陈智山
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 供职机构：华侨大学生物工程与技术系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部重点实验室开放基金福建省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 抗癌晶体蛋白Parasporin-2空间结构的研究被引量：2
- 2008年
- 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-2(Cry46Aa1)活性区的初始三维结构,利用分子动力学方法对初始三维结构进行优化。为了评估模型的好坏,利用Ramachandran plot和结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示,所得的Parasporin-2空间模型良好。比较了Cry46Aa1与Cry46Ab1这两种高度同源的抗癌晶体蛋白的空间结构,找出了其空间结构上的不同之处。通过大分子对接程序Hex4.5,模拟了Parasporin-2与受体GPI-瞄固蛋白(CD59)的相互作用。结果显示,Parasporin-2中参与对接的活性位点位于两个α-螺旋下方的凹槽内,而CD59中的四个loop倾向于插入该凹槽内。研究结果为Parasporin-2的抗癌机制研究及其理性改造奠定了基础。
- 林毅张同武陈智山蔡福营
- 关键词：抗癌晶体蛋白同源建模分子动力学模拟
- 杀虫晶体蛋白Cry1Ac与其配体N-已酰半乳糖胺的对接研究
- 2008年
- 利用同源建模得到杀虫晶体蛋白Cry1Ac的三维结构,之后模拟其与配体N-已酰半乳糖胺的对接,预测关键的氨基酸残基:N482、Q506、S501、L505和V483。Cry1Ac的虚拟突变体与N-已酰半乳糖胺之间的分子对接分析结果表明,R466、R468、R470和R472可能对维持Cry1Ac的DomainⅢ稳定构象起着重要作用。N482和Q506两个残基均含有酰氨基,在对接中易于形成多个氢键,这对稳定对接具有重要作用。研究结果可提供一些有用的信息,用于指导杀虫晶体蛋白的理性设计。
- 林毅张同武陈智山
- 关键词：杀虫晶体蛋白分子对接同源建模关键氨基酸
- 苏云金杆菌Ⅰ型抗癌晶体蛋白的分子模建
- 2009年
- 通过同源建模,得到Ⅰ型抗癌晶体蛋白Parasporin-1的初始三维结构.经分子动力学方法优化后,利用Ramachandran Plot检测和结构匹配等方法对模型进行评价.结果显示,结构模型中的键长、键角及二面角的分布合理,与模板蛋白的主链α碳原子的均方根差值为0.537 592,在合理范围之内.此外,通过分析Paras-porin-1结构域Ⅰ中的-βloop-β结构片段,推测出第2个蛋白酶处理激活位点的位置在两个芳香族疏水性氨基酸F167与Y168之间.
- 袁宇熹张同武陈智山林毅
- 关键词：同源建模分子动力学模拟蛋白酶
- 类弹性蛋白多肽的分子动力学研究
- 2011年
- 类弹性蛋白多肽因其具有特殊的相变性质,故而在重组蛋白纯化方面展现出良好的应用前景,对其发生相变的机理进行研究具有重要意义。本文利用同源建模的方法构建了类弹性蛋白多肽的三维结构并进行能量优化,之后采用分子动力学模拟手段,在300K～400K间5个不同温度下,对含有100个氨基酸残基的类弹性蛋白多肽[KV8F-20]各进行了6ns的模拟。模拟过程中,类弹性蛋白多肽发生疏水缩聚,初始结构变得更加紧凑,且温度越高折叠程度越大。水分子在类弹性蛋白多肽的相变行为中起到关键作用。经分析,结果发现疏水作用与水的排出在类弹性蛋白多肽发生相变过程中起到关键作用,类弹性蛋白多肽随着温度的升高,在疏水作用驱动下,其构象折叠程度因疏水缩聚而变得更大。此外,比较不同温度下蛋白的缩聚程度,推断类弹性蛋白多肽在375K左右发生相变,这与实验观测的结果基本吻合。据此,推测该类弹性蛋白多肽变温度范围约为95℃～102℃。这对后续调控类弹性蛋白多肽的相变具有指导作用。
- 张光亚陈智山李红春黄凯宗
- 关键词：分子动力学模拟相变温度疏水作用
