目的 在规范化的结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）可变数目串联重复序列（variable number of tandem repeats，VNTR）基因分型的基础上，构建我国31个省（自治区、直辖市）VNTR数据库，每个省优化一套VNTR位点组合，为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据。方法 对2007－2008年全国结核病耐药性基线调查的4 116株MTB15位点VNTR（15-VNTR）基因分型。汉高指数（Hunter-Gaston Index，HGI）分析每个位点的分辨率。依据谱系流行特征，以分辨率高和稳定性强为原则，为各省设计一套VNTR优化组合（12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR和5-VNTR），采用HGI和成簇率进行评价。结果 完成了涵盖率为96.36%（3 966/4 116）MTB完整15-VNTR图谱。发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点；QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB11b在部分地区遗传稳定性差。内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的最优组合为10-VNTR，其他各省的最佳组合为8-VNTR。结论 VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪；各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究。
目的通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(MTB)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供参考依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)和欧洲核酸数据库(ENA)中共下载来自全球2 372株MTB全基因组序列,原始数据按照质控要求去除冗余,BWA v 0.7.12软件将菌株的测序文件回帖到结核杆菌参考基因组H37Rv上;SAMtools v 1.3、Picard v 1.112、Varscan筛选SNPs位点以及去除非特异性SNP位点;采用最大似然法软件RAxML v 8.2.8构建系统进化树;Genepop v 4.5.1软件计算每个SNP位点的遗传分化系数(Fst);SnpEff v 4.3c软件注释。结果初步筛选得到107 654个SNP位点,构建的系统进化树将2 347株MTB明确地划分为7个谱系以及69个亚谱系。优化后得到285个谱系定义的SNP位点,将2 347株MTB准确划分为7个分支及67个亚谱系。结论本研究通过基因组序列分析发现一批基于系统进化的SNP位点,而且基于系统进化285个SNP位点不仅可以用于系统发育及进化相关分析,同时也能够作为基因分型技术靶标,用于结核病分子流行病学。
