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杨世茂

作品数:2 被引量:25H指数:2
供职机构:甘肃农业大学农学院更多>>
发文基金:国家自然科学基金甘肃省自然科学基金更多>>
相关领域:农业科学生物学更多>>

文献类型

  • 2篇中文期刊文章

领域

  • 2篇农业科学
  • 1篇生物学

主题

  • 2篇葡萄
  • 2篇基因
  • 1篇荧光
  • 1篇荧光定量
  • 1篇生物信息
  • 1篇生物信息学
  • 1篇生物信息学分...
  • 1篇克隆
  • 1篇基因表达
  • 1篇基因家族
  • 1篇基因克隆
  • 1篇家族
  • 1篇家族基因

机构

  • 2篇甘肃农业大学

作者

  • 2篇陈佰鸿
  • 2篇马宗桓
  • 2篇毛娟
  • 2篇李文芳
  • 2篇杨世茂
  • 1篇吴金红

传媒

  • 1篇园艺学报
  • 1篇生物信息学

年份

  • 1篇2016
  • 1篇2015
2 条 记 录,以下是 1-2
排序方式:
葡萄BRX基因家族生物信息学分析被引量:3
2015年
BRX基因家族是一类植物特有的转录因子家族,在拟南芥中参与调节根细胞的增殖与伸长. 利用生物信息学方法对葡萄基因组中存在的BRX 基因家族进行了电子克隆,并对其进行了基因组的定位、蛋白质的结构、理化性质、二级结构及亚细胞定位的预测与分析,并对其与其它植物进化的亲缘关系进行了研究. 基因组定位结果发现:葡萄基因组中6个BRX基因集中分布在3条染色体上,其中VvBRX1和VvBRX2分布在第2条染色体上,VvBRX3和VvBRX4分布在第9条染色体上,VvBRX5和VvBRX6分布在第11条染色体上;编码蛋白的氨基酸数目为360~560个,VvBRX5 的相对分子量(61 884.4)和理论等电点(9.38)均最大,而VvBRX1 的相对分子量(40 239.1)和理论等电点(6.23)均最小. 研究显示,不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间存在一定的差异,但都为疏水性蛋白;α-螺旋和无规则卷曲为6个BRX氨基酸序列的主要组成部分;均不存在跨膜域及信号肽. 基因结构分析表明,6个BRX基因都含有外显子和内含子结构. 亚细胞定位分析表明:6个VvBRX基因均定位于细胞核. 系统进化分析结果表明,VvBRX1、VvBRX2基因与胡杨的亲缘关系最近,相似性达96%;VvBRX3、VvBRX4与蓖麻、麻疯树、柑橘、可可、大豆聚为一类,说明其进化关系较近;VvBRX5与其它VvBRX基因明显分开;VvBRX6基因与莲的亲缘关系最近. 试验结果为葡萄BRX 基因家族的克隆和功能分析奠定了一定的研究基础.
李文芳陈佰鸿毛娟马宗桓杨世茂
关键词:葡萄生物信息学分析
葡萄SnRK2家族基因的鉴定与表达分析被引量:22
2016年
以‘宝石无核’(Ruby Seedless)葡萄试管苗为材料,采用RT-PCR技术,克隆得到8个葡萄Sn RK2家族基因。序列分析发现,该家族基因蛋白结构在N端相对保守,而在C端极其特异;聚类结果表明葡萄Sn RK2基因家族可以分为3个亚家族;对这8个基因所编码的蛋白质进行分析发现,其富含酸性氨基酸,且均为亲水蛋白;基因组结构分析发现Vv Sn RK2.2和Vv Sn RK2.8含有10个外显子,其他6个均含9个外显子;对蛋白二级结构分析发现8个基因编码的蛋白主要以α–螺旋、β–转角和不规则卷曲为主;亚细胞定位预测,8个基因主要定位于细胞质中。顺式作用元件分析表明,除Vv Sn RK2.1、Vv Sn RK2.2、Vv Sn RK2.6外,其他基因顺式作用元件包含ABRE、DRE/CRT、LRTE中的一个或多个。定量PCR分析表明,Vv Sn RK2的表达存在组织差异性,Vv Sn RK2.7在根中表达水平最高,是叶片的3.8倍,Vv Sn RK2.8在茎中表达水平最高,是叶片的5.0倍。0~–4℃处理后,表达水平下调幅度最小的为Vv Sn RK2.2,Vv Sn RK2.7下调幅度较大,Vv Sn RK2.8的表达水平为0;30℃处理后Vv Sn RK2.2和Vv Sn RK2.5上调表达,分别为对照的3.8倍和3.6倍;Vv Sn RK2.1和Vv Sn RK2.2与盐胁迫调节紧密相关,Vv Sn RK2.5与干旱胁迫调节密切相关。
马宗桓毛娟李文芳杨世茂吴金红陈佰鸿
关键词:葡萄基因克隆荧光定量基因表达
共1页<1>
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