魏艳红
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 供职机构：沈阳医学院更多>>
- 发文基金：辽宁省自然科学基金留学人员科技活动项目择优资助经费更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 肾结石疾病相关蛋白的大数据分析被引量：2
- 2017年
- 目的本研究拟利用大数据分析方法发现影响肾结石形成的核心蛋白。方法收集已发现的人类肾结石相关蛋白质信息,组入人类蛋白质相互作用数据库,构建肾结石蛋白质相互作用网络,通过网络拓扑分析方法计算Node Degree和Betweeness Centrality,获得蛋白在相互作用网络中的重要程度排序,执行聚类分析显示这些蛋白参与信号通路情况,根据蛋白排序和参与信号通路的数量确定核心蛋白。Microarray数据分析验证核心蛋白基因在肾结石患者的表达情况。进一步使用SIFT,PolyPhen2,phD-SNP和MutPred四种生物学软件分析核心蛋白基因的致病性nsSNPs。结果构建一个包含812个蛋白质的肾结石相互作用网络,拓扑分析获得其中32(3.9%)个关键蛋白,聚类分析发现这些关键蛋白参与55条信号通路,根据蛋白重要程度及参与信号通路的多少对核心蛋白进行排序,发现MAPK1是一个最核心蛋白,参与其中34条信号通路。Microarray数据分析发现MAPK1在肾结石患者肾乳头组织中下调表达。In silico分析识别MAPK1基因中有3个高可信度的致病性ns SNPs。结论MAPK1是一个肾结石疾病相互作用蛋白网络的核心蛋白,在肾结石患者中下调表达,其高致病性nsSNP可能影响MAPK1与疾病的风险。我们的发现可能为肾结石治疗新药开发提供一个新的靶点,并为今后更深入的肾结石机制研究提供基础。
- 魏艳红李媛媛李洋潘吉川杨波姜心高兵
- 关键词：生物信息肾结石计算机分析
- 草酸钙结晶诱导肾小管上皮细胞内质网应激的研究
- 目的内质网是蛋自翻译后修饰的场所,内质网应激被视为诱导细胞发生凋亡的第二条信号通路,是诱发多种慢性、代谢性疾病发病的重要途径。本项目研究肾结石形成与内质网应激的关系。方法本研究采用100μg/mL的草酸钙结晶刺激HK-2...
- 魏艳红
- 关键词：草酸钙人肾小管上皮细胞内质网应激细胞凋亡
- 文献传递
