张国彬
- 作品数：11 被引量：6H指数：2
- 供职机构：深圳市血液中心更多>>
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- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 中国南方汉族人群14个功能性KIR基因高分辨水平多态性的研究
- 目的: 在天然免疫中发挥重要作用的KIR基因家族，包含14个功能性基因和2个假基因。KIR基因不仅存在等位基因水平的多态性，而且还存在单倍型组成的差异。鉴定KIR等位基因具有功能性及临床意义。迄今国际上只有鉴定KIR基...
- 张国彬
- 关键词：医学免疫学KIR基因测序分型汉族人群
- 文献传递
- KIR2DL1框架基因cDNA的分子克隆测序及一个新等位基因的鉴定被引量：1
- 2016年
- 目的建立K工R2DLI框架基因cDNA的分子克隆测序方法，并鉴定南方汉族人群一个新的KIR2DL1等位基因。方法对-K豫2DL1框架基因测序分型结果异常的外周血样，提取mRNA，反转录为cDNA，用1对KIR2DLl框架基因特异性PCR引物进行扩增，特异性扩增产物（1．2kb）经切胶回收纯化后，进行分子克隆和单倍型测序。结果KIR2DL1特异性PCR扩增产物，经分子克隆和单倍型测序，检出1个正常的K／R2DL1＊00302等位基因和1个新变异的KIR2DL1等位基因。该新等位基因的序列与KIR2DL1＊00302最相近，但存在编码区nt 188A〉G点突变、位于第4外显子的第42密码子由GAG变成GGG，导致第42位氨基酸残基发生GIu42Gly改变；其序列提交GenBank（序列号：KP025960）和IPD-KIR数据库（IWS40001982），已被世界卫生组织HLA因子命名委员会KIR分委会正式命名为KIR2DL1＊031。结论我们建立了KIR2DL1框架基因cDNA分子克隆测序方法，在等位基因水平的KIR研究中具有广泛的应用前景。
- 孙革王畅甄建新张国彬徐筠娉邓志辉
- 关键词：测序分型分子克隆
- 14个功能性杀伤细胞免疫球蛋白样受体KIRs基因同步测序分型的方法
- 本发明基于KIR基因组全长序列的结构特点、SNPs多态性分布以及外显子两翼的内含子的长度，制定了科学的PCR扩增策略，设计具有相近退火温度的KIR基因特异性PCR引物56对。每个功能性KIR基因的全部编码区序列分别采用3...
- 邓志辉甄建新张国彬
- 文献传递
- 南方汉族人群KIR2DL4基因的多态性及五个新等位基因的鉴定被引量：2
- 2017年
- 目的研究南方汉族人群KIR2DL4基因的遗传多态性。方法采用自行设计的PCR引物对306名南方汉族无关个体K豫2DL4框架基因的8个外显子进行扩增，之后进行双向测序，用Assign3．5软件分析各样本的等位基因型。对与国际IPD-KIR数据库不完全匹配的样本进行cDNA分子克隆和单倍型测序。结果共检出11种KIR2DL4等位基因，其中KIR2DL4＊00503、＊00504、＊032、＊033、＊034被WHOHLA因子命名委员会KIR分委会正式命名为新等位基因。检出的等位基因及其频率分别为KIR2DL4＊00102（75．5％）、＊00103（8．2％）、＊00501（34．0％）、＊00503（0．7％）、＊00504（0．7％）、＊00602（14．4％）、＊00801（11．4％）、＊011（22．2％）、＊032（0．3％）、＊033（0．3％）和＊034（0．3％）。第7外显子CDSnt811位置正常的10A型等位基因（KIR2DL4＊00102、＊00103、＊00501、＊00503、＊00504、＊00602、＊032、＊033、＊034）和CDSnt811位置缺失腺嘌呤的9A型等位基因（K琥2DL4＊00801、＊011）的检出比例分别为97．0％及33．0％，约为2．9：1。结论获得了南方汉族人群KIR2DL4等位基因分子遗传多态性的基础数据，可为移植、生殖免疫、疾病关联研究及人类进化等提供参考。
- 张国彬邓志辉
- 关键词：测序分型EDNA分子克隆
- 人类白细胞抗原Ⅰ、Ⅱ类等位基因及单倍体多态性与中国南方汉族白血病的相关性
- 2021年
- 目的探讨人类白细胞抗原(HLA)Ⅰ类(A、B、C)、Ⅱ类(DRB1、DQB1、DPB1)等位基因和单倍体多态性与中国南方汉族急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓系白血病(AML)以及慢性粒细胞白血病(CML)的相关性。方法收集深圳市血液中心845例中国南方汉族白血病患者(323例ALL、350例AML及172例CML)和745名中国南方汉族健康献血者的外周血样本。应用聚合酶链反应反向序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-rSSO)及测序分型(PCR-SBT)方法对HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1进行基因分型,鉴定HLA等位基因前4位数。采用Arlequin 3.5软件分析HLA单倍体;从HLA低分辨水平(等位基因前2位数)及高分辨水平(等位基因前4位数)分别统计分析HLA等位基因和单倍体多态性与3种白血病的相关性。结果经Bonferroni校正,ALL组A*02(36.22%比28.26%,χ^(2)=13.41,PC<0.01)及其单倍体A*02-B*46-C*01(15.35%比10.23%,χ^(2)=10.90,PC=0.02)、DRB1*12(15.79%比11.10%,χ^(2)=9.02,PC=0.03)、A*02:03(9.75%比5.32%,χ^(2)=14.25,PC=0.002)及其单倍体A*02:03-B*38:02-C*07:02(3.80%比1.51%,χ^(2)=10.41,PC=0.02)的频率均高于对照组,是ALL易感因素;AML组A*11-B*15-C*08-DRB1*15-DQB1*06-DPB1*02的频率高于对照组(1.34%比0.07%,χ^(2)=12.54,PC=0.003),是AML易感单倍体;CML组A*02(36.63%比28.26%,χ^(2)=9.33,PC=0.02)及其单倍体A*02-B*15-C*04(2.17%比0.29%,χ^(2)=11.74,PC=0.02)、DRB1*03:01-DQB1*02:01-DPB1*02:01(1.86%比0.14%,χ^(2)=13.10,PC=0.01)的频率均高于对照组,是CML易感因素;CML组DRB1*13的频率低于对照组(1.45%比5.25%,χ^(2)=9.29,PC=0.03),是CML拮抗基因。结论在HLA低分辨及高分辨水平发现了白血病易感或拮抗HLA等位基因和单倍体,可为探究中国南方汉族白血病发病机制并制订有效治疗策略提供参考。
- 甄建新张国彬陈瑞邓志辉
- 关键词：白血病HLA抗原等位基因单倍体
- 14个功能性杀伤细胞免疫球蛋白样受体KIRs基因同步测序分型的方法
- 本发明基于KIR基因组全长序列的结构特点、SNPs多态性分布以及外显子两翼的内含子的长度，制定了科学的PCR扩增策略，设计具有相近退火温度的KIR基因特异性PCR引物56对。每个功能性KIR基因的全部编码区序列分别采用3...
- 邓志辉甄建新张国彬
- 文献传递
- KIR 2DL4基因测序分型中杂合碱基位置峰高不平衡现象及其意义被引量：2
- 2017年
- 目的研究KIR 2DL4基因测序分型中序列及分型结果"异常"的原因。方法 2016年5月对KIR 2DL4基因测序分型时检出的2例杂合碱基位置峰高不平衡、判定为模棱两可结果或无完全匹配分型结果的标本,采集新鲜外周血样,提取mRNA,反转录成c DNA后,进行c DNA分子克隆和单体型测序;同时采用荧光定量法检测基因组DNA中2DL4基因的拷贝数。结果分子克隆和单体型测序表明,1例标本携带正常的KIR 2DL4*00102,*00501及*011等位基因;另一标本中检出了KIR 2DL4*00102,*00501及*00602等位基因。2例标本中均检出了3种不同的KIR 2DL4等位基因,无新等位基因检出。荧光定量PCR实验证实这2例标本KIR 2DL4拷贝数均为3个。结论人类KIR单体型上KIR 2DL4基因的拷贝数存在多样性,当出现杂合碱基位置峰高不平衡、无与之完全匹配分型结果,并非由新等位基因所致。
- 喻琼甄建新张国彬陈瑞陈瑞邓志辉
- 关键词：KIR测序分型
- cDNA分子克隆法鉴定KIR3DL3*064新等位基因
- 2020年
- 目的:应用cDNA分子克隆测序方法,鉴定中国南方汉族1个KIR3DL3新等位基因。方法:采集1例KIR3DL3基因测序结果异常的无偿志愿捐血者的外周血样,提取mRNA并逆转录为cDNA。设计1对具有KIR3DL3基因特异性的PCR引物对cDNA进行扩增,扩增产物纯化后进行分子克隆测序。结果:经分子克隆测序,检出1个正常的KIR3DL3*00802等位基因和1个KIR3DL3*064新变异等位基因。KIR3DL3*064与KIR3DL3*00601等位基因的序列最为接近,仅有编码区存在nt1184 C>T错义变异,导致第9外显子中的第374密码子由ACT变为ATT,所编码的苏氨酸(Thr)变为异亮氨酸(Ile)。该等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会KIR分委会正式命名为KIR3DL3*064。结论:cDNA分子克隆测序法能够鉴别常规测序分型中的异常结果,可用于鉴定KIR3DL3新等位基因。
- 聂冬梅蔡思齐张国彬邓志辉
- 关键词：CDNA
- 南方汉族人群功能性KIR框架基因测序分型中模棱两可的结果及解决策略被引量：1
- 2016年
- 目的探讨南方汉族人群中功能性KIR框架基因全部编码区测序分型中模棱两可结果的种类及其解决方法。方法对306份南方汉族人群的14个功能性KIR框架基因的全部编码区进行测序分型，统计模棱两可结果的种类及比例，针对每种模棱两可结果中等位基因编码区序列碱基的差异，设计组特异性PCR及测序引物，进行组特异性KIR等位基因PCR扩增和再测序，以鉴定等位基因型别。结果发现KIRZDL5、3DL2和3DL3存在6种模棱两可的结果，种类及其比例依次为：3D阳＊（002，007／010，015）占12．09％（37／306），（2DLSA＊001，2DLSB＊006／2DL5A＊012、2DLSB＊008）占5．88％（18／306），3DL3＊（001，010／009，048）占3．59％（11／306），3DL2＊（007，008／016，027）占2．29o．4（7／306），3DL3＊（00801，048／01001，026）及3DL3＊（00802，048／01002，026）均占1．31％（4／306）。除了（2DL5A＊001，2DL5B＊006／2DLSA＊012，2DL5B＊008）、3DL2＊（007，008／016，027）两组模棱两可结果均分别只检出其中的一种基因型外，其余的4组模棱两可结果每组中均检出了不同的基因型。结论我们建立了有效的组特异性引物扩增和测序方法鉴定模棱两可的结果，在KIR测序分型中具有广泛的应用价值。
- 张国彬邓志辉
- 关键词：杀伤细胞免疫球蛋白样受体测序分型
- 中国南方汉族人群KIR2DS4基因的多态性
- 2017年
- 目的探讨南方汉族人群KIR2DS4分子遗传多态性。方法应用特异性PCR引物扩增306名无关个体KIR2DS4基因的全部外显子，确定KIR2DS4框架基因的有无。对存在KIR2DS4的样本，对该基因的全部外显子进行双向测序，用Assign3．5分析软件鉴定基因型。在测序分型中出现与国际IPD-KIR数据库不完全匹配结果的样本，进行cDNA分子克隆和单倍型测序。结果306名南方汉族无关个体中，携带KIR2DS4基因的个体为297例，经测序分型，均获得了清晰的序列峰图。共检出了7种等位基因，其中3个新等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会KIR分委会正式命名。检出的等位基因及其频率分别为KIR2DS4＊00101（78．8％）、＊003（10．5％）、＊004（16．0％）、＊010（23．2％）、＊017（0．3％）、＊00105（0．3％）和＊018（0．7％），未检出KIR2DS4＊007等位基因。能正常表达于细胞表面的等位基因（KIR2DS4＊00101、＊017、＊00105）和不能正常表达于细胞表面的等位基因（KIR2DS4＊003、＊004、＊010、＊018）的检出比例分别为79．4％及50．4％，约为1．6：1。结论获得了南方汉族人群KIR2DS4等位基因分子遗传多态性，可为移植、疾病关联研究及人类进化等提供基础数据。
- 甄建新张国彬喻琼何柳媚徐筠娉邹红岩邓志辉
- 关键词：测序分型CDNA分子克隆
