罗俊
- 作品数:8 被引量:20H指数:3
- 供职机构:四川农业大学更多>>
- 发文基金:国家自然科学基金四川省应用基础研究计划项目国家大学生创新性实验计划项目更多>>
- 相关领域:农业科学生物学更多>>
- 四川麻鸭mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析被引量:6
- 2017年
- 本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列(mtDNA),为该遗传资源的保护与利用提供参考。研究参照近缘物种线粒体基因组序列,用Primer 6.0设计引物16对,采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列。结果表明,四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604bp,碱基组成为A(29.19%)、C(32.82%)、G(15.79%)、T(22.20%),包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区(Dloop区)。使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现,22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构。对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框。用MEGA6.0,采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树,发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近。
- 谢艾轩吴启超李思德罗俊张涛刘贺贺张军何桦
- 关键词:线粒体基因组遗传进化
- 鸭MyoG基因启动子的生物信息学分析及其甲基化频率对基因表达的影响被引量:2
- 2017年
- 采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 730 bp,对启动子序列预测后,发现存在2个Cp G岛,其中Cp G岛(–2 536~–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明:在鸭的个体和组织水平上,启动子甲基化率均未聚类在一起;Cp G位点甲基化频率存在个体差异,22%Cp G位点的甲基化频率与Myo G的m RNA表达量呈负相关(P>0.05),78%Cp G位点的甲基化频率呈正相关(P>0.05),其中,腿肌甲基化位点Cp G_1、Cp G_26.27.28.29的甲基化频率与Myo G基因表达水平均呈显著相关(P<0.05)。Myo G基因在鸭与在哺乳动物中的转录调控机制存在差异。试验中发现多个影响鸭Myo G基因转录的潜在甲基化位点,其中Cp G_1与Cp G_26.27.28.29能通过DNA甲基化修饰影响Myo G基因在鸭腿肌中的转录。本研究结果可为鸭Myo G基因转录调控提供参考依据。
- 吴乾锋刘贺贺张涛罗俊胡博王继文
- 关键词:肌细胞生成素启动子DNA甲基化
- 鸭早期胚胎分离及不同发育阶段形态学观察
- 2015年
- 研究旨在建立快速分离鸭早期胚胎的方法,并观察鸭早期胚胎体节、神经系统、心脏、肢芽与胚胎外部轮廓发育特点,为以鸭胚胎为模型开展相关生物学研究提供资料。通过分离鸭早期不同阶段的胚胎、制作石蜡切片和显微观察,了解鸭胚早期发育各阶段的不同形态学特点。结果表明:鸭的卵裂为盘状卵裂;体节形成开始于孵化后27h左右;心脏从原基经发育成外形呈"S"型,直至心脏随躯体翻转完全向左;胚胎外部轮廓的变化依次为:长条状、头颈部开始弯曲,整体呈"C"型,整体呈"O"型。研究初步整理了鸭早期胚胎发育形态特点,并建立了以滤纸为载体分离鸭早期胚胎的方法,该方法对胚胎的损伤小,更易清理胚胎上的残余物质。
- 罗俊刘贺贺代飞金海波吴乾锋
- 关键词:早期胚胎发育
- 鸭Ccna1启动子克隆、序列分析及在鸭骨骼肌中的发育性表达
- 2017年
- 为研究Ccna1基因在鸭骨骼肌发育中的作用,本研究应用RT-PCR扩增和克隆了鸭Ccna1基因启动子区并作生物信息学分析,应用荧光定量PCR技术检测Ccna1基因以及参与该基因表达调控的多个肌源性转录因子在鸭胚骨骼肌组织发育过程中的表达模式。结果表明,扩增得到鸭Ccna1基因启动子2 213bp。序列分析表明,鸭Ccna1启动子存在典型的TATA-box、CAAT-box调控元件,有MyoD、MRF4、MyoG、Sp1、PITX1及MEF2等多个转录因子结合位点。定量结果发现,MyoD、MRF4、MyoG和Ccna1在鸭胚胎骨骼肌发育过程中均有表达。在鸭胸肌中,MRF4在E23时期表达量最高,显著高于D8的表达量(P<0.05);在腿肌中,MRF4和MyoG表达量在E17时期达到最高,且显著高于D2、D8(P<0.05)。聚类分析表明,在鸭胸肌组织中Ccna1表达模式与MyoD一致,在腿肌组织中Ccna1表达模式与MRF4、MyoG一致。初步推测,Ccna1参与到了鸭骨骼肌组织的发育,且在鸭腿肌的生长发育中,MRF4、MyoG可能与Ccna1相互作用进而调控骨骼肌发育,而在鸭胸肌组织中,Ccna1的表达可能与MyoD的转录调控有关。
- 杨振李彦莹罗俊张涛刘贺贺蒲梅肖香君任艳霖
- 关键词:启动子序列生物信息学分析聚类骨骼肌
- 鸭IL-2基因启动子的克隆、多态性与表达的关联分析被引量:3
- 2016年
- 为研究鸭IL-2基因调控区单核苷酸多态性对其转录调控的影响,克隆获得了鸭IL-2基因启动子2850 bp序列,与人、小鼠和原鸡的同源性分别为35.37%,37.52%和34.74%。其中,-1 400/-1 000存在集中的核心转录因子结合位点。对鸭IL-2基因启动子(-1 932/-742)进行单核苷酸多态检测和遗传多态性分析发现,该区域存在两个突变位点(C-1353A、C-1406T),且均处于Hardy-Weinberg极不平衡状态;等位基因A均为优势等位基因。单核苷酸多态与其表达水平的相关性分析发现,突变位点不同基因型与IL-2基因mRNA表达水平和IL-2蛋白水平均无显著相关关系,但基因型AA个体的mRNA表达量均高于其他基因型个体(P>0.05),表明鸭IL-2启动子等位基因A可能有促进IL-2基因转录的趋势。研究结果为IL-2基因转录调控机制的研究提供了理论基础。
- 张涛刘贺贺罗俊李亮黄惠兰何桦
- 关键词:IL-2单核苷酸多态转录水平
- 鸭RIG-1启动子克隆、序列分析及在鸭胚胎期发育性表达被引量:2
- 2017年
- RIG-1属于细胞内蛋白,与细胞增殖、分化和天然抗免疫功能密切相关。为研究RIG-1在鸭胚胎期免疫器官发育中的作用,本研究克隆得到鸭RIG-1启动子并做生物信息学分析,应用实时荧光定量PCR技术检测RIG-1基因以及预测得到的多个转录因子在鸭胚胎免疫器官发育过程中的表达模式。结果表明,扩增得到鸭RIG-1基因启动子4 372bp。序列分析表明,该基因启动子存在典型的TATA-box、CAAT-box调控元件,有IRF-1、RXR、RAR、AP1、NF-κB、SP1、IL6及Pax-2等多个转录因子结合位点。此外,RIG-1启动子预测发现了一个CpG岛,GC含量65.8%。定量结果发现,RIG-1在鸭胚胎免疫器官中表达呈动态性,具有不同的表达模式;并在法氏囊中的表达量高于脾脏和胸腺。聚类热图显示,只有在法氏囊中RIG-1与IRF-1、RXR、AP1、NF-κB、IL6的mRNA表达量具有相似的表达模式,这可能是由于在鸭胚胎期法氏囊具有较为完整的结构与功能,暗示它们可能为RIG-1的转录因子;而在法氏囊、脾脏和胸腺中,RIG-1与IRF-1、NF-κB基因都有较为相似的表达模式,在3个组织当中均被聚类在一起,说明IRF-1和NF-κB可能参与调控RIG-1的表达。研究结果为探索鸭RIG-1基因转录调控、表达,与在细胞增殖、分化、天然抗病毒免疫方面的功能提供了依据和方向。
- 罗俊刘贺贺刘俊莹张涛王郁石韩春春
- 关键词:启动子免疫