曹艳
- 作品数：10 被引量：70H指数：7
- 供职机构：暨南大学更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学环境科学与工程更多>>
- 基于线粒体控制区的中国南海海域卵形鲳鲹遗传多样性被引量：7
- 2017年
- 为探讨中国南海重要经济鱼类卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)的遗传多样性,测定了广东闸坡、乌石、安铺和广西东兴以及海南新盈等5个地理群体97 ind样品的线粒体控制区5'端359 bp序列,发现47个变异位点,32个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.951)和高核苷酸(π=0.020 9)多样性的特点。在邻接树和单倍型网络图中出现2个分化显著但不存在明显地理聚群的分支,推测二者的分化时间约为60~18万年前(中更新世),可能是中更新世冰期海平面下降形成边缘海而导致隔离,间冰期海平面上升后出现二次接触。不同地理群体间的遗传分化不显著(Fst=-0.022 4~0.045 3),AMOVA分析也显示97%以上的遗传变异来源于群体内个体间。卵形鲳鲹2个谱系及总体的核苷酸错配图呈现多峰,中性检验均为负值不显著(P>0.05),表明都未经历过大规模的种群扩张,处于相对稳定的状态。
- 吕金磊章群杨喜书宫亚运曹艳
- 关键词：卵形鲳鲹线粒体控制区
- 中国南海康氏马鲛线粒体COI序列遗传变异分析被引量：5
- 2016年
- 在测定的采自广东饶平、阳江和广西东兴海域的62尾康氏马鲛（Scomberomorus commerson）线粒体COI基因711 bp序列中,共检测到26个变异位点,18个单倍型,总体呈现出高单倍型多样性（Hd=0.808±0.040）和低核苷酸多样性（π=0.004 0±0.000 6）的特点。邻接树上出现了3个分支,分支间Fst为0.811-0.833且P〈0.001,Nm为0.1-0.117;AMOVA分析显示分支间遗传变异占82.61%。表明3个分支间分化程度高,推测分歧时间为（89-22.67）万年前中更新世时期,可能原因是受到更新世冰期和间冰期交替的影响。但分支内与分支间都有不同地理来源的个体,没有出现明显的地理聚群;不同地理群体间Fst为-0.027-0.066,Nm均大于4或小于0;群体内个体间变异为96.34%。均表明群体间基因交流频繁,遗传分化程度并不高。3个分支中Clade A分支经历过种群快速扩张事件,可能是末次冰期期间康氏马鲛进入外海并受洋流及生存空间改变的影响。
- 曹艳章群宫亚运吕金磊杨喜书
- 关键词：种群结构
- 基于线粒体COI序列的中国沿海蓝点马鲛遗传多样性被引量：17
- 2015年
- 为了解中国沿海蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)的遗传背景以更好地保护和开发利用种质资源,对分布于渤海、黄海、东海和南海海域的6个群体76 ind蓝点马鲛线粒体COI基因712 bp序列进行了测定,并结合Gen Bank中下载的9条南海蓝点马鲛序列,分析其遗传多样性、种群结构和历史动态。共检测到21个变异位点,17个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(Hd=0.702±0.044)和低核苷酸多样性(π=0.002 8±0.000 2)的特点,其中渤海、黄海和东海海域的蓝点马鲛群体遗传多样性指数相对较高(Hd:0.695~0.816,π:0.002 7~0.003 3),而南海群体明显偏低(Hd=0.442±0.145,π=0.001 7±0.000 6),推测是由于黄海和东海是中心分布区,而南海是边缘分布区的缘故。AMOVA分析结果显示,群体间(-6.27%^-1.52%)不存在变异,群体内个体间(101.52%~106.56%)的变异是变异的主要来源;群体间遗传分化系数Fst值为-0.138~0.040(P>0.05),遗传距离N_m值为-81.145^-4.134、11.876~146.559,均大于4或小于0,表明群体间不存在遗传分化,不同海域群体间基因交流频繁,这可能与蓝点马鲛分布范围广、具长距离迁移能力、产卵和越冬时均可发生洄游以及鱼卵具漂浮性且为多次性产卵类型等原因有关。聚类分析的邻接树与单倍型网络图上出现的2个分支均在更新世晚期发生过种群快速扩张事件,但蓝点马鲛总体在数据上未呈现出种群扩张现象,可能是2个分支的叠加造成整体核苷酸不配对分析图呈现多峰分布。
- 曹艳章群宫亚运吕金磊杨喜书
- 关键词：蓝点马鲛
- 基于线粒体COⅠ基因序列的DNA条形码在中国南海绯鲤属鱼类鉴定中的应用被引量：5
- 2016年
- 为探讨COⅠ基因作为DNA条形码对绯鲤属（Upeneus）鱼类鉴定的有效性,明确物种的分类地位,通过COⅠ基因5＇端652 bp序列研究中国南海绯鲤属的黑斑绯鲤（Upeneus tragula）、马六甲绯鲤（Upeneus moluccensis）、纵带绯鲤（Upeneus subvittatus）、黄带绯鲤（Upeneus sulphureus）、吕宋绯鲤（Upeneus luzonius）以及条尾绯鲤（Upeneus bensasi）6个种56 ind标本的标准DNA条形码序列的种内种间遗传距离,并构建分子系统树。研究表明：所测样品的碱基组成为T：29.2%,C：29.6%,A：21.4%,G：19.8%,A＋T含量（50.6%）略高于G＋C含量（49.4%）,转换/颠换率为3.08。6种绯鲤属鱼类组成5个自展支持率为100%的分支,其中黑斑绯鲤和马六甲绯鲤混杂分布于同一分支上,其余4种绯鲤独自成支;分支间平均遗传距离10.10%（8.60%~12.40%）,是分支内平均遗传距离0.18%（0.00%~0.30%）的56倍。纵带绯鲤、黄带绯鲤、吕宋绯鲤、条尾绯鲤种间平均遗传距离为10.70%（8.80%~12.40%）,约为这4个种种内平均遗传距离0.125%（0.00%~0.20%）的85倍,种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍以上,确定了它们的物种有效性。黑斑绯鲤和马六甲绯鲤种内遗传距离分别为0.40%和0.20%,与其它4种绯鲤为同一水平;但种间遗传距离仅为0.30%,属于一般物种的种内遗传距离范围,因此推测二者或为同一物种,但还需从形态学和基因组序列分析等方面加以进一步确证,其是否受到种间杂交和近期辐射进化的影响也需要今后更多的研究。标准的DNA条形码虽然能够有效地区分中国南海绯鲤属鱼类中的纵带绯鲤、黄带绯鲤、吕宋绯鲤和条尾绯鲤,但DNA条形码对黑斑绯鲤和马六甲绯鲤的鉴定与形态学的鉴定结果不一致,表明在物种鉴定时,母系遗传的线粒体COⅠ基因有时需要结合其它核基因分子标记或生态调查资料加以辅助。
- 宫亚运章群曹艳吕金磊杨喜书
- 关键词：DNA条形码
- 基于线粒体控制区的云南澜沧江和海南岛主要水系宽额鳢遗传变异分析被引量：3
- 2015年
- 为了解中国宽额鳢的遗传背景以更好地保护和开发利用资源,测定了云南澜沧江和海南岛南渡江、万泉河与昌化江等4个水系9个群体74尾宽额鳢线粒体控制区411 bp序列,发现52个变异位点和20个单倍型;在系统树上可分为云南、海南毛阳群体和海南其他群体等3个分支。谱系间F_(st)为0.786—0.672(P<0.01),基因流Nm为0.153—0.244;74.352%的变异来自谱系间,谱系间分化时间为2.070—0.350 Ma。推测海南与云南宽额鳢分化可能受云贵高原隆起和海南岛与陆地分离等地质事件影响;海南2个谱系的形成则可能是受到了五指山山脉隆起的影响。云南组群与海南组群间F_(st)为0.765(P<0.01),基因流N_m为0.149,70.360%的变异来自不同地理组群间,表明云南组群和海南组群间高度分化。相比同区域分布的鱼类,宽额鳢总体的单倍型多样性和核苷酸多样性均较高(H_d=0.903±0.016,π=0.036±0.003),其中海南琼中和石壁群体的核苷酸多样性(π)最高均为0.008;云南勐腊群体最低为0.000;但各个地理群体均比总体的遗传多样性低,可能是后者由多个谱系叠加所致。在简约性网络图中单倍型呈非典型星状分布,中性检验为非显著负值和核苷酸不配对分析呈现多峰分布,表明宽额鳢群体历史上较为稳定,没有出现显著种群扩张。
- 薛丹章群郜星晨宫亚运曹艳
- 关键词：线粒体控制区
- 基于线粒体控制区的粤闽三线矶鲈地理群体的遗传变异分析被引量：10
- 2014年
- 对中国东南沿海福建平潭和广东汕头、闸坡3个群体38 ind三线矶鲈（Parapristipoma trilineatus）线粒体控制区的914 bp序列进行分析,发现22个变异位点,共有33个单倍型.3个群体总体的单倍型多样性和核苷酸多样性均较高（H=0.991 0±0.009,π=0.005 8±0.000 4）,其中平潭和汕头群体分别表现出最低和最高的核苷酸多样性（π=0.004 9±0.000 5和0.0066±0.0009）.3个群体间的Fst值为0.056 6～0.105 3,Nm值为4.248 3 ～8.333 4,表明3个群体间存在较低分化,可作为1个管理单位进行保护,建议优先保护汕头群体.在简约性网络图中单倍型呈星状分布,中性检验Fu＇s Fs为显著负值和核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明三线矶鲈在历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代约为晚更新世的9.81～2.45万年前.
- 薛丹章群郜星晨宫亚运曹艳
- 关键词：东南沿海线粒体控制区
- 基于线粒体控制区序列的南海北部近岸鯻的遗传多样性被引量：7
- 2015年
- 80鯻尾（Therapon theraps）样本采自广东碣石、阳江,广西东兴,海南临高、陵水,测定其线粒体控制区951 bp序列,发现42个变异位点,60个单倍型。南海北部近岸鯻总体的单倍型多样性（0.986±0.007）和核苷酸多样性相对较低（0.009±0.000）,其中陵水群体核苷酸多样性最高（0.010）,碣石、阳江、东兴群体最低（0.008）。单倍型网络图与邻接树没有形成明显不同的谱系分支和地理聚群,表明不存在谱系结构和地理结构。大陆沿岸碣石、阳江和东兴群体间的遗传分化系数（Fst）为–0.0175～0.0089（P〉0.05）,基因流（Nm）值为–14.54～27.84；海南岛临高和陵水群体间Fst为–0.0460（P〉0.05）, Nm为–5.68,表明大陆沿岸群体内部和海南岛群体内部都无明显分化；但海南岛与大陆群体间的 Fst 为0.0616～0.1353（P〈0.05）, Nm 为1.87～3.81。分子方差分析显示,大陆沿岸群体和海南岛群体间分化极显著（FCT=0.1007, P=0.0000）,可能是受大陆与海南岛分离形成的琼州海峡,全年余流方向总趋势是由东向西,且强度较高的影响。南海北部近岸鯻可作为2个管理单位进行保护,建议优先保护陵水群体。单倍型简约性网络图呈非典型的星状分布,中性检验 Fu’s Fs 为显著负值且核苷酸不配对分析为单峰分布,表明历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代为晚更新世（3.62万年前）,扩张后的有效群体大小约为扩张前的8.7×10^6倍,可能是受到海退缩减和海侵扩张的影响。
- 薛丹章群郜星晨宫亚运曹艳
- 关键词：线粒体控制区
- 基于线粒体COⅠ基因的中国近海棱鳀属鱼类DNA条形码被引量：7
- 2016年
- 为明确中国大陆近海棱鳀属鱼类的分类地位,采用国际通用的COⅠ基因5＇端652bp序列作为DNA条形码,对中国近海棱鳀属全部6种鱼类62尾标本进行鉴定分析。结果发现,所分析样品的序列碱基组成为T：29.0%,C：26.3%,A：25.3%,G：19.4%,A＋T含量（54.3%）高于G＋C含量（45.7%）,转换/颠换率为3.76。6种棱鳀属鱼类组成5个自展支持率为100%的分支,除黄吻棱鳀和中颌棱鳀各为单系但聚合为一支外,其余4种均独立成支;分支内与分支间平均遗传距离分别为0.2%（0.0%-0.4%）和17.7%（15.7%-19.0%）。赤鼻棱鳀、汉氏棱鳀、杜氏棱鳀和长颌棱鳀均符合Hebert提出的种间遗传距离（15.7%-18.6%）大于或等于10倍种内遗传距离（0.0%-0.3%）的标准,确定了它们的物种有效性。黄吻棱鳀和中颌棱鳀的种内遗传距离皆为0.1%,与其他4种棱鳀的种内遗传距离处于同一水平;但二者种间遗传距离仅为0.6%,明显低于其他物种间的种间遗传距离,属于一般物种的种内遗传距离范围,表明二者亲缘关系很近;由于外部形态存在一定的差异,且在分子系统树上各为单系,二者可作为同一物种的2个不同亚种处理,但也不排除是2个近期分化形成物种的可能,在资源管理上应作为2个不同的进化显著单位分别加以管理。
- 宫亚运章群曹艳吕金磊杨喜书
- 关键词：DNA条形码
- 基于线粒体控制区部分序列的南海大斑石鲈遗传多样性分析被引量：7
- 2016年
- 为了研究南海大斑石鲈（Pomadasys maculatus）不同地理群体的遗传多样性情况,作者测定了东兴、乌石、潭门、闸坡4个群体共计61尾大斑石鲈控制区的993 bp序列。检测出变异位点35个,单倍型47种,平均单倍型多样性指数为0.9884,核苷酸多样性指数为0.0076,总体表现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,其中潭门群体核苷酸多样性相对较高（0.00879）。中性检验结果显示 Fu’s Fs值均为显著负值–5.34（P=0.03）,核苷酸不配对分布没有显著偏离群体扩张模型呈现出单峰（SSD值和Rg指数较小）,表明大斑石鲈在历史上经历过种群扩张,推测扩张时间约4.74万-1.18万年间。群体间（0.0065-0.0089）与群体内遗传距离（0.0066-0.0089）处于同一水平,总遗传分化指数Fst为–0.0057（P〉0.05）,群体间基因流Nm=33.76。不同组群划分方式的分子方差分析均表明群体内遗传差异显著大于群体间,遗传变异主要来源于群体内部。南海海域大斑石鲈群体遗传多样性匮乏,群体间不存在显著的遗传分化,可划归一个管理保护单元,潭门群体建议优先给予保护。
- 郜星晨章群薛丹宫亚运曹艳韩博平
- 关键词：控制区
- 基于鱼类生物完整性指数的广东鉴江流域环境质量评估被引量：15
- 2015年
- 根据鉴江流域21个观测点鱼类调查所收集的数据,结合历史资料的记录,初步构建基于鱼类生物完整性评价的26个初选指标,并根据指标属性分类进行初筛,对10个通过的候选指标进行分布范围、判别能力和Pearson相关性分析,确定了由总的种类数占期望值的百分比、鲤科鱼类占总种类数的百分比、鳑鲏亚科鱼类占总种类数的百分比、耐受性强鱼类占总种类数的百分比和产漂流性卵鱼类占总种类数的百分比共5个主评指标组成的生物完整性指数体系,并用于鉴江流域部分河段的生态健康评价.结果表明,凌江鱼类完整性相对较好,罗江一般,平定水、袂花江和鉴江干流较差,小东江最差;鉴江流域大多数河段的综合健康状态处于较差状态,需要对鉴江流域进行生态修复以达到相对健康状态.评价结果与河流受人为干扰的实际情况相吻合,研究构建的评价体系可供周边地区使用和借鉴.
- 郜星晨章群韩博平薛丹宫亚运曹艳
- 关键词：鱼类指标体系鉴江流域
