林小涵
- 作品数：6 被引量：35H指数：3
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 基于454FLX高通量技术的厚朴叶绿体全基因组测序及应用研究被引量：26
- 2012年
- 叶绿体基因组序列在中药DNA条形码鉴定及基因工程生物制药方面具有广泛的应用前景。本文应用454高通量测序技术对厚朴进行了叶绿体全基因组测序,建立了标准测序流程。生物信息学分析共获得有效序列重叠群(contig)14个,测序覆盖度达到99.99%。厚朴叶绿体基因组大小为160 183 bp,大(LSC)、小(SSC)单拷贝区大小分别为88 210 bp和18 843 bp,反向互补重复区(IR)大小为26 565 bp,共注释叶绿体基因126个,其中每个IR区17个。厚朴与木兰亚纲其他物种的叶绿体编码基因在种类、排列顺序及结构大小上基本一致。采用叶绿体81个蛋白编码基因对厚朴及同属5个种9个样本进行了分子鉴定,鉴定效率100%,并且可以成功区分不同产地的凹叶厚朴。以上结果表明,本研究建立的标准测序流程适用于叶绿体基因组测序,叶绿体基因组序列可有效区分厚朴及近缘物种。
- 李西文胡志刚林小涵李卿高欢欢罗国安陈士林
- 关键词：厚朴DNA提取基因组比较焦磷酸测序
- 药用植物叶绿体基因组研究被引量：7
- 2010年
- 本文在总结植物叶绿体基因组测序研究进展基础上,提出了药用植物叶绿体基因组测序的策略,对物种的选择,测序平台的确定,生物信息学工具的综合分析应用,样品提取、分析及检测等技术环节进行了深入讨论。
- 林小涵刘志华李卿陈士林李西文
- 关键词：药用植物测序
- 基于454FLX高通量技术的菊花叶绿体全基因组测序研究
- 叶绿体基因组在植物物种鉴定、DNA条形码筛选、系统进化分析以及叶绿体基因工程等领域应用前景广阔。本文应用454FLX高通量测序技术对菊花进行了叶绿体全基因组测序,并解析了其基因组结构。生物信息学分析表明,参与菊花序列拼接...
- 胡志刚李西文高欢欢林小涵李卿吴和珍
- 关键词：菊花叶绿体基因组注释焦磷酸测序
- 文献传递
- 基于454 GS FLX测序平台的银杏转录组学研究(摘要)
- 本研究应用第二代高通量测序技术454 GS FLX Titanium对银杏叶的转录组进行测序。获得64057表达序列标签(EST),所得序列与21590 GenBank EST合并拼接,获得22304条独立基因(unig...
- 林小涵李滢罗红梅孙超陈士林
- 关键词：生药学银杏转录组
- 文献传递
- 基于454 GS FLX测序平台的银杏转录组学研究
- 目的应用第二代高通量测序平台454GSFLX研究银杏叶的基因表达谱,挖掘其功能基因。方法使用454GSFLX测序平台进行银杏转录组的测序,454自带软件GSAssembler softwarev2.0.01.14进行序列...
- 林小涵李滢罗红梅孙超陈士林
- 关键词：银杏表达序列标签转录组
- 文献传递
- 银杏和木兰属植物的转录组、叶绿体基因组及其相关研究
- 随着国内外药材市场需求量不断增加,生态环境受到严重破坏,中药资源长期无序开发,濒危野生药用植物物种数量也随之快速增加。将分子生物学应用于药用植物的现代化研究中,可以科学地解决这些问题,从而促进药用植物领域的可持续发展。揭...
- 林小涵
- 关键词：银杏转录组学叶绿体基因组木兰属
