张洪静
- 作品数：10 被引量：17H指数：3
- 供职机构：首都医科大学附属北京胸科医院更多>>
- 发文基金：首都卫生发展科研专项北京市自然科学基金北京市科技新星计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 用于扩增结核分枝杆菌耐药相关基因的引物对组合产品
- 本发明涉及一种用于扩增结核分枝杆菌耐药相关基因的引物对组合产品，其选自如下引物对组合中的任一组或两组：第一组，包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1‑10所示的引物对中的一对、多对或全部；第二组，包括核苷酸序列分别如...
- 孙照刚李自慧潘丽萍吕翎娜孙琪张洪静许绍发张宗德夏学良
- 文献传递
- 适用于结核分枝杆菌微测序耐药基因芯片的多重PCR体系的优化与评价
- 2020年
- 目的优化结核分枝杆菌耐药相关基因多重PCR反应体系并评估其优缺点。方法利用改进的方法提取结核分枝杆菌基因组DNA,优化适合扩增rpoB,katG,mab4/inhA,pncA,embB,gyrA,rpsL,rrs和eis耐药基因片段的多重PCR体系,经测序确定所扩增出的基因片段,计算PCR操作过程所用的时间和材料成本等,分析多重PCR反应体系存在的优缺点。结果经过优化煺火温度、引物浓度以及添加NH*和二甲基亚砜可以较好的扩增出5重和4重PCR产物,达到两管同时扩增9个结核分枝杆菌耐药相关基因的目的。利用该条件可以扩增出全部培养出的135株菌株DNA样本和80.56%的痰菌DNA样本,并且可以缩短PCR操作时间、降低试剂耗材成本,减少操作失误。结论优化的两管多重PCR法在同时扩增9个结核分枝杆菌耐药相关基因,具有明显的优势,具有良好的实用价值。
- 孙照刚李自慧张洪静孙琦潘丽萍张宗德许绍发
- 关键词：结核病耐药基因多重PCR
- 新一代微测序基因芯片的设计及其耐药性检测效果的初步研究
- 2019年
- 目的设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序法检测MTB耐药相关基因突变(包括inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)。以荧光标记探针为基本检测原理设计制备微测序基因芯片,检测109株MTB临床分离株耐药基因突变,分析微测序基因芯片的检测效能。结果通过表型药敏试验及基因测序检测,明确了109株MTB临床分离株耐药相关基因(inhA、katG、rpsL、gyrA.rrs、eis、rpoB和embB基因)突变位点及突变形式。微测序耐药检测基因芯片初期设计包含了katG、inhA、rpoB、gyrA、embB、rpsL、rrs和eis基因的目前已报道的所有突变位点的全部已知突变形式,共计220条探针,并确认出67条优秀探针。采用包含67条探针的微测序耐药检测基因芯片对109株MTB临床分离株进行检测。结果发现,与测序结果相比,除检测embB基因突变的2条探针外,其余65条探针检测碱基突变形式的符合率均超过95%,其中42条探针检测的符合率达到100.00%。以测序结果为参照标准,基因芯片检测对embB基因、gyrA基因、inhA基因、katG基因、rpoB基因、rpsL基因、eis基因和rrs基因突变检测的敏感度分别为64.21%(61/95)、80.00%(8/10)、95.83%(23/24)、98.55%(68/69)、92.63%(88/95)、93.85%(61/65)、75.00%(3/4)和94.44%(17/18);特异度分别为92.86%(13/14)、100.00%(99/99)、97.65%(83/85)、87.50%(35/40)、85.71%(12/14)、63.64%(28/44).100.00%(105/105)和98.90%(90/91);Kappa值分别为0.29、0.88、0.92、0.88、0.68、0.60、0.85、0.93。结论本研究研发设计了一套包含67条探针微测序耐药基因检测芯片,经过初步验证后证明其检测MTB耐药相关基因突变的效能较好,对embB基因的耐药检测探针还需进一步优化,
- 孙照刚张洪静李自慧孙琦吕琳娜潘丽萍Sandy Gilbert张宗德许绍发James Xia
- 关键词：微生物敏感性试验基因芯片分析技术
- 新一代微测序基因芯片的设计及其耐药性检测效果的初步研究被引量：6
- 2019年
- 目的设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序法检测MTB耐药相关基因突变(包括inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)。以荧光标记探针为基本检测原理设计制备微测序基因芯片,检测109株MTB临床分离株耐药基因突变,分析微测序基因芯片的检测效能。结果通过表型药敏试验及基因测序检测,明确了109株MTB临床分离株耐药相关基因(inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)突变位点及突变形式。微测序耐药检测基因芯片初期设计包含了katG、inhA、rpoB、gyrA、embB、rpsL、rrs和eis基因的目前已报道的所有突变位点的全部已知突变形式,共计220条探针,并确认出67条优秀探针。采用包含67条探针的微测序耐药检测基因芯片对109株MTB临床分离株进行检测。结果发现,与测序结果相比,除检测embB基因突变的2条探针外,其余65条探针检测碱基突变形式的符合率均超过95%,其中42条探针检测的符合率达到100.00%。以测序结果为参照标准,基因芯片检测对embB基因、gyrA基因、inhA基因、katG基因、rpoB基因、rpsL基因、eis基因和rrs基因突变检测的敏感度分别为64.21%(61/95)、80.00%(8/10)、95.83%(23/24)、98.55%(68/69)、92.63%(88/95)、93.85%(61/65)、75.00%(3/4)和94.44%(17/18);特异度分别为92.86%(13/14)、100.00%(99/99)、97.65%(83/85)、87.50%(35/40)、85.71%(12/14)、63.64%(28/44)、100.00%(105/105)和98.90%(90/91);Kappa值分别为0.29、0.88、0.92、0.88、0.68、0.60、0.85、0.93。结论本研究研发设计了一套包含67条探针微测序耐药基因检测芯片,经过初步验证后证明其检测MTB耐药相关基因突变的效能较好,对embB基因的耐药检测探针还需进一步优
- 孙照刚张洪静李自慧孙琦吕琳娜潘丽萍Sandy Gilbert张宗德许绍发James Xia
- 关键词：微生物敏感性试验基因芯片分析技术
- 结核杆菌的检测方法与试剂
- 结核杆菌的检测方法与试剂。本发明公开了炎症因子在结核杆菌感染的患者中的高表达，尤其是在IGRAs试验结果呈假阴性的结核病患者中的高表达。这一重要发现使得IGRAS试验结果中假阴性的降低成为可能。
- 逄宇郭继东高孟秋张福真田建张洪静
- 用于扩增结核分枝杆菌耐药相关基因的引物对组合产品
- 本发明涉及一种用于扩增结核分枝杆菌耐药相关基因的引物对组合产品，其选自如下引物对组合中的任一组或两组：第一组，包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1‑10所示的引物对中的一对、多对或全部；第二组，包括核苷酸序列分别如...
- 孙照刚李自慧潘丽萍吕翎娜孙琪张洪静许绍发张宗德夏学良
- 文献传递
- 结核分枝杆菌耐药相关基因扩增多重PCR体系的建立与评估被引量：9
- 2017年
- 目的建立结核分枝杆菌耐药相关基因多重PCR反应体系，评估该体系以临床分离株DNA和痰菌DNA为模板扩增耐药相关基因的成功率。方法常规提取结核分枝杆菌临床分离株（47株）及涂阳肺结核患者（21例）痰菌DNA。根据目前研究已发现的结核分枝杆菌耐药相关基因合成引物，建立2个多重PCR体系以扩增目的基因。扩增片段经测序证实后，计算该体系用于两种样本的扩增成功率。结果针对临床常用8种抗结核药物，选取结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA、embB、gyrA、rpsL、rrs、eis共8个耐药相关基因设计合成引物。建立2个多重PCR体系扩增8个耐药基因，该体系扩增47株结核分枝杆菌临床分离株DNA和21例菌阳肺结核患者痰菌DNA的成功率分别为100．0％（47／47）和76．2％（16／21）。结论本研究建立了高效扩增8个结核分枝杆菌耐药基因的多重PCR体系，结果对进一步研发结核病耐药分子诊断产品具有重要意义。
- 李自慧潘丽萍孙琦吕翎娜杜博平张洪静孙照刚张宗德
- 关键词：基因测定核酸扩增技术
- 一种人工模拟痰及其制备方法与应用
- 本发明涉及实验室质量控制领域，具体而言，涉及一种人工模拟痰及其制备方法与应用。所述人工模拟痰包括如下组份：水溶性纤维素、蛋液、细菌以及水。该人工模拟痰具有与真实痰液性状相似、成本较低、且可被强碱性处理液消化等特点，从而解...
- 逄宇王玉峰黄海荣杜建李亮许绍发张洪静田建
- 文献传递
- 适用于结核分枝杆菌微测序耐药基因芯片的多重PCR体系的优化与评价被引量：4
- 2020年
- 目的优化结核分枝杆菌耐药相关基因多重PCR反应体系并评估其优缺点。方法利用改进的方法提取结核分枝杆菌基因组DNA,优化适合扩增rpoB,katG,mabA/inhA,pncA,embB,gyrA,rpsL,rrs和eis耐药基因片段的多重PCR体系,经测序确定所扩增出的基因片段,计算PCR操作过程所用的时间和材料成本等,分析多重PCR反应体系存在的优缺点。结果经过优化煺火温度、引物浓度以及添加NH 4^+和二甲基亚砜可以较好的扩增出5重和4重PCR产物,达到两管同时扩增9个结核分枝杆菌耐药相关基因的目的。利用该条件可以扩增出全部培养出的135株菌株DNA样本和80.56%的痰菌DNA样本,并且可以缩短PCR操作时间、降低试剂耗材成本,减少操作失误。结论优化的两管多重PCR法在同时扩增9个结核分枝杆菌耐药相关基因,具有明显的优势,具有良好的实用价值。
- 孙照刚李自慧张洪静孙琦潘丽萍张宗德许绍发
- 关键词：结核病结核分枝杆菌耐药基因多重PCR
- 结核分枝杆菌耐药相关基因扩增多重PCR体系的建立与评估
- 2017年
- 目的建立结核分枝杆菌耐药相关基因多重PCR反应体系，评估该体系以临床分离株DNA和痰菌DNA为模板扩增耐药相关基因的成功率。方法常规提取结核分枝杆菌临床分离株（47株）及涂阳肺结核患者（21例）痰菌DNA。根据目前研究已发现的结核分枝杆菌耐药相关基因合成引物，建立2个多重PCR体系以扩增目的基因。扩增片段经测序证实后，计算该体系用于两种样本的扩增成功率。结果针对临床常用8种抗结核药物，选取结核分枝杆菌中rpoB、katG、inhA、embB、gyrA、rpsL、Ⅲ、P担共8个耐药相关基因设计合成引物。建立2个多重PCR体系扩增8个耐药基因，该体系扩增47株结核分枝杆菌l临床分离株DNA和21例菌阳肺结核患者痰菌DNA的成功率分别为100．0％（47／47）和76．2％（16／21）。结论本研究建立了高效扩增8个结核分枝杆菌耐药基因的多重PCR体系，结果对进一步研发结核病耐药分子诊断产品具有重要意义。
- 李自慧潘丽萍孙琦吕翎娜杜博平张洪静孙照刚张宗德
- 关键词：结核抗多种药物性基因测定核酸扩增技术生物医学
