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真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展（英文）被引量：2: 2017年; 可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。; 严俊杰张磊谢斌黄千慧龙莹谢宝贵; 关键词：生物信息学方法

五节芒栽培糙皮侧耳的子实体质构分析被引量：6: 2016年; 利用质构分析仪,比较分析分别以五节芒(Miscanthus floridulus)和棉籽壳为主料栽培获得的糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)子实体的质构指标,同时测算二者干制率和杀青率差异。结果表明,相对于常规棉籽壳培养料栽培,菌草配方栽培糙皮侧耳的菌盖咀嚼性、硬度和回复性较差,菌柄回复性、硬度、内聚性和咀嚼性较差,而且子实体的干制率和杀青率也较低。; 聂国添黄千慧苗娟李肖龙莹张磊连玲丹谢斌江玉姬谢宝贵; 关键词：菌草栽培五节芒糙皮侧耳质构分析

金针菇疏水蛋白Fv-Hyd1及其潜在的转录因子Fv-Rtg3的共表达分析被引量：2: 2016年; 疏水蛋白(hydrophobin,Hyd)普遍存在于真菌的气生菌丝、侵染结构或子实体表面,且存在时空性高丰度表达。不同真菌疏水蛋白在其各个发育阶段发挥不同的功能,如气生菌丝的生长、子实体原基的形成及其形态分化等。虽然已有众多报道指出Hyd与生物或非生物环境刺激所产生的抗逆性有关,但是对它与细胞分裂分化等生物学功能及其信号转导调控的关系仍了解甚少。通过培养金针菇(Flammulina velutipes)菌丝以及金针菇出菇实验,结合基因组及转录组数据、蛋白结构预测、系统发育进化树聚类分析等生物信息学分析鉴定金针菇中一个编码疏水蛋白基因Fv-Hyd1,并利用其上游序列预测该疏水蛋白基因潜在的调控转录因子,辅以实时荧光定量PCR(real time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)数据和皮尔森相关系数鉴定它们的表达关系。结果表明,Fv-Hyd1与金针菇菌丝扭结和子实体原基的形成具有一定的相关性,与其潜在的转录因子Fv-Rtg3之间存在较强的共表达规律,并以此结合蛋白磷酸化位点预测,推测基因Fv-Hyd1的表达调控机制。; 陈仁良李肖龙莹张磊严俊杰黄千慧熊宏民谢宝贵; 关键词：金针菇扭结原基荧光定量PCR 共表达

基于担孢子形成过程四分体随机分离规律揭示草菇的有性生活史被引量：6: 2017年; 本研究观察了草菇担子上着生担孢子的类型、担孢子细胞核数量,扩增了单孢菌株交配型A因子特异序列,基于减数分裂后四分体随机分离进入担孢子的遗传规律,分析了异核担孢子和同核(或单核)担孢子的比例。研究结果表明,草菇担孢子中异核担孢子的比例平均为7.14%,同核或单核担孢子的比例平均为92.86%。单核或同核的担孢子萌发后需要质配形成异核体才能完成有性生殖,交配方式类似异宗配合;异核担孢子萌发直接形成异核菌丝,其有性生殖类似同宗配合。; 陈炳智傅俊生龙莹张磊章小寅张翔胡锋黎江玉姬谢宝贵

fv-gs6:一个与金针菇菌柄伸长相关的葡聚糖合酶基因被引量：1: 2018年; 根据金针菇(Flammulina velutipes)基因组及转录组数据,筛选得到1个β-1,6-葡聚糖合酶(β-1,6-glucan synthase)编码基因,命名为fv-gs6.该基因全长1 439 bp,含有9个外显子,8个内含子,编码339个氨基酸.多序列比对及系统进化分析结果表明:fv-gs6编码蛋白(Fv-GS6)具有β-1,6-葡聚糖合酶的保守motif,且与担子菌的β-1,6-葡聚糖合酶聚在同一个分支.生物信息学分析表明:该蛋白具备信号肽、亚细胞定位于细胞外,属于分泌蛋白;推测Fv-GS6蛋白可能直接在细胞外催化β-1,6-葡聚糖的合成.通过qRT-PCR方法检测该基因在子实体不同发育时期的表达量,结果显示:fv-gs6在菌柄上高表达,且在伸长期菌柄表达量最高;其中,菌柄的伸长区段表达量是不伸长区段的5.42倍.根据β-1,6-葡聚糖合酶在真菌细胞壁合成中的功能,推测fv-gs6的高表达可能促进细胞壁合成,参与金针菇菌柄的伸长过程.; 龙莹严俊杰仝宗军刘媛媛苗娟陶永新江玉姬谢宝贵; 关键词：金针菇基因结构

金针菇疏水蛋白Fv-Hyd1的基因功能研究: 疏水蛋白可在菌丝细胞表面形成疏水层,促进气生菌丝生长和原基形成。本研究分析了金针菇疏水蛋白Fv-Hyd1基因在不同生长发育时期的表达水平,发现它在菌丝纽结时显著上调表达。为了研究该基因的功能,我们构建了疏水蛋白Fv-Hy...; 龙莹陈仁良谢宝贵; 关键词：金针菇过表达 RNA干扰; 文献传递

交配型因子多态性分析揭示草菇异宗结合二极性菌交配系统: 本研究通过分子生物学手段克隆分析了草菇3个主栽菌株和5个野生菌株的后代单孢交配型A因子和B因子序列.结果显示:草菇存在A交配型因子多态性,共找到8种不同类型的A交配型因子.草菇的B交配型因子没有多态性,信息素受体只有少量...; 陈炳智张翔龙莹张磊章小寅严俊杰江玉姬谢宝贵; 关键词：草菇杂交育种交配系统交配型因子基因多态性

金针菇β-1,6-葡聚糖合酶编码基因fv-gs6的功能分析: β-1,6-葡聚糖是真菌细胞壁重要组成成分,对真菌细胞壁的结构框架形成中起着重要作用,且有助于激发细胞活性,触发细胞的炎症应答。β-1,6-葡聚糖合酶编码基因是合成β-1,6-葡聚糖合酶的关键基因,为了揭示β-1,6-葡...; 龙莹; 关键词：金针菇过表达表型分析

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龙莹