张海月
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
- 供职机构：青岛农业大学更多>>
- 发文基金：现代农业产业技术体山东省现代农业产业技术体系创新团队建设专项资金系建设专项资金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 利用2b-RAD测序结合HRM分析技术开发与梨矮生性状相关的DNA分子标记被引量：4
- 2017年
- 【目的】果树的矮生性状是一种重要的农艺性状,对果树的集约化栽培具有重要意义。来自西洋梨实生变异品种‘Le Nain Vert’的矮生性状受控于一个单显性基因Pc Dw,目前关于该基因的序列信息等还不清楚。本研究的目的是开发与其紧密连锁的DNA分子标记,为鉴定该基因提供依据。【方法】根据分离群体分组分析的原理,以‘矮生梨’ב茌梨’和‘2-3’ב绿宝石’2个F1杂交分离群体为试材,应用IIB型限制性内切酶的RAD技术(Restriction association site DNA,2b-RAD)对2对矮生型/普通型对比基因池进行基因组测序分析,在对比基因池间筛选出单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,从中筛查出位于Pc Dw定位染色体上的SNPs,用高分辨率熔解曲线分析技术(High-resolution melting analysis,HRM)在群体上进一步检测验证,以确定其与Pc Dw位点的连锁关系。【结果】对4个样本(即4个对比基因池)的2b-RAD标签测序文库的测序结果共产生67 186 260条reads,平均每个样本测序reads数为16 796 565。将原始reads进行质量过滤后的统计结果表明,每个样本获得平均unique标签数目为86 810,平均测序深度为77×,该测序深度能够达到准确分型的标准。SOAP软件定位结果表明,4个测序文库中含有酶切位点的高质量reads占测序原始reads的70%以上,表明测序质量较好。在来自2个不同群体的矮生型基因池与普通型基因池间进行对比分析,初步筛选出SNP位点1 317个,其中有8个位于PcDw的定位染色体scaffold00074上。用HRM技术对这8个SNP标记在群体上的进一步检测结果表明,在‘矮生梨’ב茌梨’群体上有2个SNP标记、在‘2-3’ב绿宝石’群体上有4个SNP标记表现出与Pc Dw位点共分离的特性,根据其扩增子的熔解曲线形状差异,可有效区分矮生型和普通型表型。在来自‘矮生梨’ב茌梨’群体的215个杂种后代和来自‘2-3’�
- 肖玉雄王彩虹田义轲杨绍兰李鼎立张海月
- 关键词：矮生性状SNP标记HRM
- 梨PcDw候选基因PCP021016.1的克隆及功能分析
- 果树矮化密植因成花容易、可早期丰产、便于管理、便于更新换代，已经成为现代果园生产的重要模式。矮生型品种是实现梨矮化密植栽培的重要手段。从西洋梨中发现的矮生型变异具有枝条节间短，树冠紧凑，树体矮小等特点，是培育矮生型品种的...
- 张海月
- 文献传递
