范文
- 作品数：2 被引量：15H指数：2
- 供职机构：复旦大学生命科学学院生物多样性科学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 基于RNA-seq的崇左金花茶EST-SSR标记开发被引量：10
- 2015年
- 本研究分析了崇左金花茶（Camellia chuongtsoensis）转录组水平的EST-SSR特征.从崇左金花茶转录组数据组装获得的35 410个Unigene中,共鉴定出2-7不同核苷酸重复类型的SSR位点7 754个,分别分布于6 394条序列中,其中1 121个Unigene具有两个以上的位点.在转录组中SSR位点出现频率为21.90%,分布密度为1/3.6kb;在所有重复单元中,二碱基微卫星占主要优势,占SSR位点总数的61.3%.利用Primer 3.0设计引物,共计3 303条Unigene成功设计出引物.随机选择10对SSR引物,对一个崇左金花茶群体进行扩增多态性分析,8对引物能够扩增出符合预期大小的PCR片段,其中4对引物成功检测出多态.以上结果表明,转录组数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物,所开发的引物可为崇左金花茶遗传多样性的研究以及种质资源的鉴定与保护等方面提供分子基础.
- 邵阳范文黄连冬高继银李昕骥张文驹
- 关键词：简单重复序列转录组RNA-SEQ
- 香港红山茶个体内ITS多态性及物种鉴定的应用被引量：5
- 2015年
- 核糖体DNA的内转录间隔区(ITS)一直被作为一种重要的分子标记,却很难用于山茶物种中。通过对1个疑似香港红山茶(Camellia hongkongensis)的样本进行ITS区域的扩增、克隆和测序,从中获得74种不同序列。研究结果表明,其ITS区域具有高度的多态性,其中76%的序列为假基因。系统发育分析显示,超过半数的假基因源自同一祖先。这些假基因在经历多次基因重复后分化成至少5个谱系,且每个谱系中的序列非常相似,这表明一些假基因不但未被剔除,反而通过快速复制事件幸存下来。由于山茶物种个体内ITS的高度多态,使用这个区域区分山茶物种可能导致错误。然而,通过比较香港红山茶中的1个种间特异性r DNA假基因,确定该样本属于香港红山茶。
- 范文徐颖许汀徐晶Takahiro Yonezawa高继银张文驹
- 关键词：系统发育多态性假基因
