王侃侃
- 作品数：31 被引量：34H指数：4
- 供职机构：上海交通大学医学院附属瑞金医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 在转录组和蛋白组水平系统研究维甲酸诱导APL细胞分化的分子机制
- ＜正＞急性早幼粒细胞性白血病（acute promyeloeytic leukemia, APL）是M3型急性髓性白血病（acute myeloid leukemia,AML）,占全部AML的10％-15％。在大多数的A...
- 郑培烝王侃侃张群业黄秋花张庆华陈赛娟陈竺张济
- 文献传递
- 白血病AML1-ETO融合蛋白转录结合位点在基因组水平的分布规律被引量：1
- 2010年
- 本研究探讨白血病t(8;21)染色体易位形成的融合癌蛋白AML1-ETO在2、9、19号3条染色体上基因组水平的结合位点分布,从而探索其在白血病发生发展过程中异常的转录调控模式,为靶向治疗药物研发以及临床治疗方案优化提供理论基础。应用染色质免疫沉淀技术与高通量的基因芯片相结合的ChIP-on-chip技术,使用覆盖上述3条染色体上所有基因组信息的瓦式基因芯片,在具有t(8;21)染色体易位的Kasumi细胞株上展开研究。实验分为抗ETO特异抗体组和随机打断基因组DNA对照组。通过MAT方法分析ETO抗体组相对于对照组的富集片段;应用CEAS分析工具分析富集片段在基因组上的分布特征,并进一步通过功能富集分析方法挖掘其中潜藏的生物学意义。结果表明:ETO抗体组在2、9、19号染色体上共得到富集片段588条,这些片段在基因组的定位分布特征如下:5.96%位于基因启动子区域,5.49%位于基因外显子区域,48.86%位于增强子区域,37.35%位于基因内含子区域,1.27%位于即时下游区域,0.87%位于3'UTR,0.2%位于5'UTR。进一步功能富集分析结果显示:参与代谢调节、细胞增殖、信号传导等功能的模块在AML1-ETO的潜在靶基因中富集。结论:AML1-ETO融合蛋白在基因组上的结合位点过半分布在经典转录因子结合区域(启动子、5'UTR和增强子),其余近半分布在非经典的区域,其下游调控的分子网络广泛涉及多种重要功能通路。
- 何苗苗石建涛朱雪华金雯王萍张济王侃侃
- 关键词：急性髓系白血病AML1-ETO
- cDNA芯片研发及其在肥胖患者脂肪基因差异表达研究中的应用被引量：4
- 2004年
- 为了加快基因功能的研究 ,利用已有的来源于不同组织的cDNA克隆 ,并通过交换和购买补充了低丰度和染色体覆盖不完全的部分cDNA ,研制开发出具有相当代表性、覆盖较完全的高密度cDNA表达型基因芯片 ,每张芯片上含有 384个质控DNA和 12 6 30个cDNA探针 ,其中包括 12 5 0 8个Unigene和 12 2个表达序列标签 (EST) .利用这些芯片 ,对肥胖患者及正常人内脏脂肪组织基因表达谱进行了初步研究 ,并发现在肥胖患者内脏脂肪组织差异表达的基因 ,其中上调的有与凋亡相关的基因、与免疫有关的基因以及与能量代谢有关的基因等 ,而下调的主要是与脂肪酸及胆固醇合成有关的基因 。
- 赵萸骆天红王侃侃张济郑培烝赵春军刘优萍郑升顾燕云李果罗敏
- 红系衍生核因子相关因子2基因在芬维A胺诱导NB4细胞凋亡中的作用
- 2012年
- 目的:研究干扰红系衍生核因子相关因子2(NRF-2)基因表达对芬维A胺诱导NB4白血病细胞凋亡的影响,探寻白血病治疗的新思路。方法:采用核转染技术将NRF-2的小干扰RNA(siRNA)转入NB4细胞干扰NRF-2的表达,然后再用芬维A胺(1μmol/L)处理NB4细胞,24、48 h后应用流式细胞术膜联蛋白(Annexin-V)异硫氰酸荧光素(FITC)/碘化丙啶(PI)双标记法检测细胞凋亡情况。结果:1μmol/L芬维A胺能明显诱导NB4细胞凋亡,并呈时间依赖性和药物剂量依赖性,在凋亡发生过程中NRF-2的mRNA和蛋白水平有上升趋势。通过RNA干扰NRF-2表达后,NRF-2的mRNA以及蛋白水平都明显下降,芬维A胺诱导NB4细胞凋亡的效能也随之减弱。流式细胞术分析干扰组细胞凋亡率仅(29.90±2.45)%,明显低于非干扰组的(43.85±14.40)%(P=0.001)。结论:NRF-2在芬维A胺诱导NB4细胞凋亡过程中扮演着重要的角色,提示芬维A胺可能通过氧化应激途径诱导细胞凋亡。通过这样的途径,设计提高白血病细胞的氧化应激能力可能成为靶向治疗白血病的新途径。
- 张辉朱雪花贾小红王业伟张济王侃侃
- 关键词：小干扰RNA氧化应激NB4细胞凋亡
- 早幼粒细胞白血病-维A酸受体α融合蛋白对LMO2基因转录调控的影响
- 2012年
- 目的:通过研究急性早幼粒细胞白血病(APL)中染色体融合形成的早幼粒细胞白血病-维A酸受体α(PML-RARα)对红系重要转录因子LMO2基因的转录调控机制,揭示APL中红系分化受阻的潜在机制。方法:利用染色质免疫共沉淀结合多聚酶链反应(ChIP-PCR)技术探讨PML-RARα融合蛋白在体内调控LMO2转录的作用方式。利用荧光素酶报告基因实验研究PML-RARα对LMO2启动子活性的影响。利用逆转录(RT)-PCR技术研究PML-RARα在APL模式细胞株PR9细胞中对LMO2转录的影响。通过分析患者样本数据,观察LMO2在各种急性髓系白血病(AML)中的表达情况。结果:PML-RARα异常融合蛋白结合于LMO2的远端启动子区域,对LMO2的转录活性进行抑制,并且这种抑制呈现梯度依赖的方式。随着PML-RARα的表达升高,LMO2的远端转录本转录水平受到明显抑制,表达量下调。与其他类型的AML以及正常骨髓细胞相比,LMO2在APL中表达较低。结论:LMO2是PML-RARα的靶基因,PML-RARα通过结合在其远端启动子区域对其转录进行负调控。
- 杨贤雯王萍刘静秋王侃侃
- 关键词：转录调控急性髓系白血病
- 基于知识库的基因组数据整合分析
- 2011年
- 数据整合逐渐成为生物数据分析的重要方向。随着高通量技术的广泛应用,基因组序列数据大量产生,而如何充分、高效地整合这些序列数据成为了一个难题。本文从序列角度出发设计了一套新的数据整合方法:序列群富集分析(SequenceSet Enrichment Analysis,SSEA),并用实验数据探讨了其潜在的应用价值,结果显示SSEA能更好的挖掘出序列数据中的复杂生物学信息。
- 杨文涛石建涛陈明杰徐海峰王侃侃张济
- 关键词：数据整合生物序列生物信息学
- 在转录组和蛋白组水平系统研究维甲酸诱导APL细胞分化的分子机制
- 急性早幼粒细胞性白血病(acute promyelocytic leukemia,APL)是M3型急性髓性白血病(acute myeloid leukemia,AML),占全部AML的10％-15％.在大多数的APL患者...
- 郑培煙王侃侃张群业黄秋花张庆华陈赛娟陈竺张济
- 关键词：急性早幼粒细胞性白血病分子机制全反式维甲酸生物治疗
- 文献传递
- PML-RARα对BHLHB2基因转录调控的影响
- 2011年
- 本研究探讨异常转录因子PML-RARα对BHLHB2基因的转录调控机制,进一步揭示急性早幼粒细胞性白血病(APL)的致病机理。利用RT-PCR技术研究PML-RARα融合蛋白及ATRA在APL模式细胞株PR9和APL病人来源的NB4细胞中对BHLHB2转录的影响;利用ChIP-PCR技术探讨PML-RARα在体内调控BHLHB2转录的作用方式;通过分析病人样本数据,观察BHLHB2在各种急性髓系白血病(AML)中的表达情况。结果表明,随着PML-RARα融合蛋白的表达升高,BHLHB2的转录受到明显抑制,并且无论在APL模式细胞株PR9还是APL病人来源的NB4细胞中,ATRA均能够解除这种抑制,诱导BHLHB2的表达上调;而在不表达PML-RARα的U937细胞株中,ATRA不能诱导BHLHB2的表达上调。研究结果提示,PML-RARα通过结合于BHLHB2的启动子区域抑制其转录。与其他类型的AML和正常的骨髓细胞相比,BHLHB2在APL中表达较低。结论:BHLHB2是PML-RARα的靶基因,PML-RARα通过与其启动子区域结合对其转录进行负调控。
- 贾小红杨文涛朱雪花杨贤雯张济王侃侃
- 关键词：PML-RARΑ转录调控急性早幼粒细胞白血病
- 基于数据分析探索APL中内含子microRNA与PML-RARα组成的调控环路被引量：1
- 2012年
- 目的:探索急性早幼粒细胞白血病(acute promyelocytic leukemia,APL)中microRNA、PML-RARα与下游靶基因组成的调控模式。方法:应用基于染色质的免疫沉淀(chromatin immunoprecipitation on chip,ChIP-on-chip)技术并结合数据分析方法对miRNA和PML-RARα与下游靶基因形成的调控环路进行研究。结果:在PML-RARα所调节的基因中,相当一部分同时也在转录后被PML-RARα潜在调节的miRNAs所调节,从而组成特定的调控环路。对于不同的内含子miRNAs,类型I的调控环路模式在白血病细胞分化过程中更为普遍存在。结论:APL中microRNA与PML-RARα通过特定的调控环路调控下游靶基因的表达。
- 涂序辉王侃侃张济
- 关键词：MIRNA调控网络
- 基于非独占式并行计算技术的ChIP-on-chip芯片分析平台
- 2009年
- 随着"后基因组时代"的到来以及各种高通量组学技术的发展,ChIP-on-chip这一新兴的研究细胞内蛋白质与全基因组DNA之间调控机制的实验技术已逐渐成熟并推广。然而由此产生的海量数据也给生物学意义的整合与数据挖掘带来了严峻的挑战。针对ChIP-on-chip得到的高通量原始实验数据,探索如何更有效地开展研究工作,实现了由分析模块、监控模块、并行框架三个模块构建的自适应并行计算系统。系统能非独占式地充分利用计算机资源计算,自动生成富集的DNA序列片段并将其映射到基因组用于后续分析;可比较分析多次实验以评估实验条件、分析不同转录因子之间的协同作用等;其包含的监控模块、并行框架很容易移植入其他开发过程。
- 杨旭智石建涛韩蓓蓓王萍王健张济王侃侃
- 关键词：CHIP-ON-CHIP并行计算
