程娇
- 作品数：5 被引量：5H指数：1
- 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>
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- 深海化能极端环境中劳盆拟刺铠虾(Munidopsis lauensis)的全长转录组测序分析
- 2023年
- 劳盆拟刺铠虾(Munidopsislauensis)是一种十足目铠甲虾,能够适应深海化能合成生态系统的极端环境,但是其已知基因序列信息却很少。为此,采用PacBio平台的SMRT测序技术对来自南海台西南冷泉劳盆拟刺铠虾的肝胰腺、鳃、肌肉和肠混合组织进行了三代全长转录组测序。通过聚类、校正、去冗余之后共获得28811条高质量isoform,平均长度为2086 bp,N50长度为2275 bp。使用Nr、SwissPort、KEGG、KOG数据库对转录本序列进行功能注释,共有20616(71.56%)条isoform得到注释。进一步高级注释共获得21848个蛋白编码序列,共预测到537个转录因子、6430个长链非编码RNA和10060个SSRs位点。KEGG通路分析发现两条可能与劳盆拟刺铠虾适应深海化能极端生境相关的通路,分别为过氧化物酶体通路和谷胱甘肽代谢通路。其中,共有180条isoform被发现参与编码过氧化物酶体通路中的31个关键酶,213条isoform参与谷胱甘肽代谢通路中19个关键酶的编码。基于全长转录组数据,利用同源比对、功能结构域预测及系统发育树构建等方法对劳盆拟刺铠虾谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因家族进行挖掘与鉴定,共发现属于theta、delta、mu、kappa四种亚家族的20条GST候选序列。通过对劳盆拟刺铠虾全长转录组测序、功能注释和环境适应相关的重要基因及通路的分析,不仅丰富了深海组学数据资源,也为进一步揭示甲壳动物适应深海化能极端环境的分子机制奠定了基础。
- 闫晗惠敏沙忠利程娇
- 关键词：功能注释
- 深海化能生态系统大型生物多样性分布格局及其起源演化研究进展被引量：3
- 2021年
- 深海被认为是地球上尚未被认识和开发的"最后疆域",深海环境不仅可满足人类对未来资源的部分需求,还孕育出了独特的生态系统和特殊的生命过程。地球上绝大部分生态系统是利用光合作用来维持生命循环,而深海中存在着以化能合成为基础的生态系统。本文重点综述了国内外关于深海化能生态系统中大型生物多样性及其起源演化方面的研究进展,并对印太交汇区深海极端环境的生物多样性研究趋势和发展方向进行了展望。
- 程娇沙忠利孙邵娥惠敏
- 基于线粒体COI序列的DNA条形码在中国海口足类物种鉴定中的应用分析被引量：1
- 2018年
- 中国海口足类动物区系具有丰富的物种多样性,是我国海洋底栖生物中的重要经济类群。口足类的属内种间鉴别特征有的极为相似,仅依靠传统的形态分类方法很难对近缘种和疑难种进行准确的鉴定。DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限,为物种鉴定提供了有效的工具。该研究探讨了利用线粒体COI序列对中国海口足类进行物种鉴定的可行性,共获得口足目4总科6科24属38个种的204条线粒体COI序列,与Gen Bank收录的14种42条口足类同源序列进行比对,结果显示口足类COI基因不存在碱基插入缺失现象,碱基组成偏倚明显,A+T含量(63.5%)显著高于G+C含量(36.5%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,结果显示遗传距离随着分类阶元的增高而增大。同物种种内个体间的遗传距离变化范围在0%~3.91%,平均值为0.76%。同属内各物种间的遗传距离变化范围为6.55%~18.99%,平均值为12.91%。同科内不同属间的遗传距离变化范围为9.16%~23.32%,平均值为16.89%。不同科间的遗传距离变化范围为16.52%~26.6%,平均值为21.31%。由此可见,口足类COI基因的种间和种内遗传距离存在明显的间隙。基于COI序列构建的口足类邻接关系树显示所有包含大于1个个体的物种均可形成单系群,且节点支持率均为100%。本研究证明了COI序列作为DNA条形码标准基因在口足类物种鉴定中的有效性。此外,研究发现中国沿海分布的口虾蛄可能至少存在两个隐存种,实证了基于COI序列的DNA条形码技术能够用于口虾蛄隐存多样性的探究。
- 沙忠利王永良王永良
- 关键词：COI基因DNA条形码物种鉴定
- 蛙蟹(Ranina ranina)线粒体基因组:短尾下目内部的基因重排与分类地位
- 蛙蟹Ranina ranina (Linnaeus,1758)隶属于短尾下目(Brachyura),蛙蟹总科(Raninoidea),蛙蟹科(Raninidae),蛙蟹属(Ranina),在我国主要分布在东海和南海.
- 程娇蒋维时华峰沙忠利
- 关键词：线粒体基因组基因排列系统发育
- 口足目系统分类学研究进展被引量：1
- 2015年
- 口足目Stomatopoda隶属甲壳动物亚门Crustacea软甲纲Malacostraca掠虾亚纲Hoplocarida。掠虾亚纲是软甲纲三个亚纲中形态构造最为特殊的一个类群,仅含口足目1目,现生种超过450种,分隶于7总科17科[1]。口足类在世界各大海域广泛分布,但主要分布于热带和亚热带水域,其中在印度-西太平洋热带海域种类最为丰富[1]。口足类是十分重要的海洋底栖甲壳动物,在海洋底栖生物和海岸软泥沙底质群落食物链中占据重要地位。
- 程娇王永良沙忠利
- 关键词：甲壳动物亚门软甲纲海洋底栖生物CRUSTACEA
