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低盐胁迫下假微型海链藻脂肪酸代谢的转录组学分析被引量：1: 2023年; 文章以假微型海链藻(Thalassiosira pseudonana)转录组测序数据为基础,对差异表达的功能基因进行GO(gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,以研究低盐胁迫条件对其脂肪酸代谢通路相关功能基因表达的影响。结果发现,不同盐度培养下的假微型海链藻在生长期的第2天与第4天时细胞中与脂肪酸生物合成、脂肪酸延伸的相关基因(如:ACC1、arm)的表达量相对于生长第1天均显著升高,与脂肪酸降解相关基因(如:ACADM、ECI1)的表达量无显著变化;与脂肪酸的生物合成、延长相关基因的表达量在试验组和对照组间存在差异(如:起重要作用的KASⅠ、ACAA2等基因表达量显著增加,但也有少数处于下降或者微变动的状态),与脂肪酸降解过程相关基因的表达量显著上升。; 孙文杰李佳岷王华龙米铁柱甄毓; 关键词：脂肪酸代谢转录组盐胁迫

基于转录组的假微型海链藻硫代谢相关途径分析: 2024年; 为分析近海广布藻华原因种应对广盐环境的细胞关键生命代谢活动过程的调控策略,本研究对不同盐度以及不同处理时间的假微型海链藻(Thalassiosira pseudonana)进行转录组测序,获得T.pseudonana硫代谢途径酶编码基因的差异表达结果。研究结果显示:在不同盐度下,共发现13个硫代谢途径的差异表达基因;随培养时间延长,低盐度培养的实验组相较于对照组有更多的硫代谢编码基因发生显著差异表达,如在硫酸盐同化过程中,在培养的第二天ATP硫酸化酶的基因表达量相对于第一天显著降低,其原因可能是因为藻细胞对硫酸盐同化需求的减少,从而可能会限制亚硫酸盐的形成;在低盐胁迫下,与半胱氨酸合成相关的酶(如丝氨酸乙酰转移酶)基因表达量显著降低,说明藻细胞减少了含硫氨基酸(如半胱氨酸)的合成,这些都会影响其正常的生命代谢活动。本研究表明,沿海河口区的盐度波动可能会对T.pseudonana的硫代谢产生重要影响,这一发现有助于深入理解近海广布藻华原因种应对盐度压力时的分子响应机制。; 李佳岷孙文杰王华龙王华龙米铁柱; 关键词：转录组盐度

基于玛氏骨条藻转录组的细胞死亡相关功能基因解析: 2017年; 本研究以玛氏骨条藻(Skeletonema marinoi)转录组信息为基础,发现玛氏骨条藻中存在26个与细胞死亡相关的酶以及37个编码这些酶的基因。这些编码基因的序列比对结果表明,其与假微型海链藻(Thalassiosira pseudonana)和大洋海链藻(Thalassiosira oceanica)的同源基因具有较高的一致性。对这些样品进行数字基因表达谱的差异基因分析,获得了不同生长时期时与细胞死亡过程有关的编码基因的差异表达数据。结果发现,在稳定期和衰亡期,与抗氧化胁迫作用相关的关键酶(如过氧化物酶5、铜锌超氧化物歧化酶)、与RNA的加工与降解过程有关的功能基因(如多核糖核苷酸核苷转移酶、5’~3’核糖核酸外切酶2)以及细胞死亡特异蛋白的基因表达量显著高于指数期。本论文主要是通过对转录组数据进行分析得到基因转录组水平差异表达结果,为蛋白水平研究提供一种可能性变化趋势和潜在数据依据,同时为以后研究提供数据基础及研究方向。本研究也为进一步探讨硅藻的细胞死亡机制奠定了基础,也为深入理解赤潮的消亡过程提供了新的视角。; 王华龙米铁柱甄毓刘乾于志刚; 关键词：细胞死亡

硅藻C_4固碳途径的研究进展被引量：2: 2018年; 硅藻不仅对全球初级生产力有重要贡献,还在碳的生物地球化学循环、维持海洋生态系统稳定方面起到了重要作用,因此受到广泛关注。结合新兴的高通量测序技术对硅藻固碳途径进行研究,已经证明其在基因组层次上C_4途径所需关键基因的存在,而转录组测序技术则可以在基因组的基础上,结合一系列特定的环境因子展开更深一步的研究。虽然一些硅藻种类中的单细胞C_4途径在其体内的作用仍存在争议,但随着同位素标记,实时荧光定量PCR等技术的发展与应用,这一领域的相关证据不断积累,并发现这一机制除了可以提高Rubisco酶的CO_2固定效率以外,还具有降低光呼吸强度,为碳代谢相关的途径提供还原力和中间代谢产物的重要意义。通过C_4途径与不同生态学尺度相结合的研究,不仅明确了该过程在代谢产物运输和能量流动方面的运行情况,还可以更好得解释硅藻在海洋环境中取得的巨大成功。; 刘乾米铁柱甄毓王华龙甄毓; 关键词：硅藻 C4途径

基于玛氏骨条藻(Skeletonema marinoi)转录组的碳固定代谢途径分析被引量：6: 2016年; 以玛氏骨条藻(Skeletonema marinoi)转录组信息为基础,分析了其碳固定代谢途径,共发现18种酶对应的34个编码基因,构建了玛氏骨条藻进行碳固定代谢途径的通路图.这些编码基因的序列比对结果表明,其与假微型海链藻(Thalassiosira pseudonana)的同源基因具有较高的一致性.对这些样品进行数字基因表达谱的差异基因分析,获得了不同生长时期碳固定代谢途径酶编码基因的差异表达情况.通过分析发现,C3和C4代谢途径中存在表达差异的基因分别有7和3个,其中果糖-1,6-二磷酸酶和丙酮酸磷酸双激酶的编码基因表达在指数生长期之后出现显著上调.这有助于对玛氏骨条藻碳固定代谢途径中关键编码基因调控过程的解析,为进一步研究硅藻的固碳机制奠定了基础,也为深入了解碳的生物地球化循环提供了新的研究方向.; 刘乾米铁柱甄毓王华龙于志刚; 关键词：转录组

基于玛氏骨条藻转录组的脂肪酸合成途径分析被引量：3: 2018年; 本研究利用Illumina Hiseq2000对不同生长时期的玛氏骨条藻(Skeletonema marinoi)进行转录组测序,得到的转录本通过NR、NT、Swiss-Prot和KOG数据库进行功能分类,通过GO和KEGG数据库进行相关代谢途径分析和基因差异表达分析,在此基础上构建了S.marinoi的脂肪酸生物合成途径,发现共存在26种酶和蛋白对应的33个编码基因,对这33个基因序列进行比对发现其与假微型海链藻(Thalassiosira pseudonana)的同源性较高。在该代谢通路中,S.marinoi在不同生长时期出现显著差异表达的基因有15个。与指数期相比,柠檬酸裂解酶和长链酰基-CoA合成酶(Comp14198_c0)的编码基因在稳定期和衰亡期出现显著下调表达,而柠檬酸合酶的编码基因仅在稳定期出现显著下调表达。与之相反的是,以乙酰-CoA羧化酶编码基因为代表的12个编码基因在稳定期和衰亡期均出现了显著上调。通过分析,初步推测S.marinoi在稳定期的脂肪酸合成能力高于指数期。这些信息为海洋微藻脂肪酸生物合成途径的研究提供了理论基础,有助于对S.marinoi进行基因改造,提高脂肪酸的合成量。同时,又能为赤潮的防治提供新的思路。; 张梅张梅米铁柱王华龙; 关键词：转录组

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王华龙