宋峰
- 作品数：2 被引量：5H指数：1
- 供职机构：济宁市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：山东省医药卫生科技发展计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 新型冠状病毒非结构蛋白3结构和功能的生物信息学分析被引量：1
- 2022年
- 目的利用生物信息学方法分析新型冠状病毒非结构蛋白3(NSP3)的生物学特征。方法在NCBI数据库获得NSP 3氨基酸序列,利用软件分析其分子式、等电点、亲水性、跨膜结构域、蛋白翻译后修饰、二级结构、抗原表位等特点,并构建其三级结构。结果NSP3由1945个氨基酸组成,分子式为C_(9722)H_(15175)N_(2489)O_(2969)S_(88),是一种含有4个跨膜结构域的稳定亲水蛋白质。二级结构以无规卷曲为主(占45.1%),含有丰富的磷酸化位点、糖基化位点、泛素化位点、SUMO化位点、甲基化位点、乙酰化位点、琥珀酰化位点和棕榈酰化位点。NSP3含有15个二硫键,具有7个保守蛋白结构域,存在丰富的抗原表位,主要分布于内质网。并以同源建模法构建其三级结构模型。结论利用生物信息学方法分析NSP3的性质、结构、功能特征和抗原表位,为新冠肺炎的防控和药物研发提供参考依据。
- 丁一宋峰刘烁江亚娟王小羽焦伯延
- 关键词：新型冠状病毒非结构蛋白3生物信息学
- miRNA-126在冠状动脉支架内再狭窄中的表达及意义被引量：4
- 2017年
- 目的观察miR-126在冠状动脉支架内再狭窄(ISR)患者外周血中的表达并评估其意义。方法收集2014年6月至2015年12月在济宁医学院附属医院心内科住院的26例支架内再狭窄患者为ISR组,收集同期未发生支架内再狭窄的患者40例,为non-ISR组。分别观察各组的临床资料和冠脉支架手术资料,用实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time PCR)检测miR-126表达,比较两组间的miR-126表达差异;通过ROC曲线评估miR-126对冠脉支架术后患者发生ISR的诊断价值。生物信息学预测miR-126的靶基因,并对这些靶基因进行功能分析和富集。结果ISR组与non-ISR组在冠脉病变特点和手术特点比较:支架直径[(3.21±0.88)mm,(3.15±0.67)mm]、支架长度[(20.83±4.92)mm,(21.02±4.75)mm]、支架释放最大压力[(14.17±9.1)atm,(13.97±6.26)atm]两组间均差异无统计学意义(t=0.97,-1.04,0.87;P>0.05)。miR-126在ISR组中的表达量(0.63±0.38)低于non-ISR组(1.36±1.03),差异有统计学意义(t=-5.46,P<0.01)。ROC曲线分析基线miR-126对冠脉支架术后患者12~18个月时发生ISR的曲线下面积(AUC)为0.791(95%CI 0.671~0.912,P<0.01)。通过数据库预测出miR-126的靶基因,对这些靶基因进行基因功能富集,发现其主要作用方向是:血管内皮生长因子信号通路、细胞外基质、细胞增殖调节等。结论miR-126下降的冠脉支架患者在术后随访期间发生ISR的危险度增加,miR-126是冠脉支架患者发生ISR的预测因素。miR-126的生物功能主要集中于血管内皮生长因子信号通路方向,这可能是其参与ISR过程的一个途径。
- 魏广和宋峰张韶辉刘立新苏强王建军高振才张淑芳
- 关键词：冠状动脉疾病支架内再狭窄微RNAS计算生物学
