郭梦杰
- 作品数：24 被引量：21H指数：2
- 供职机构：广东省妇幼保健院更多>>
- 发文基金：广东省自然科学基金国家自然科学基金广东省医学科学技术研究基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 广州地区人巨细胞病毒临床低传代株UL141基因的序列特征
- 目的 UL141 基因的结构特征及多态性对发现人巨细胞病毒(HCMV)感染致病性机制具有指导意义。文中旨在研究广州地区HCMV 临床低传代株UL141 基因的序列特征。方法 选取2016 年3 月至2017 年3 月在广...
- 谭琪琪王波胡兢晶苏海浩伍苑宾郭梦杰
- 关键词：人巨细胞病毒生物信息学基因序列多态性
- 人巨细胞病毒临床低传代病毒株D2的UL140基因B细胞表位生物信息学特征
- 目的 探讨广东省妇幼保健院分离鉴定的人巨细胞病毒(HCM V)临床低传代病毒株D2(以下简称为HCMV D2)的UL140 基因B 细胞表位的生物信息学特征。方法 采用2016 年3 月至2017 年3 月，于广东省妇幼...
- 苏海浩王波郭梦杰谭琪琪胡兢晶伍苑宾晏翠芳
- 关键词：巨细胞病毒B细胞表位
- 广州地区人巨细胞病毒临床低传代病毒株D3的UL147基因B细胞抗原表位的生物信息学分析
- 2017年
- 目的应用生物信息学方法分析广州地区人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)临床低传代病毒株D3的UL147基因B细胞抗原表位。方法应用生物信息学方法:用TMHMM预测跨膜区域,用改进型自我优化预测结构(SOPMA)、Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR)法、人工神经网络预测法(HNN)预测二级结构,用Hopp&Woods亲水性方案、Janin可及性方案、Welling抗原性方案等参数预测UL147基因抗原表位。结果临床低传代HCMV病毒株D3的UL147基因包含159个氨基酸残基,等电点为9.56;UL147存在一个跨膜区域,为20~42aa区域,胞外区域为1~19aa区域;无规则卷及β-转角区域主要位于12~17、22~28、31~48、99~109、130~145aa区域;亲水性位于15~39、101~111、135~143aa区域;可及性位于14~45、103~124、131~143aa区域;抗原性位于9~14、63~70、108~116aa区域。结论临床低传代HCMV病毒株UL147基因抗原表位可能位于7~12aa区域或其附近。
- 晏翠芳郭梦杰伍苑宾胡兢晶苏海浩谭琪琪梁惠慈肖华王波
- 关键词：人巨细胞病毒抗原表位
- 人巨细胞病毒临床病毒株UL136基因B细胞表位的预测与分析
- 目的：预测与分析人巨细胞病毒(HCMV)临床病毒株UL136基因B细胞表位.方法：应用生物信息学方法,以HCMVUL136基因氨基酸序列为基础,采用改进型自我优化预测结构(SOPMA),Garnier-Osguthorp...
- 郭梦杰伍苑宾胡兢晶苏海浩蔡丽君密英鸽王波
- 关键词：人巨细胞病毒B细胞表位
- 广州地区人巨细胞病毒感染孕妇高危因素分析
- 目的 对广州地区孕妇感染人巨细胞病毒(hCMV)情况以及高危因素进行分析,初步了解本地区hCMV在孕妇的感染特点,为寻求更多适合本地区预防hCMV感染的措施提供依据,减少新生儿先天性hCMV感染率. 方法 按照纳入标准对...
- 密英鸽苏海浩伍苑宾蔡丽君郭梦杰王波
- 关键词：孕妇高危因素先天性感染
- 应用外部引导序列切割人巨细胞病毒UL148 RNA的研究
- 2017年
- 目的 研究人巨细胞病毒（Human cytomegalovirus,HCMV）临床病毒株UL/b＆#39;区域UL148基因功能及抗HCMV治疗新策略,应用DNA性质外部引导序列（External guide sequences,EGS）在体外抑制UL148 RNA的表达.方法 应用RNA structure生物软件模拟UL148 RNA二级结构,选择二级结构相对简单的区域设计EGS,并合成EGS核苷酸序列.应用PCR方法分别扩增UL148及M1RNA基因,克隆至T7启动子下游,在T7 RNA聚合酶的作用下,体外转录UL148 RNA及M1RNA,其中UL148以32p标记并进行体外转录.混合EGS、M1RNA及UL148 RNA于切割反应液中,反应1h后,进行尿素变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,Typhoon扫描仪观察结果.结果 根据UL148 RNA二级结构选取第58 ～72位碱基作为EGS结合区域,其切割位点位于57位,针对此区域设计EGS57,并在体外进行EGS57与UL148 RNA结合的二级结构的模拟,可形成M1RNA天然作用底物类似的茎环结构.在T7 RNA聚合酶的作用下,分别在体外转录M1RNA及UL148 RNA,其大小均与预期相符.经切割反应,可获得与预期切割位点相符的切割条带.结论 EGS57可切割UL148RNA,其切割位点准确,与预期相符.该研究为进一步探讨UL148基因功能提供有效基因沉默工具.
- 胡兢晶王波苏海浩丁俊彩郭媛媛谢斌华伍苑宾蔡丽君郭梦杰
- 关键词：人巨细胞病毒
- 人巨细胞病毒临床低传代病毒株D2的UL140基因B细胞表位生物信息学特征
- 2017年
- 目的探讨广东省妇幼保健院分离鉴定的人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代病毒株D2(以下简称为HCMV D2)的UL140基因B细胞表位的生物信息学特征。方法采用2016年3月至2017年3月,于广东省妇幼保健院新生儿科确诊感染HCMV的10例新生儿新鲜尿液标本中,分离鉴定的HCMV D2为研究材料。采用生物信息学方法,包括隐马尔可夫模型(TMHMM)预测HCMV D2 UL140基因跨膜结构,ExPASy在线序列分析平台预测基因的亲水性、表面可及性、极性、柔韧性及抗原性参数,以及GOR(Garnier-Osguthorpe-Robson)、人工神经网络预测法(HNN)、改进型自我优化预测结构(SOPMA)预测UL140基因二级结构。综合分析上述预测结果,并计算UL140基因的氨基酸残基抗原指数(AI),总结UL140基因B细胞表位的生物信息学特征。结果来自广东省妇幼保健院感染HCMV新生儿的HCMV D2 UL140基因的氨基酸包含191个氨基酸残基,相对分子质量为21.5×103,等电点为5.12。UL140基因B细胞表位的生物信息学特征包括:(1)TMHMM预测UL140基因存在1个跨膜区域,为26-48aa,细胞外区域为1-25aa。(2)ExPASy在线序列分析平台预测UL140基因的亲水性位于14-22、66-72、76-95、113-125、136-148、55-160、167-176aa;表面可及性位于5-22、50-60、64-96、132-160、167-187aa;极性位于5-22、45-98、103-128、132-187aa;柔韧性位于16-26、75-100、104-113、136-160aa;抗原性位于9-18、53-58、82-88、115-124、136-146、164-187aa。(3)UL140基因二级结构预测结果为,无规则卷及β-转角主要位于1-8、13-25、79-95、103-113、153-159aa。(4)计算UL140基因氨基酸残基的AI较高区域的结果显示,5-10、14-22aa区域的AI较高。结论 HCMV D2 UL140基因B细胞表位,可能位于的区域为5-10、14-22aa或其附近。
- 苏海浩王波郭梦杰谭琪琪胡兢晶伍苑宾晏翠芳
- 关键词：巨细胞病毒B细胞表位婴儿
- 广州地区人巨细胞病毒临床低传代株UL138基因的序列特征及多态性分析被引量：4
- 2015年
- 目的研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代分离株UL138基因序列特征与多态性。方法从10例被证实为临床HCMV感染的新生儿尿液标本中分离HCMV低传代临床病毒株，进行多重PCR鉴定。对临床分离株进行HCMVUL138基因扩增、克隆、鉴定、测序及呈报GenBank；同时在GenBank搜索HCMVUL138同源序列，行序列分析，应用生物信息学在线软件分析UL138基因翻译后修饰位点、二级结构及等电点。结果成功分离3株HCMV临床病毒株，分别命名为HCMVD3、D2和D52。克隆测序后呈报GenBank并被收录。收录序列号分别为：DQ180375、DQ180387和DQ180359。分析结果显示在HCMV临床低传代D3、D2和D52病毒株UL138基因全序列841个碱基中，存在16个位点变异，可能编码的蛋白质氨基酸残基总数为169个，其基因序列高度保守，核苷酸变异均为碱基替换，无插入或缺失，碱基替换导致了7处氨基酸的改变。HCMVUL138蛋白翻译后修饰位点在除Toledo株外的所有分离株中均高度保守；所有分离株UL138蛋白的预测等电点均为6．51。结论广州地区感染婴儿的HCMVUL138基因及其编码的氨基酸序列极为保守，但仍具有一定的多态性，这在HCMV临床感染与致病机制研究中具有重要意义。
- 蔡丽君胡兢晶王波苏海浩伍苑宾密英鸽郭梦杰
- 关键词：人巨细胞病毒基因序列多态性
- 广州地区人巨细胞病毒临床低传代株UL141基因的序列特征
- 谭琪琪王波胡兢晶苏海浩伍苑宾郭梦杰
- 广州地区人巨细胞病毒临床低传代病毒株UL142基因的序列特征分析
- 2016年
- 目的 探讨广州地区人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代病毒株UL142基因的序列特征。方法 选取2014年3月至2015年12月在广州医科大学附属广东省妇儿医院儿科就诊的10例HCMV症状性感染患儿的尿液标本为研究对象。将从HCMV症状性感染患儿尿液标本中分离出的病毒株进行多重PCR鉴定,对UL142基因全序列克隆到pMD18-T载体上扩增并将产物进行测序,将测序结果提交GenBank并与GenBank收录的其他10株HCMV病毒株的UL142基因进行比对分析。结果 从广州地区HCMV症状性感染患儿尿液中成功分离2株HCMV临床病毒株,分别命名为HCMV D2和D3;克隆测序后由GenBank收录,收录号分别为DQ180384和DQ180370。各HCMV病毒株的UL142基因同源性比对分析发现：UL142基因序列较保守,有69处碱基发生变异,且均为点突变,无插入及缺失突变;编码蛋白的氨基酸残基为306个,序列也较保守,其中28处点突变导致编码氨基酸的改变,其余点突变均未导致编码氨基酸改变。不同HCMV病毒株中UL142基因所编码的氨基酸变异率为0.9%-6.5%。各HCMV病毒株UL142基因编码蛋白的二级结构的氨基酸数目不同,但所有HCMV病毒株UL142基因编码蛋白的等电点均在6.48-8.27。结论 广州地区HCMV临床低传代病毒株ULl42基因序列及其编码产物的氨基酸序列均较为保守,但仍存在一定的多态性,这提示UL142基因在HCMV感染与致病机制的研究中可能具有重要作用。
- 郭梦杰胡兢晶王波苏海浩伍苑宾蔡丽君谭琪琪
- 关键词：巨细胞病毒
