MeJA的胁迫过程中,该基因表达均受到调控,其中受NaCl和PEG诱导后上调表达,均在24 h表达量达最高,分别约为对照组的1.5倍和4.0倍。推测该基因的表达与甘蔗耐盐性和抗渗透胁迫有关。
- 刘峰苏炜华黄珑肖新换黄宁凌辉苏亚春张华阙友雄
- 关键词：甘蔗电子克隆生物信息学实时荧光定量PCR
- 甘蔗细胞色素C基因的电子克隆与分析
- 2014年
- 以甘蔗类似细胞色素C的EST序列CF576943.1为探针,通过电子克隆技术获得了甘蔗细胞色素C基因(Cytochrome C,Cyt C)的一条cDNA全长序列,命名为ScCyt C。用生物信息学方法对该基因氨基酸序列与组成、亚细胞定位、跨膜区与信号肽、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构以及功能等进行分析与预测。结果表明:Cyt C基因全长1 073 bp,编码112个氨基酸,该基因位于细胞质,为非分泌型蛋白,无规卷曲为主要二级结构原件,含有1个保守功能域,主要功能为翻译并且在不同植物中具有高度保守性。电子表达分析结果显示,该基因在甘蔗各个组织均有表达,其中在茎和根中的表达量比其他组织类型中表达量高,此外,该基因的表达可能受到低温的调控。为甘蔗细胞色素C基因的结构及其功能的研究奠定了一定的基础。
- 张玉叶黄宁肖新换苏炜华黄珑罗俊阙友雄
- 关键词：甘蔗CYTC基因电子克隆生物信息学
