孙瑞祥
- 作品数：77 被引量：94H指数：6
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
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- 相关领域：自动化与计算机技术生物学理学医药卫生更多>>
- 一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统
- 本发明公开了一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统，其中该方法包括：步骤1，根据数据库中的蛋白质序列创建相应的后缀数组，并根据所述后缀数组推断与所述蛋白质序列相应的最长公共前缀；步骤2，基于最长公共前缀和酶切规...
- 周郴迟浩王乐珩李由吴研洁付岩孙瑞祥贺思敏
- 文献传递
- 一种基于离子索引的整体蛋白质鉴定方法与系统
- 本发明涉及一种基于离子索引的整体蛋白质鉴定方法与系统，包括统计碎裂位点，挖掘碎裂模式。在待测蛋白质样品的完整数据集鉴定结果中统计强度最高多根谱峰匹配到的氨基酸位点，用于离子索引表的创建。对C端碎裂的位点和N端碎裂的位点处...
- 王瑞敏孙瑞祥迟浩曾文锋刘超贺思敏
- pPre_ITMS:基于机器学习方法的串联质谱数据预处理系统
- 2007年
- 串联质谱技术被广泛应用于高通量的蛋白质鉴定。质谱中噪音峰和同位素峰的存在会降低蛋白质鉴定的准确性,同时增加计算负担。pPre_ITMS系统是针对离子阱数据,利用机器学习中的最大期望方法和决策树方法分别识别出质谱中的噪音基线和同位素峰的预处理系统。此外,pPre_ITMS系统采用三层独立模型增强系统鲁棒性,并提供了手动调节功能。利用pPre_ITMS系统可以简单、快速且可视化地对离子阱数据进行预处理。
- 邹翠付岩孙瑞祥王乐珩赵德斌
- 关键词：串联质谱预处理
- 一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法及相应的系统
- 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列...
- 李由李德泉王乐珩迟浩王海鹏付岩孙瑞祥贺思敏刘超袁作飞王文平秀丽蕴
- 文献传递
- 电子转运裂解质谱特征及其在蛋白质鉴定中的应用
- “As we move forward, I predict newer search engines built around ETD fragmentation patterns, rather than adapt...
- 孙瑞祥
- 关键词：蛋白质
- 代谢标记数据在蛋白质鉴定结果可靠性评估中的应用
- 基于质谱技术的蛋白质鉴定是蛋白质组学研究的基础内容,而对定性结果进行质控是必不可少的关键环节。现在常用的质控方法是目标诱饵法(Target Decoy Approach,TDA)[1]。该方法通过统计来自诱饵库的鉴定结果...
- 刘超迟浩曾文锋杨皓周文婧孙瑞祥贺思敏
- 关键词：蛋白质组学质谱质控
- 文献传递
- 肽鉴定结果评估模型的特征选择研究
- 在串联质谱鉴定中,高通量的数据库搜索和相似性比对会产生大量的鉴定结果.如何对这些结果进行定量的有效性评估是目前蛋白质组学研究的一个关键问题.从模式分类的角度看,该问题可以理解为根据比对打分特征对鉴定结果进行真阳性和假阳性...
- 李德泉付岩孙瑞祥贺思敏高文
- 关键词：支持向量机生物信息学数据库搜索蛋白质鉴定
- 文献传递
- 一种交联二肽快速鉴定方法
- 本发明提供一种交联二肽快速鉴定方法，包括：1)提取待鉴定串联谱图中的有效谱峰，根据各个有效谱峰对应的质量，查找碎片索引得到相应的肽段序列作为候选α肽序列，其中所述碎片索引记录了各个碎片质量及其对应的肽段序列；2)对于每个...
- 孟佳明樊盛博迟浩卢珊孙瑞祥董梦秋贺思敏
- 基于质谱数据的计算蛋白质组学：问题与对策
- 国际蛋白质组计划的开展促进了蛋白质组学的快速发展;同时也产生了大规模的有关蛋白质的生化数据,特别是目前在蛋白质鉴定问题研究上所产生的质谱数据最为典型．因此, 报告将以蛋白质的质谱数据为例,介绍计算蛋白质组学中的关键问题及...
- 孙瑞祥
- 关键词：质谱技术串联质谱蛋白质鉴定
- 文献传递
- N-糖肽的规模化质谱解析方法进展被引量：6
- 2016年
- 蛋白质糖基化修饰的鉴定是蛋白质翻译后修饰分析中最具挑战性的任务之一,近几年尤其受到关注.快速发展的质谱技术为规模化的蛋白质糖基化修饰研究提供了有效的手段.与其他基于质谱技术的翻译后修饰鉴定相比,糖基化鉴定的难点在于糖链是大分子而且存在微观不均一性,另外糖链本身可以在串联质谱中碎裂且与肽段的碎裂规律不同,导致蛋白质组学的质谱解析方法和软件难以完整地鉴定肽段序列和糖链结构.完整N-糖肽的鉴定是糖基化分析的热点内容之一,针对N-糖肽的鉴定,近年来,人们开发了多种多样的质谱解析方法,其中包括用N-糖酰胺酶切除糖链后鉴定N-糖基化位点的方法、基于电子转运裂解的糖肽肽段鉴定、基于高能碰撞裂解与电子转运裂解联用或碰撞诱导裂解与三级谱联用的完整N-糖肽鉴定等等.本文对这些质谱解析方法进行了整理和综述,简要指出了目前完整糖肽鉴定软件存在的一些不足,展望了未来的发展方向.
- 曾文锋张扬刘铭琪吴建强张晓今杨皓刘超迟浩张昆孙瑞祥杨芃原贺思敏
- 关键词：糖肽糖基化质谱
