孙青 作品数:6 被引量:24 H指数:3 供职机构: 中国农业科学院植物保护研究所 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 公益性行业(农业)科研专项 更多>> 相关领域: 农业科学 化学工程 更多>>
基于转录组分析的哈茨木霉thga3基因功能研究 被引量:2 2018年 哈茨木霉Trichoderma harzianum Th-33的Ⅲ型Gα亚基Thga3可能参与调控木霉菌的生长、产孢、几丁质酶活性、疏水性等生物学过程。为进一步明确其功能,本研究采用Hiseq2500(Illumina)测序平台,对野生菌Th-33和thga3基因敲除突变株Δthga3进行转录组测序,分析其G蛋白信号系统、细胞壁降解酶类和产孢相关基因的差异表达。与野生菌相比,Δthga3有3个G蛋白偶联受体基因发生下调表达,3个几丁质酶基因以及产孢调控基因brlA下调表达,1个G蛋白信号调控蛋白RGS1上调表达。推测thga3可能通过调控brlA的表达正调控产孢;通过调控疏水蛋白基因Tha_09745的表达调控菌丝疏水性。此外,通过调控几丁质酶基因的表达、G蛋白信号网络中其他蛋白的表达,影响菌株的拮抗和重寄生能力以及其他生物学特性。本研究为进一步探索G蛋白信号途径调控木霉菌生防特性及其机制奠定了基础。 丁洁 蒋细良 梅杰 孙青 李梅关键词:哈茨木霉 转录组测序 差异表达基因 棉花黄萎病病原菌大丽轮枝菌的快速分子检测 被引量:9 2016年 大丽轮枝菌Verticillium dahliae是引起棉花黄萎病的土传病害病原真菌。快速及时地检测出大丽轮枝菌,对棉花黄萎病的早期预警及后期防治具有重要意义。采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测技术对已报道大丽轮枝菌的检测引物进行验证、筛选和改进,获得1对改进的特异性PCR引物VDS-F/VDS-R。在优化的反应体系与扩增条件下,能特异性地从大丽轮枝菌基因组扩增出l条约520 bp的产物条带,检测灵敏度达到10^(-2)ng/μL;利用该引物可特异性地从含有大丽轮枝菌的土壤及棉花植株组织中检测出病原菌;采用巢氏PCR法对人工病土的检测灵敏度达到了10个孢子/g土。表明本引物的PCR检测体系可用于棉花黄萎病的早期快速检测。 庞莉 李梅 孙青 王丽荣 蒋细良关键词:棉花黄萎病 大丽轮枝菌 特异引物 分子检测 哈茨木霉Th-33厚垣孢子形成过程的转录组变化分析 被引量:7 2015年 应用高通量转录组测序技术对哈茨木霉产厚垣孢子前期和中期两个不同转录本进行测序,获得12186个unigenes,平均长度为1483 bp。被注释到GO(gene ontology)数据库的unigenes有6042个。通过与KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway database)数据库比对,有5151个unigenes被注释到239条KEGG代谢途径中。比较两个样本,共有差异表达基因(DEG)6329个,包括3602个上调基因,2727个下调基因。其中几丁质酶基因16个,13个上调、3个下调;几丁质合成酶基因4个,均上调;葡聚糖酶基因21个,11个上调、10个下调。KEGG富集分析显示,氨基糖和核苷酸的糖代谢途径涉及的差异表达基因最多,有23个;其次是淀粉和糖代谢途径,有14个差异表达基因参与。推测这两条代谢途径以及相关的差异表达基因可能与厚垣孢子形成有关。本研究为深入研究哈茨木霉Th-33厚垣孢子的形成机制奠定了基础。 杨晓燕 李梅 张林 庞莉 孙青 蒋细良关键词:哈茨木霉 厚垣孢子 转录组测序 差异表达基因 哈茨木霉Th-33Thga1基因的功能 木霉菌(Trichoderma)是一类重要的生防真菌,具有适应性强、抗菌谱广、诱导植物抗性和多重拮抗作用机制等特点.木霉菌生防相关基因的表达由内源信号途径所调节,G蛋白介导的信号传递系统是真核生物中一类重要的细胞跨膜信号... 孙青 蒋细良 庞莉 王丽荣 李梅关键词:基因组测序 转录组测序 木霉菌转录因子Tha-01888基因功能分析 转录因子(transcription factor,TF)又称反式作用子,是直接或间接与基因启动子区域中顺式作用元件发生特异性相互作用,并对基因转录的起始进行调控的一类蛋白质。木霉菌是植物病害重要的生防真菌,据报道至少对... 王丽荣 蒋细良 孙青 庞莉 李梅关键词:哈茨木霉 转录因子 基因敲除 功能分析 哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析 被引量:6 2016年 利用Hiseq2500高通量测序平台对哈茨木霉Th-33全基因组进行序列测定,获得196个scaffolds,共预测了10849个基因,平均长度为1776 bp(Gen Bank登录号:PRJNA272949)。以GO(gene ontology)数据库对预测出的基因做基因注释,共注释基因6238个;以KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway database)数据库对预测出的基因做基因注释,有6789个基因注释到279条KEGG代谢途径。KEGG富集分析显示,对氨基苯甲酸甲酯降解代谢通路涉及基因最多,有232个基因;其次是双酚降解代谢通路,有206个基因。利用Rfam数据库对基因组序列进行RNA分类预测,共分为25个类别,包含7123个基因,其中涉及基因最多的为转录后修饰、蛋白质翻转和分子伴侣一类。比较了哈茨木霉、深绿木霉、绿木霉以及里氏木霉基因组中重寄生相关的碳水化合物活性酶、蛋白酶及次生代谢相关基因。研究结果有助于深入了解木霉菌的生防机制、推动木霉菌功能基因的挖掘和利用。 孙青 蒋细良 庞莉 王丽荣 李梅关键词:哈茨木霉 基因注释 代谢通路