国家自然科学基金(51108029)
- 作品数：8 被引量：26H指数：3
- 相关作者：何晓青陈南王敬琦孔维文金一更多>>
- 相关机构：北京林业大学北京市植物保护站更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生环境科学与工程更多>>
- 基于流式细胞术研究管网水中细菌的稳定性被引量：2
- 2016年
- 为了更准确地研究管网水中细菌的稳定性,利用流式细胞术（Flow cytometry,FCM）和异养菌平板计数法（Heterotrophic plate count,HPC）检测北京市12处管网末梢水中细菌数量,并将两种方法的检测结果进行对比.进一步将FCM应用于细菌的再生长潜能和一天中细菌稳定性的研究中.结果显示,HPC对12处管网水中细菌的检测结果在0-23 CFU/m L间,而FCM测得活细菌数为2.2×10^3-1.6×10^4 cells/m L,细菌总数在22℃下培养7 d能生长到10^6-10^7 cells/m L.一天中不同时间用水量不同,细菌总数也不同.本研究表明,FCM测定方法明显优于HPC法,且能够快速准确地反映细菌的再生长潜能及短时间内细菌的稳定性特征.
- 刘婷婷陈南孔维文王敬琦何晓青
- 关键词：管网水流式细胞术生物稳定性
- 不同培养条件下金黄色葡萄球菌表型可塑性研究被引量：2
- 2019年
- 表型可塑性在生物界普遍存在,但在微生物领域的研究相对较少,利用分子标记技术研究微生物表型可塑性方法也鲜有报道。用1株大肠埃希菌与45株金黄色葡萄球菌混合培养营造竞争环境,测定其生长量并与相同起始浓度单独培养的金黄色葡萄球菌生长量做GWAS对比,得到显著SNP位点。分析SNP位点中与金黄色葡萄球菌生长变化相关的基因表达量变化情况,研究其与金黄色葡萄球菌表型可塑性的关联性。以45株金黄色葡萄球菌在两种模式下生长量及全基因组测序结果为基础,利用双变量全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)法筛选与金黄色葡萄球菌生长量显著相关的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,定位这些SNP位点对应的金黄色葡萄球菌基因,从这些基因的功能中筛选与金黄色葡萄球菌生长变化相关的部分并汇总分析。之后选取其中关联性较强的scdA基因序列为模板设计引物,用实时荧光定量PCR (Real-time quantitative PCR,qPCR)的相对定量法,选用16S rDNA为内参基因,测定两种培养环境下基因的mRNA相对表达量,统计分析差异性。结果显示,与大肠埃希菌混合培养的金黄色葡萄球菌受其影响生长量显著降低。GWAS在12个取样点共检测出415个显著SNP位点,筛选后对scdA基因两种培养条件下的相对表达量进行测量并统计分析,结果显示无论251050位点碱基为A或G,scdA基因在混合培养中的相对表达量都显著高于单独培养中的表达量。测序结果表明整个培养过程中scdA基因型保持不变,而两种培养环境下金黄色葡萄球菌scdA基因相对表达量的变化反映了表型的差异。为了应对环境压力,金黄色葡萄球菌SNP251050对应的scdA基因在混合培养环境下显著提高了表达量,以维持自身在培养体系中的稳定性。这表明金黄色葡萄球菌能够依据环境变化在广义生理表型方面主动做�
- 朱璟王峥鉴张佐然李金婷梁雅静金一何晓青
- 关键词：表型可塑性金黄色葡萄球菌SNP
- 基于LAMP的人轮状病毒检测方法及其在水环境中的应用被引量：4
- 2013年
- 环介导的恒温扩增(LAMP)是新兴的一种快速DNA扩增技术,具有特异性强、敏感性高、反应迅速、设备简单等特点,在人类病毒性疾病的诊断领域有广泛的应用。为快速、高效地检测人轮状病毒,根据其特异性的VP7基因,设计了一套特异性引物对该基因进行LAMP,同时优化其反应条件。结果表明,LAMP最佳反应条件为:镁离子终浓度3 mmol/L,甜菜碱终浓度1 mol/L的25μL体系,65℃反应90min。扩增终产物酶切分析得到的条带大小与预期结果(280bp、193bp和78 bp)相吻合,以人轮状病毒、星状病毒及诺如病毒为模板进行特异性测试没有发生交叉反应。将人轮状病毒质粒等倍稀释后分别用LAMP及PCR检测其灵敏度,分别达到5.08 copies/μL和5.08×102copies/μL。用优化的LAMP分别检测北京地区12个生活饮用水及12个再生水水样,其人轮状病毒检出率分别为16.7%(2/12)和25%(3/12)。研究表明,LAMP是一种程序简单、灵敏度和特异性较高的检测手段,在人轮状病毒的快速检测方面具有一定的开发潜力。
- 杨柏云韦玉梅杨丽宋涵杨海霞何晓青
- 关键词：微生物学人轮状病毒LAMP饮用水再生水
- 可同化有机碳和余氯对饮用水中细菌活性的共同影响被引量：3
- 2014年
- 对饮用水中可同化有机碳和游离余氯对细菌生长的共同影响进行了研究。以添加有大肠杆菌的管网水为试验对象,加入不同质量浓度次氯酸钠溶液,结合流式细胞仪检测了72 h内不同时间点可同化有机碳(AOC)质量浓度和活性细菌浓度的变化情况。结果表明:在AOC初始质量浓度为168.44μg/L的条件下,添加次氯酸钠后可同化有机碳质量浓度出现波动,是其他有机物氧化造成的;活细菌浓度在未添加余氯的情况下呈增长趋势,而在添加余氯的情况下整体呈下降趋势,且最终的活性细菌浓度与初始余氯质量浓度呈负相关。研究表明,在添加适量余氯的情况下,细菌活性主要受到余氯的抑制作用,而AOC导致的细菌再生长能力相对较弱。
- 刘晓露王敬琦张柏林何晓青
- 关键词：微生物学饮用水可同化有机碳流式细胞仪
- 基于esp基因和JCV标记的MST方法在五大流域典型水源地中的应用被引量：1
- 2015年
- 非点源污染目前已经成为影响水体环境的重要污染。微生物源示踪技术(microbial source tracking,MST)是解决非点源污染的一项新技术,它可以确定污染的宿主来源。肠球菌esp基因和多瘤病毒JCV可以作为检测水体中人源粪便污染的分子标记,其灵敏度和特异性都很高。为分析五大流域水源地是否受到人源粪便的污染,对辽河、海河、淮河、长江和黄河五大流域典型水源地水样进行采集和检测,选取人源粪便特异病原微生物肠球菌的esp基因和多瘤病毒JCV建立了相应的MST分子检测方法。结果表明,五大流域的典型水源地采样点均有可能受到了人源粪便的污染,可为当地相关部门提供技术支持和数据参考。
- 王敬琦孔维文刘婷婷陈南杨柏云何晓青
- 关键词：水源地MST
- 黄瓜白粉病的PMA-qPCR方法建立及应用被引量：2
- 2019年
- 鉴于叠氮溴化丙锭(PMA)染料可辨别细菌活性,将其与实时荧光定量PCR(qPCR)相结合,建立PMA-qPCR方法,以检测黄瓜白粉病的活性致病菌.在黄瓜白粉菌核糖体DNA的ITS区设计引物,将扩增片段重组到pGM-Simple-T载体中构建标准质粒.以5×10-5×10^6个??μL^-1 6个梯度稀释质粒来绘制标准曲线,并做组内和组间重复.(1)qPCR标准曲线显示有良好的扩增结果,其相关系数(R2)为0.994.(2)利用qPCR检测臭氧处理后PMA染料处理组和对照组中有活性的黄瓜白粉菌数量.结果显示,PMA染料处理组拷贝数为4.335×10^2个??μL^-1,对照组拷贝数为9.448×10^6个??μL^-1.(3)利用PMA-qPCR方法检测臭氧处理后的黄瓜叶片不同部位(全组织、表面、内部)活菌数占总菌数的比例,处理50 min后的活菌比例分别较处理前下降了58.8%、67.0%、48.0%.这表明该方法可快速鉴定黄瓜白粉病中的活性致病菌数量,为该病的预防和控制提供技术支持.
- 李金婷张佐然梁雅静孔维文李云龙何晓青
- 关键词：黄瓜白粉病臭氧处理
- 黄瓜细菌性角斑病PMA-qPCR检测方法的建立和应用被引量：7
- 2016年
- 黄瓜细菌性角斑病为黄瓜常见的一种细菌病害,其致病菌为丁香假单胞菌黄瓜致病型。目前该病在全球范围内已经造成严重的经济损失。针对于PMA染料能够区分细胞死活的特性将其与荧光定量PCR技术结合。(1)通过比对分析Gen Bank中该菌种不同株的gap1基因序列,找出gap1基因的保守区并根据保守区基因序列设计了一对特异性引物Dxf1和Dxr1,以其他5种非丁香假单胞菌基因组为模板进行实时定量PCR扩增,只有丁香假单胞菌有扩增曲线,证明引物非常特异。(2)以gap1基因为目的基因构建其克隆载体,将克隆载体导入到大肠杆菌感受态细胞中进行培养,使其大量复制。再将质粒提取,以提取的质粒作为标准品,根据其浓度将其稀释为5×101-5×107 7个梯度绘制标准曲线,获得的扩增效率为96.6%,并做组内重复和组间重复,变异系数均在2%内,证明标准曲线重复性良好。(3)将构建好的方法用于实际样品的检测,得到的Ct值为27.99,根据标准曲线所得的起始模板与Ct值之间的线性关系公式,检测到100 mg患病叶片中含有的菌体为7.69×102拷贝。研究表明,该方法可以快速鉴定并检测实际样品中的活的致病菌的数量,为黄瓜细菌性角斑病的防控提供技术支持。
- 孔维文李云龙王敬琦刘婷婷陈南金一何晓青
- 关键词：黄瓜细菌性角斑病丁香假单胞菌
- GWAS研究大肠杆菌和金黄色葡萄球菌种间互作进化机制被引量：6
- 2017年
- 【目的】通过实验室培养模拟自然环境微生物相互作用,进而找到影响细菌基因型和表型的基因。【方法】将大肠杆菌和金黄色葡萄球菌在实验室条件下进行单独培养和两两混合培养并连续转接,通过得到的数量表型与最大生长速率表型做全基因组关联分析(GWAS),对得到的与表型相关的SNP进行注释与分析。【结果】162个SNP位点影响到大肠杆菌原始菌株与共培养菌株的生长,36个SNP位点影响大肠杆菌菌株在单独培养和共同培养的生长。总共有85个SNP位点影响金黄色葡萄球菌的原始菌株与单独培养。其中5个基因在之前文献中已有报道。对影响不同时间点细菌数量变化形状的SNP位点进行功能注释,大肠杆菌中有706个与生长性能相关。金黄色葡萄球菌中,129个和不同的生长性能相关。大肠杆菌SNP位点的13个基因在之前的研究中已有报道。【结论】混合培养和单独培养都检测到与生长相关的显著基因,本研究表明了GWAS在研究细菌互作进化机制方面的潜力。
- 陈南朱璟叶梅霞金一何晓青邬荣领
- 关键词：全基因组关联分析
