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杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌耐药特征与基因组分析: 2023年; 目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征,并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序,并下载公共数据库基因组进行比较;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因扫描,并构建基于单核苷酸多态性(SNP)位点的系统发育树。结果杭州地区德尔卑沙门菌临床株和食品株对28种药物的耐药率差异均无统计学意义,多重耐药率为76.7%(46/60);所有菌株均检出氨基糖苷乙酰转移酶基因aac(6′)-Iaa和磷霉素耐药基因fosA7;60株德尔卑沙门菌共分为46种PFGE带型、53种cgMLST(HC2)型别,除1株为ST3220型外,其余均为ST40型;基于439株德尔卑沙门菌(包括60株杭州菌株和379株公共数据库菌株)SNP位点构建的系统发育树显示:部分杭州菌株与东南亚菌株进化距离较近,提示可能存在跨境传播,食品株主要来自猪肉和水产类;其他杭州菌株与北京、广州、湖北、重庆等省市的菌株距离较近,提示可能存在跨省传播,食品株主要来自猪肉、牛肉和鸡肉。结论杭州地区德尔卑沙门菌的流行主要由ST40型引起,其多重耐药现象普遍,推测其临床感染与猪牛肉、鸡肉和水产类的消费密切相关,与东南亚地区和境内其他省市可能存在跨地传播。; 郑之北俞骅陈琦郑伟楼秀芹刘小东汪皓秋潘劲草; 关键词：德尔卑沙门菌多重耐药全基因组测序

2017-2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌耐药与基因组特征: 2023年; 目的分析2017—2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌的耐药与基因组特征。方法对2017—2021年杭州市分离的91株伦敦沙门菌进行药敏分析、PFGE分型和全基因组测序;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因识别,并与公共数据库菌株比较进行系统发育分析。结果临床株和食品株对18种药物的耐药率差异均无统计学意义(均P>0.05),其多重耐药率为75.8%(69/91),以同时耐7类药物的菌株居多,发现1株对多黏菌素E耐药且检出mcr-1.1基因的耐8类药物菌株;50.5%(46/91)的菌株对阿奇霉素耐药且检出mph(A)基因;91株伦敦沙门菌均为ST155型,分为44种PFGE带型和82种cgMLST型别;系统发育分析显示,大部分杭州菌株(83/91)自行聚集成簇,簇内混杂少量来自欧洲和北美洲的人分离株以及湖北、深圳等省市的猪肉分离株;少数杭州菌株(8/91)与分离自东南亚、欧洲、北美洲的菌株进化距离较近;与临床株距离较近的主要是猪肉分离株。结论杭州市伦敦沙门菌的感染主要由ST155型菌株引起,以本地传播为主,同时与东南亚、欧洲、北美洲以及国内其他省市可能存在跨地传播;临床和食品来源菌株间耐药差异无显著意义,多重耐药现象较为普遍;其临床感染可能与猪肉消费密切相关。; 郑之北俞骅郑伟陈琦楼秀芹刘小东汪皓秋潘劲草; 关键词：沙门菌多重耐药全基因组测序耐药监测

多重耐药沙门菌的耐药特征和分子分型研究: 目的分析杭州地区临床来源多重耐药沙门菌的耐药特征和感染状况。方法利用微量肉汤稀释法对193株沙门菌进行14类28种药物的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)测定,对同时...; 郑之北郑伟汪皓秋俞骅潘劲草陈琦刘小东; 关键词：沙门菌多重耐药药敏试验

杭州地区催吐型蜡样芽孢杆菌基因组特征与毒力因子分析被引量：3: 2019年; 目的了解杭州地区食品分离催吐型蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)菌株毒力因子携带情况和基因组基本特征,分析催吐型蜡样芽孢杆菌的致病性。方法采用实时荧光PCR方法检测132株2015—2017年分离自食品的蜡样芽孢杆菌呕吐毒素合成基因簇(ces基因簇),并使用Illumina MiSeq测序平台对ces基因簇阳性菌株进行基因组测序。随后,进行基因组组装、注释、毒力因子、比较基因组学及进化分析。结果12株(9.09%)菌株ces基因阳性。该12株蜡样芽孢杆菌基因组组装大小从5.35~5.75 Mb,GC含量从35.25~35.43 mol%。12株催吐型蜡样芽孢杆菌均携带完整呕吐毒素ces基因簇序列和非溶血性肠毒素NHE基因簇(nheA、nheB、nheC)、溶血素Ⅲ( hlyⅢ)等毒力因子。本地分离的12株催吐型蜡样芽孢杆菌及参考菌株NC7401 (登录号AP007209)间平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)超过99.35%。系统发育分析表明该12株测序菌株与催吐型蜡样芽孢杆菌处于同一进化分支。结论杭州地区食品来源的催吐型蜡样芽孢杆菌基因组序列与高产呕吐毒素的参考菌株NC7401高度近源。基因组分析发现许多致病性相关毒力因子。; 刘小东汪皓秋楼秀芹郑伟郑之北刘涛张蔚陈琦程实俞骅; 关键词：蜡样芽孢杆菌基因组测序毒力因子基因组分析

鼠伤寒沙门菌及其单相变种三种检测方法比较: 目的通过比较血清凝集试验、xTAG液态悬浮芯片法和荧光定量PCR法的检测结果及优缺点,探讨鼠伤寒沙门菌及其单相变种的高效检测方法,以提高沙门菌血清型别鉴定效率.方法对126株沙门菌,分别用血清凝集试验、xTAG液态悬...; 郑之北郑伟俞骅汪皓秋陈琦程实; 关键词：沙门菌鼠伤寒实时荧光PCR

杭州地区多重耐药沙门氏菌的耐药特征被引量：5: 2021年; 【背景】沙门氏菌是重要的食源性致病菌,其多重耐药现象不容忽视。【目的】分析杭州地区临床来源多重耐药沙门氏菌的耐药特征和感染状况。【方法】利用微量肉汤稀释法对339株沙门氏菌进行14类28种药物的最低抑菌浓度(Minimum Inhibitory Concentration,MIC)测定,对同时耐3类或3类以上药物的多种耐药株进行耐药特征、血清型分布等分析,并对其进行Xba I酶切及脉冲场凝胶电泳(Pulse Field Gel Electrophoresis,PFGE)。【结果】从339株沙门氏菌中检出234株多重耐药株,多重耐药率达69.03%,近3年数据比较结果显示差异无统计学意义(χ^(2)=0.117,P=0.943);以同时耐4-8类药物的菌株多见,合计占总菌株数的56.93%(193/339);大部分多重耐药沙门氏菌(199/234,85.04%)同时耐5-13种药物;菌株的耐药模式较为分散,相对优势的耐药谱为AMP-AMS-NAl-STR-SUL(10株,4.27%)和AMP-STR-TET-MIN-DOX-SUL(7株,2.99%);鼠伤寒单相变种和德尔卑血清型的多重耐药现象较为突出,其多重耐药率分别为97.06%(66/68)和100%(11/11);234株多重耐药沙门氏菌分为162个PFGE带型,相似度为44.2%-100%,其带型呈散在多态性;PFGE带型相同的菌株,其耐药类别和耐药谱不一定相同,PFGE带型不同的菌株,其耐药类别和耐药谱也可能相同。【结论】杭州地区临床来源沙门氏菌多重耐药现象普遍,但耐药谱分散,耐药表型呈多样性,而且PFGE带型呈散在多态性,与耐药表型也不存在对应关系。其基因组特征和主要食物来源有待于进一步研究。; 郑之北郑伟汪皓秋俞骅潘劲草陈琦刘小东; 关键词：沙门氏菌多重耐药药敏试验脉冲场凝胶电泳

大黄素对金黄色葡萄球菌生物膜抑制作用的体外研究被引量：4: 2020年; 目的研究大黄素对金黄色葡萄球菌生物膜早期形成及后期成熟的影响。方法以ATCC6538及编号为16-22的金黄色葡萄球菌为受试菌株,用琼脂稀释法测定大黄素的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC);构建体外生物膜模型,用银染法观察载体表面的生物膜形态,结晶紫染色法和连续稀释法进行膜内活菌计数。结果大黄素对ATCC6538和16-22的MIC分别为32、16μg/ml。形态学观察发现≥4μg/ml的大黄素能有效减少金黄色葡萄球菌的黏附和破坏已成熟的生物膜。结晶紫染色法和连续稀释法的结果表明当大黄素的浓度达到8μg/ml后,75%的ATCC6538和70%的16-22金黄色葡萄球菌生物膜生成被抑制;56%的已成熟生物膜被破坏。结论大黄素在体外可以有效抑制金黄色葡萄球菌生物膜的形成并破坏成熟的生物膜。; 陈琦楼秀芹刘涛张蔚; 关键词：金黄色葡萄球菌生物膜大黄素

2013-2018年浙江省杭州市腹泻样本中O4血清群副溶血弧菌分子特征分析被引量：1: 2022年; 目的分析浙江省杭州市腹泻样本中O4血清群副溶血弧菌分子特征。方法对2013—2018年杭州市腹泻样本中分离的1061株副溶血弧菌进行血清凝集分析,采用qPCR方法检测其中147株O4血清群副溶血弧菌的耐热直接溶血素(tdh)、耐热相关溶血素(trh)、不耐热溶血素(tlh)和toxRS/new基因,并用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法进行分子分型。结果血清型为O4∶KUT(87.07%,128/147)、O4∶K8(10.20%,15/147)和O4∶K9(2.72%,4/147)的菌株均为tdh+trh-tlh+toxRS/new-基因型。根据PFGE图谱,菌株可以分成PA(以2016年后分离的菌株为主)和PB(2013—2018年菌株)2个簇,分别包含15和16个不同带型。其中O4∶K8菌株均处于PA簇,O4∶K9菌株均处于PB簇,O4∶KUT菌株分布于PA和PB簇中。结论近年来杭州市分离自腹泻患者的O4∶KUT血清型菌株存在2个流行克隆群。其中PB簇O4∶KUT菌株持续存在,PA簇O4∶KUT菌株在2016年出现并引起本地散在暴发,该型别菌株有成为地区流行克隆群的可能。; 俞骅郑伟陈琦刘小东郑之北曹飞飞汪皓秋; 关键词：副溶血弧菌毒力基因脉冲场凝胶电泳分子分型

ICU耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分布特征分析被引量：17: 2016年; 目的监测医院ICU医务人员手及环境表面中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的污染情况,为医院采取有效合理的感染控制措施提供依据。方法于2012年6月采用无菌棉签对医院ICU的24名医务人员手及高频接触的物品表面进行采样,用MRSA显色培养皿和PCR技术扩增特征基因nuc和mecA的方法分离、鉴定MRSA,并对分离到的菌株采用法国生物梅里埃公司ATB微生物鉴定药敏系统进行耐药性检测,采用SPSS19.0软件进行数据录入和统计。结果医务人员手MRSA检出率为41.7%,其中保洁员检出率最高,为75.0%;共采集环境标本62份,检出MRSA 7株,检出率为11.3%,其中床单元、医疗设备、公共物品的MRSA检出率差异无统计学意义;所有MRSA对青霉素和苯唑西林的耐药率均为100.0%,但是对米诺环素、喹奴普汀/达福普汀、利福平、替考拉宁和万古霉素敏感率均为100.0%。结论 ICU医务人员手MRSA的检出率较高,环境表面存在MRSA污染,医院应加强教育培训,提高医务人员手卫生意识和提高环境清洁质量。; 陈琦金慧徐虹韦凌娅沈林海倪晓平; 关键词：医院感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌医务人员保洁员

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陈琦

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