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比较不同地理株系柞蚕NPV的全基因组揭示其遗传多样性: 柞蚕核型多角体病毒(Antheraea pernyi nucleopolyhedroviruses,AnpeNPVs)会到引起柞蚕爆发大面积的柞蚕脓病。之前,核型多角体病毒的比较基因组学研究都集中在不同物种间的基因结构,...; 何强许金山周泽扬; 关键词：柞蚕杆状病毒单核苷酸多态性; 文献传递

从梨花浅粉蝶中分离得到一种微孢子虫的进化分析: 本研究探讨从梨花迁粉蝶(Catopsilia pyranthe)中分离得到的一种微孢子虫的种属地位及进化关系,测定了其体内核糖体SSUrDNA、ITS及其微管蛋白基因alpha-tubulin序列.根据Nosema sp...; 郑丽金何强党晓群李治许金山周泽扬

微孢子虫感染的柞蚕蛹内细菌种群分布及遗传多样性分析被引量：1: 2016年; 分离纯化微孢子虫感染的柞蚕蛹内单细胞微生物,采用CTAB法提取混合样品总DNA,并应用高通量SOLEXA测序技术进行测序.通过生物信息学方法进行分析比较,共鉴定了87个种,隶属于37个属17个科的细菌,主要分布在变形杆菌属Proteus、乳球菌属Lactococcus、假单胞菌属Pseudomonas、芽孢杆菌属Bacillus、肠球菌属Enterococcus等,揭示了微孢子虫感染的柞蚕蛹内细菌种群的多样性.对细菌相关基因的COG(同源蛋白簇)注释显示,参与产能及能量代谢的基因数量所占比例最多;对蛋白序列遗传距离的分析显示,编码硫胺素、二硫键分子伴侣、NADH泛醌氧化还原酶NqrA亚基等的基因在细菌种群中遗传变异相对较大,说明在蛹环境中这些参与能量代谢的相关基因变异速度加快.研究感染微孢子的宿主体内细菌物种的多样性,对于进一步挖掘微孢子虫与细菌共寄生宿主过程中的相互作用具有潜在意义.; 何承民何强张小燕; 关键词：柞蚕多样性基因组

人气管普孢子虫基因组中MITEs转座子的鉴定及进化分析: 2016年; 利用生物信息学方法,首次在人气管普孢子虫（Trachipleistophora hominis）基因组内鉴定到9个MITEs家族ThME1ThME9,共123个拷贝,MITEs转座子的长度均小于600bp。根据靶位点重复序列（Target site duplication,TSD）的不同,将ThME1归属于Tc1/Mariner超家族,ThME2和ThME3归属于PIF/Harbinger超家族,ThME5和ThME6归属于CACTA超家族（超家族的名字用正体较好,下同）,其余家族归为新家族。分析发现,人气管普孢子虫中的所有MITEs家族的吉布斯自由能均小于0,表明MITEs家族具有形成二级结构的潜能,有利于该家族在基因组上转座。人气管普孢子虫MITEs家族在基因组的插入时间估计在0-800万年内,而且这种插入在基因组中是随机的,没有位置偏向性,并发现2个MITEs转座子拷贝插入到基因编码区内部。上述结果为进一步研究微孢子虫MITEs转座子的起源以及功能奠定了基础。; 刘璐何强陈世良张小燕周泽扬许金山; 关键词：微孢子虫 MITES 基因组转座子

从金凤蝶分离的一株微孢子虫的全基因组MITEs转座子鉴定与系统进化分析被引量：3: 2014年; 微型反向重复转座元件（MITEs）是一种非自主性DNA类转座子。从四川省雅安市野外的金凤蝶（Papiliomachaon Linnaeus）中分离到-株微孢子虫，简称PM-1。采用生物信息学分析方法，利用MITE—Hunter软件在PM．1基因组中鉴定出21个MITEs家族，命名为NpmMEl-NpmME21。其中有5个家族属于Stowaway—like类，1个家族属于Tourist-like类，2个家族属于Pegasus—like类，其余13个家族为新家族。比较家蚕微孢子虫（Nosema bombycis）已鉴定的MITEs转座子，发现PM-1分离株的NpmME20与家蚕微孢子虫的NbMEI属于同一家族，且在家蚕微孢子虫基因组中的拷贝数是PM-1分离株基因组中的30倍，表明该MITEs家族从2种微孢子虫共同祖先分化后，在家蚕微孢子虫基因组中经历了爆发式的扩增。对PM．1分离株NpmMEs各家族内拷贝序列两两间遗传距离的分析显示，NpmME1、NpmME8家族的遗传距离明显大于NpmME10、NpmME13、NpmME16家族，在家蚕微孢子虫中也有类似现象，暗示着前两者更为古老。进一步调查NpmMEs在PM．1基因组上的位置发现，NpmMEs转座子偏向于分布在基因侧翼非编码区，无基因内插入偏向；部分NpmMEs序列与基因起始密码子或终止密码子重叠，改变了基因的原有结构。研究结果有助于进一步阐释微孢子虫MITEs转座子的进化起源以及对基因组结构的影响。; 刘铁许金山李田潘国庆何强李学燕周泽扬; 关键词：微孢子虫家蚕微孢子虫

家蚕微孢子虫中小RNAs的全基因组鉴定与分析(英文)被引量：2: 2015年; 【目的】家蚕Bombyx mori微粒子病是蚕业生产上的毁灭性病害,家蚕微孢子虫Nosema bombycis是该病的病原,可经卵垂直传播和经口水平传播。为了探索家蚕微孢子虫中对重复元件的抵御以及对基因转录调控的潜在方式,本研究拟在基因组水平上对该物种的小RNAs进行全面系统的分析,鉴定与转座子相关的小RNAs和潜在的miRNAs。【方法】从感染家蚕微孢子虫的家蚕中肠中提取总RNA,分离小片段RNA并反转录后,进行Solexa高通量测序。通过生物信息学方法对小RNAs进行分类及功能注释,鉴定起源于家蚕微孢子虫不同类型转座子的小RNAs,并对潜在的miRNA进行预测分析。【结果】家蚕微孢子虫小RNAs的长度主要是24和25 nt,其中大部分序列表现出5'末端的尿嘧啶偏好性。家蚕微孢子虫中存在丰富的与转座子相关联的小RNAs,并且与转座子标准序列匹配的反义小RNAs明显多于正义小RNAs。同时,鉴定获得了31个候选miRNAs,部分为Nosema属的其他孢子虫中所共有,暗示其在微孢子虫基因组进化上具有保守性。【结论】首次鉴定到家蚕微孢子虫的转座子相关性小RNAs,暗示小RNAs在家蚕微孢子虫基因组对转座子防御过程中起到作用,31个潜在的miRNAs为家蚕微孢子虫miRNAs的功能验证提供了后续靶标。; 潘秋玲李田何强马振刚范晓东张小燕王艳丽周泽扬许金山; 关键词：家蚕微孢子虫小RNA 转座子 MIRNA 基因组

柞蚕核型多角体病毒(AnpeNPV)三地理株的全基因组比较分析揭示其遗传多样性(英文)被引量：1: 2015年; 【目的】柞蚕核型多角体病毒(Antheraea pernyi nucleopolyhedroviruses,AnpeN PV)能引起柞蚕脓病大面积暴发。尽管之前已完成了两株核型多角体病毒的基因组测序,但基于比较基因组的方法调查AnpeN PV间的遗传变异研究则相对较少。【方法】为了研究AnpeN PV不同地理株系间的遗传多样性,我们测序了1株从中国河南省分离的柞蚕NPV(AnpeN PV-H)基因组,并和之前从辽宁省分离的2株柞蚕NPV(AnpeN PV-L和AnpeN PV-Z)进行了比较基因组学分析。【结果】AnpeN PV-H的全基因组大小为125 605 bp,总共预测了146个开放阅读框(ORF),包括95个功能注释蛋白和51个假定蛋白。我们发现这3株AnpeN PV间的基因组成非常相似。在这3个AnpeN PV株系间,有6个开放阅读框存在碱基变异而导致基因的变短。并鉴定超过200个单核苷酸多态性(single nucleotide variations,SNVs),其中85%位于蛋白编码区。同时,odv-e56,p94-like和egt 3个基因的非同义突变较高,表明这3个蛋白质编码基因可能经历了正向选择或纯化选择。我们发现在这3株AnpeN PV间一些基因的氨基酸发生变异,例如编码膜蛋白的基因、抑制凋亡和蜕皮的基因及与DNA复制相关的DNA聚合酶和解旋酶等基因。最后,展示了3株AnpeN PV间遗传重组的证据。【结论】本研究揭示了AnpeN PV种内水平的变异和株系内基因组的动态结构。; 何强刘绍伦马振刚张有义Charles R.VOSSBRINCK许金山周泽扬; 关键词：柞蚕杆状病毒单核苷酸多态性进化

蚕类微孢子虫基因组中MITE转座子的鉴定、多样性和进化分析: 微型反向重复转座子(MITEs)是一类截短的非自主DNA转座子,并广泛地分布于真核生物基因组中。然而,基于全基因组的微孢子虫MITEs转座子的鉴定、起源和进化仍不是很清楚。本研究应用MITE-Hunter软件对家蚕微孢子...; 何强马振刚党晓群王林玲许金山周泽扬; 关键词：微孢子虫 MITES 转座子基因组; 文献传递

东方蜜蜂微孢子虫30kD蛋白的LC-MS/MS质谱鉴定及分析: 2014年; 在微孢子虫(Microsporidia)侵染宿主的过程中,与侵染相关的蛋白主要分布在30 kD左右。本研究分别采用煮沸法、不同浓度碱处理发芽法提取东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)蛋白并通过SDS-PAGE电泳进行比较,发现0.1 mol/L KHCO3、K2CO3混合液(pH值为10.7)发芽法提取出的蛋白条带更丰富。回收30 kD左右蛋白进行LC-MS/MS质谱测定并检索蜜蜂微孢子虫全基因组预测蛋白数据库,共鉴定获得的269个预测蛋白,匹配COG数据库后进行了蛋白功能分类。结果表明30 kD蛋白主要包括翻译转录蛋白、核糖体结构蛋白、修饰蛋白、转化蛋白及分子伴侣等。从中还鉴定到与侵染相关的7种潜在孢壁蛋白(Spore wall protein,SWP)和3种极管蛋白(Polav tube protein,PTP),并对之进行蛋白基因的序列分析,进而发现注释到的PTP1、PTP2和家蚕微孢子虫的PTP1、PTP2具有明显的共线性,其中SWP12的变异度相对较小;结合多重序列比对结果,表明SWP12在东方蜜蜂微孢子虫中是一类较保守的孢壁蛋白。本研究对于蜜蜂微孢子虫蛋白的提取方法比较和侵染相关的后选靶标蛋白的确定具有重要的参考意义。; 何超王瑞生何强许金山周泽扬; 关键词：LC-MS 孢壁蛋白

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何强

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