刘明伟
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：北京蛋白质组研究中心更多>>
- 发文基金：国际科技合作与交流专项项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 四氯化碳诱导小鼠肝脏纤维化的差异蛋白质组学
- 2014年
- 以四氯化碳(Carbon tetrachloride,CCl4)诱导小鼠肝组织纤维化为研究模型,发现并探讨纤维化肝组织与正常肝组织在蛋白质组水平上的差异。实验小鼠(C57 BL/6)随机分为两组,由橄榄油和四氯化碳诱导15周,并分别对这两组肝组织的全蛋白表达谱进行质谱检测,应用GO(Gene Ontology)功能分类分析和KEGG(Kyoto Enyoolpedia of Genes and Genomes)信号通路的富集分析方法对鉴定到的全蛋白表达谱进行差异表达分析。在对照组和实验组中,我们分别鉴定到17 382和20 486条特异性肽段,图谱平均利用率大于50%,共计鉴定到蛋白4 991种(蛋白特异性肽段个数至少为1),其中差异表达蛋白有2 135种(差异倍数大于或等于2),表达上调蛋白1 264种,下调蛋白871种。纤维化肝脏组织中与细胞外基质组成(Extracellular matrix organization)、细胞骨架组成(Cytoskeleton organization)、有机磷酸代谢(Organophosphate metabolic process)、细胞定位(Cellular localization)和细胞组分调节(Regulation of cellular component organization)相关蛋白的表达是上调的;另外,与小分子代谢(Small molecule metabolic process)、蛋白质转运(Protein transport)和有机氮化合物的代谢(Organonitrogen compound metabolic process),以及四吡咯的合成过程(Tetrapyrrole biosynthetic process)有关蛋白的表达是下调的。信号通路富集分析结果表明,纤维化与VEGF和T细胞受体信号调节通路密切相关。结果提示,纤维化的形成不仅是一个复杂的信号转导过程,更是一个炎症与免疫相互促成的结果;增强肝实质细胞的存活,降低相关信号的传递及接收都有可能对纤维化的发生和发展起到抑制效果。
- 郭改改吴红星刘明伟丁琛秦钧杨晓明
- 关键词：四氯化碳蛋白质组学
- sRP技术在微量蛋白质组学分析中的应用
- 2016年
- 目的:发展一种适用于微量临床样本的简单而高效的预分离方法,实现深度覆盖蛋白质组学分析的目的。方法:以H1975细胞系和胃黏膜活检组织等复杂样本为研究对象,比较基于高p H反相色谱微柱(s RP)技术在不同浓度梯度洗脱时的蛋白鉴定数目、蛋白定性与定量研究的重复性及不同组分间的肽段预分离效果,并将s RP技术初步运用到微量胃黏膜活检组织的蛋白质组学分析中,进一步注释鉴定的胃黏膜蛋白的生物学功能。结果:单个复杂样本蛋白鉴定的覆盖深度达到7500左右,时间缩短到8 h之内;在生物学重复性研究中,蛋白定性检测的重复率在90%以上,无标定量检测的相关系数R2则达到0.97;各组分之间的肽段预分离效果很好,最大的重复率也只有11.6%;在胃黏膜组学分析中,累积鉴定到9000多个非冗余蛋白,实现了对人类胃黏膜蛋白质组的深度覆盖。结论:s RP技术操作简单且重复性好,联合高通量质谱技术,实现了对微量临床样品的深度覆盖蛋白质组学分析。
- 杨帅刘明伟冷文川秦钧徐建明
- 关键词：质谱蛋白质组学
