采用稀释涂板法,对小水榕茎部的内生菌进行分离、纯化及16S r DNA鉴定,通过同源性比对构建系统发育树。结果表明:分离到的24株内生菌分别属于5个类群(Alphaproteobacteria、Gammaproteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes、Filimonas)的11个属(Phenylobacterium、Rhizobium、Caulobacter、Sphingobium、Paenibacillus、Staphylococcus、Bacillus、Pseudomona、Chitinophaga sancti、Filimonas、Agrobacterium),其中Alphaproteobacteria、Firmicutes为优势种群,占总数的45.8%;所有菌株与其同源菌株的相似性均在98%以上。本研究有助于揭示小水榕茎部内生菌的多样性,为发掘其应用潜力提供参考资料。