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大学生对进化树的常见误解: 2018年; 进化是生命科学的核心,是每一位生物学大学生必须理解和透彻掌握的课题.然而,进化的几个核心方面并非与人们的直观感觉一致.许多研究表明,学生对微观进化中的关键概念,如自然选择等,持有错误观念.文章讨论了大学生对进化树的常见错误观念,并提出了教学过程中应注意的问题.; 李菲; 关键词：进化树

杜鹃花属序列中微卫星位点特征分析和引物开发被引量：2: 2018年; 杜鹃是杜鹃花科(Ericaceae)杜鹃花属(Rhododendron spp.)的灌木植物。野生种质资源主要分部于我国四川、云南、贵州及长江流域各省,中国北方的大兴安岭、小兴安岭地区等也有分布。中国的杜鹃种类约占全世界种类的70%。杜鹃花是重要的花卉植物,也兼有保健食品、化妆品、药物开发及生物研究等价值。SSR标记是植物品种鉴定中最广泛使用的理想分子标记。在杜鹃花种质资源的系统分类、品种资源搜集、整理等方面,相关的研究还比较欠缺。杜鹃花属内种类繁多,至今在系统划分和某些种类的归属上仍然众说纷纭。我们鉴定了NCBI数据库公开杜鹃花属基因组序列的SSR序列位点;分析了杜鹃花属基因组序列中SSR位点的基序、重复数、碱基组成的特征;并设计了1 643对杜鹃花属SSR扩增引物。本研究是第一个杜鹃花属基因组序列SSR位点特征系统分析的尝试。本研究设计的SSR引物可满足所有常见杜鹃花品系的遗传关系分析,对促进杜鹃花野生种质资源保护、新品种培育,具有重要的意义。; 龚记熠刘欢张习敏孙威李菲; 关键词：杜鹃花 SSR分子标记

拟南芥响应高钙的miRNAs的筛选与鉴定(英文)被引量：1: 2020年; 院喀斯特地区土壤中钙含量较高。土壤钙含量过高会抑制植物生长,进而影响农作物产量和质量。目前,对植物应答和耐受高钙胁迫的机理研究还不深入。miRNAs在植物对生物和非生物胁迫的响应中起重要调控作用。本文应用转录组测序,对高钙响应拟南芥根部miRNAs进行分析,筛选到受高钙胁迫显著影响的12个miRNAs,并对其靶基因进行了预测和分析。实时定量PCR分析证实,大部分差异表达miRNAs和其靶基因表达负相关。本研究为进一步揭示miRNAs在植物响应高钙胁迫过程中的调控作用奠定了基础。; 李菲石天龙龚记熠张习敏汤晓辛乙引; 关键词：拟南芥 MIRNA 靶基因

复苏植物旋蒴苣苔早期光诱导蛋白的特征分析被引量：3: 2019年; 随着全球气候变暖,旱胁迫越来越成为粮食生产的严重威胁。探索复苏植物耐受极端旱胁迫的机理,积累抗旱相关基因资源,对于植物适应逆境的基础研究,和农业可持续发展,均有重要的作用。旋蒴苣苔(B. hygrometrica)广泛分布于我国山区,是复苏植物的代表性物种,而且有高质量的全基因组序列可以分析利用。本研究对旋蒴苣苔(B. hygrometrica)基因组中的早期光诱导蛋白(ELIPs)基因家族进行挖掘和分析。旋蒴苣苔(B. hygrometrica)基因组中早期光诱导蛋白(ELIPs)基因的数目远高于其他植物(拟南芥,水稻,辣椒,番茄)。系统发育分析显示,早期光诱导蛋白(ELIPs)基因序列具有很高的植物特异性。这说明,早期光诱导蛋白(ELIPs)基因对不同植物进化和适应各自的生长环境具有重要的作用。对处于不同程度干旱状态的旋蒴苣苔(B. hygrometrica)叶片的基因表达分析,表明一部分早期光诱导蛋白(ELIPs)基因表现出很强的对旱处理的响应。不同的早期光诱导蛋白(ELIPs)基因表现出三种不同的响应模式。这些结果表明,旋蒴苣苔(B. hygrometrica)早期光诱导蛋白(ELIPs)基因参与植株应对旱胁迫,而且有精细的调控机制控制不同早期光诱导蛋白(ELIPs)基因的表达量。; 李菲张习敏王野影乙引; 关键词：复苏植物干旱胁迫

番茄水通道蛋白基因家族的生物信息学分析被引量：6: 2018年; 植物水通道蛋白不仅仅在根系输送水分,而是具有底物和细胞定位的多样性的基因家族,因而对植物生理和发育过程,包括种子发芽、侧根发生、碳固定和营养吸收等都有重要的贡献。番茄基因组中共有44个水通道蛋白基因。这些基因可分为TIP、PIP、NIP和SIP 4个亚家族。这4个亚家族具有不同的功能和亚细胞定位。在番茄十号染色体水通道蛋白聚集位点上的5个基因与一号染色体上的一个基因是直系同源水通道蛋白,相似度都很高,同属于PIP亚家族。番茄水通道蛋白大多在根部表达量较高,在茎、叶、花等部位表达较低。不过Solyc03g096290.2.1和Solyc01g094690.2.1基因在花中表达量最高。此外,有个别基因表达量稳定在较高的水平,包括Solyc06g074820.2.1和Solyc08g081190.2.1。这些基因的功能可能不仅是吸收和转运水分,是否有其他的转运底物,在植物抗逆和发育过程中是否有调控作用,是下一步研究的重点。番茄全基因组中的水通道蛋白进行检索和分析,对番茄分子生物学研究和种质改良都有重要的意义。; 李菲何小红李育柯乙引; 关键词：番茄水孔蛋白系统进化特异表达

蒺藜苜蓿和天蓝苜蓿热激因子(HSF)家族的筛选与功能分析被引量：1: 2017年; 全球气候变化构成了对全球重要农作物和世界食品安全的主要威胁。植物生物学家和育种者迫切需要改善当前种质,开发出能够在胁迫条件下有高水平表现的新品种。热应激转录因子(Hsfs)是植物热激反应(Heat Shock Response)的中心环节,通过调节大量功能基因的转录来控制HSR的信号传导和代谢反应。利用蒺藜苜蓿基因组序列和基因芯片数据,我们筛选出蒺藜苜蓿HSFs转录因子基因家族,对蒺藜苜蓿HSFs基因家族进行基因结构、染色体位置和系统进化关系分析,并对蒺藜苜蓿HSFs基因响应生物和非生物胁迫过程中的功能进行预测。此外,我们还对天蓝苜蓿的叶片转录组进行高通量测序,并分析了天蓝苜蓿叶片中存在的HSFs基因序列。我们的结果显示,蒺藜苜蓿基因组中有23个HSF基因,这些基因参与蒺藜苜蓿对生物和非生物胁迫的响应,不仅对于苜蓿改良,对于农作物的改良也会有巨大的应用潜力。; 李菲何小红张习敏龚记熠乙引; 关键词：蒺藜苜蓿 HSF 转录因子逆境

促生细菌挥发性物质通过lncRNA调控拟南芥的关键功能基因表达: 2020年; 促生细菌的挥发性有机物可以促进拟南芥生长,提高拟南芥对多种生物和非生物胁迫的抗性。近年来的研究表明,植物lncRNA参与生长、发育和胁迫反应等生理过程。通过去rRNA全转录组测序,筛选出受到根际促生细菌ACCC 01380挥发性有机物处理影响的拟南芥lncRNA,并通过顺式分析获得可能受到这些lncRNA调控的蛋白编码基因;通过ceRNA分析获得lncRNA影响蛋白编码基因表达的调控网络。结果发现,拟南芥重要的生长发育调控和胁迫响应基因,如细胞分裂素降解基因AtCKX7、SOS2-like protein kinase PKS5,都受到促生细菌的挥发性有机物通过lncRNA的调控。研究结果初步证实了根际促生细菌挥发性有机物在促生过程中lncRNA的作用,并为进一步研究lncRNA功能以及根际促生细菌挥发性有机物的作用机理奠定了基础。; 李菲石天龙汤晓辛龚记熠徐小蓉唐明; 关键词：枯草芽孢杆菌拟南芥挥发性有机物

促生细菌通过miRNA调节拟南芥根部关键基因的表达被引量：1: 2020年; 促生细菌在生态和农业领域的应用前景,已经引起了广泛关注,但目前对促生细菌对植物生理影响的分子机理的研究还比较少。miRNA被视为植物中重要的一类转录后调控因子,通常以转录因子为靶标,并参与多种生理过程的调节。本研究发现在拟南芥主根促生细菌枯草芽孢杆菌ACCC 01380处理下,长度明显高于普通细菌大肠杆菌处理;采集两种处理下拟南芥植株根部样本,进行小RNA测序,比较两种处理下拟南芥根部miRNA表达情况;筛选出表达受到促生细菌枯草芽孢杆菌ACCC 01380影响的miRNA;利用拟南芥丰富的生物信息数据,预测两种处理下差异表达miRNA的靶基因,分析其功能;最后对差异表达miRNA及其靶基因进行实时定量PCR验证。本研究为揭示促生细菌对植物生理影响的分子机理,以及这一过程中miRNA的作用提供了理论基础。; 李菲龚记熠张习敏张习敏张宇斌; 关键词：拟南芥 MIRNA 靶基因

辣椒遵辣一号与其野生祖先种Chiltepin BZR转录因子家族的特征被引量：1: 2017年; 使用Local BLAST、系统进化分析、蛋白质保守结构域分析等生物信息学工具,笔者筛选出了辣椒重要栽培品种遵辣一号及其野生祖先种Chiltepin(C.annuum var.glabriusculum)基因组中的BZR转录因子成员,并对其系统进化和可能的生物学功能进行分析。结果显示:在系统进化分析中找出了与拟南芥BZR1/BZR2最同源的辣椒基因;辣椒遵辣一号与其野生祖先种Chiltepin基因组中BZR家族都比拟南芥多出2个BZR基因,这2个基因在系统进化树中单独形成1个分支,除BZR转录因子特征性的N末端外,这2个基因还有额外的糖苷水解酶家族14(Glycoside hydrolase family 14,PF01373)结构域;辣椒栽培品种遵辣一号与其野生祖先种Chiltepin的BZR基因序列和染色体位置都较保守,但也有区别,其中,遵辣一号Capana01g004209与Chiltepin Capang08g001073序列虽一致性为98%,但却从Chiltepin的八号染色体变成了遵辣一号中的一号染色体。; 李菲张习敏张习敏; 关键词：辣椒油菜素内酯驯化

蒺藜苜蓿全基因组发育调控重要基因WOX家族的鉴定和生物信息学分析: 2018年; 在拟南芥中的研究显示,WOX蛋白调节植物的关键发育,在植物发育中起着广泛作用。我们应用多种生物信息学手段,从蒺藜苜蓿全基因组中筛选、鉴定了WOX家族成员,并进行基本特征、染色体定位、系统进化、表达特征等分析。蒺藜苜蓿基因组中共存在17个WOX基因,这些基因的分子量和等电点分布范围较广,但是有一定的聚集特征。绝大多数蒺藜苜蓿WOX基因都是小于300个氨基酸,等电点位于pH 5~7之间,但是有个别例外。与拟南芥WOX基因家族相同,蒺藜苜蓿WOX基因可分为3个系统进化分枝,分别是WUS,中间进化枝和古代进化枝。在蒺藜苜蓿4号和7号染色体上,有WOX基因聚集的位点。而且这两个WOX基因聚集位点上的基因具有较近的亲缘关系。Medtr4g084550.1和Medtr7g060630.1同属于WUS亚家族,聚集在一个进化分枝上。Medtr4g088070.1、Medtr4g088080.1和Medtr7g025010.1同属于中间进化枝,序列相似度同样非常高。蒺藜苜蓿WOX基因在各个器官中表达特异性非常高。根部和根尖中表达的WOX基因完全不同。外界胁迫处理,包括盐处理和根腐病菌侵染,会引起蒺藜苜蓿WOX基因表达的变化。; 李菲何小红李育柯乙引; 关键词：蒺藜苜蓿发育调控

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