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芽殖酵母细胞分裂周期的动力学模型研究: 对真核模式生物芽殖酵母的细胞分裂过程建立连续微分方程模型，以研究其全局动力学性质和检查点的控制机制。我们的模型基于已知的调控细胞周期各时相进行和转移的关键基因和蛋白的相互作用，旨在从系统层面探索细胞的这一基础过程的稳定性...; 赵耀李方廷汤超; 关键词：细胞周期动力系统鞍结分岔鲁棒性

新生物学: 该报告分两部分。第一部分用来介绍当今生命科学发展的一个大趋势——生命科学与物质科学、工程、信息等定量科学的交叉融合正在使生命科学产生一个质的变化。第二部分介绍报告人最近在系统生物学与药物设计和干细胞重编程中的工作。; 汤超

酵母蛋白质网络的动力学性质被引量：2: 2003年; 蛋白质 -蛋白质、蛋白质 -DNA相互作用网络决定了细胞中各种关键功能的执行 .基于芽殖酵母 (bud dingyeastsaccharomycescerevisiae)的蛋白质 -蛋白质相互作用网络数据和相关的实验文献 ,我们建立了调控细胞周期和生命周期 (cellcycleandlifecycle)的蛋白质网络 ,并利用离散模型研究了该网络的动力学性质 .研究表明 :细胞周期网络的动力学性质具有很强的稳定性 ,约 94 %的蛋白质初态将演化到对应于生物学G1基态的稳定态 ,使其成为惟一的全局吸引点 ;同时 ,绝大多数的初态的演化路径都通过由G1激发态到G1基态的细胞周期演化路径 ,使细胞周期路径成为全局性的“吸引”; 李方廷吕莹龙涛欧阳颀汤超; 关键词：芽殖酵母细胞周期生物物理学

芽殖酵母有丝分裂中后期转换的建模: 细胞的自我复制是所有生命体生长发育和行使功能的基础,细胞周期进程在真核生物中是非常保守的。人们对于细胞周期调控的认识已经取得了很大的进展,特别是随着系统生物学的兴起,理论和建模的方法逐渐发挥重要的作用,通过研究细胞内DN...; 秦山山汤超; 关键词：芽殖酵母细胞周期磷酸化

功能拓扑的理性设计及其在合成生物学中的应用被引量：1: 2023年; 生物网络以超乎寻常的精度、可靠性和鲁棒性执行着各种各样复杂的功能。网络的拓扑结构、动力学性质与功能之间密切相关。如何定量刻画这种关系,找到复杂多样的生物网络的底层设计规律是系统生物学和合成生物学的巨大挑战。本文对功能拓扑的理性设计及其在合成生物学中的应用进行了综述。生物网络在统计性质上不同于随机网络,其结构呈现出模块化的趋势,本文首先总结了自然生物系统中出现的高频模块及其功能,回顾了最近系统生物学对于功能拓扑设计原理的探索,包括目前搜索功能拓扑的两种常用计算方法,同时对理论获得的典型功能拓扑进行了总结。继而总结了近年来实际合成生物学系统中功能拓扑的设计和构建,以基于转录调控的基因回路为主,按照其内部调控节点的数目,系统地介绍了不同拓扑结构被用来实现的具体功能及其典型实例。最后,介绍了近期自动化设计集成基因线路的发展、非转录多层次调控机制以及网络鲁棒性的设计原理,并简单探讨了对于复杂功能拓扑设计的机遇和挑战。; 孙智杨宁娄春波汤超杨晓静; 关键词：合成生物学系统生物学

用物理来发现新的世界: 2012年; 我的物理留学之路我是77级的大学生，就是“文革”后恢复高学后的第一批。; 汤超杨宇杨波王文乐曹喆; 关键词：大学生留学

线虫VPC细胞的命运模式研究: 功能决定形式。同样地，生物分子在进化中选择的网络形式必须能够鲁棒性地执行相应的生物学功能。我们以线虫VPC(vulval precursor cells)细胞命运的发育模式为例来探讨两者之间更定量的关系。目前关于线虫VP...; 平现凤汤超; 关键词：发育模式常微分方程

新生物学: 该报告分两部分。第一部分用来介绍当今生命科学发展的一个大趋势——生命科学与物质科学、工程、信息等定量科学的交叉融合正在使生命科学产生一个质的变化。第二部分介绍报告人最近在系统生物学与药物设计和干细胞重编程中的工作。; 汤超; 文献传递

用于精准高效模拟多细胞形态的方法及系统: 本发明公开了一种用于精准高效模拟多细胞形态的方法及系统，首先给定多细胞系统的初始状态及相场环境参数；然后对其满足的相场演化方程进行半隐式离散迭代从而快速求解得到细胞以及细胞群的形态(也即相场)。本发明使用可扩散场描述细胞...; 张磊匡翔宇关国业汤超

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