张尚宏
- 作品数：21 被引量：44H指数：3
- 供职机构：中山大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 大豆下胚轴谷丙转氨酶酶学性质分析被引量：1
- 2021年
- 大豆是一种重要的固氮农作物,在其种子萌发和初期幼苗生长过程中氨基酸代谢作用较强,表达活性较高的谷丙转氨酶(GPT)。为探明大豆下胚轴谷丙转氨酶的蛋白序列和酶学性质,以指导其在基因工程和农业生产中的应用,本研究通过对豆芽下胚轴蛋白组进行液相色谱串联二级质谱分析,确定大豆下胚轴所表达的GPT序列,利用谷氨酸和丙氨酸与茚三酮反应的显色差异测量GPT活力,并探究其酶学性质。结果显示:以茚三酮比色法测得大豆下胚轴谷丙转氨酶在35℃和pH7.0条件下对于丙酮酸的Km值为0.186 mmol·L-1,对于谷氨酸的Km值为1.05 mmol·L-1;Co2+、Mg2+和Ca2+对大豆谷丙转氨酶有激活效应,EDTA2-、尿素、Mn2+和Fe2+有抑制效应;大豆下胚轴谷丙转氨酶具有活性的温度范围为10~60℃,pH范围为4.0~8.0,最适温度为35℃,最适pH7.0。
- 郭旭舜林裕添贺敬东李昕昊张尚宏
- 关键词：大豆下胚轴谷丙转氨酶酶学性质茚三酮比色法
- “生命起源与进化”课程的教学探索
- 2001年
- 张尚宏
- 关键词：教学
- 真核生物内含子数据库统计规律研究被引量：3
- 2005年
- 根据GenBank的序列数据,构建了真核生物内含子数据库(EID).对EID统计规律的研究表明,数据库共有103 848个基因,478 484个内含子,582 332个外显子,平均每个基因有4.61个内含子,5.61个外显子,内含子长度为40～120个核苷酸的最多.对人、大鼠、小鼠、鸡、果蝇、线虫、拟南芥、玉米和裂殖酵母等9种模式生物的数据的统计分析表明,在真核生物中,并不是生物越高等,基因中的内含子数或外显子数就越大.进一步,对各种模式生物的基因组大小与内含子比例及内含子密度的关系、内含子相位、内含子剪接位点等特征进行了统计研究.
- 何淼李继东张尚宏
- 关键词：真核生物内含子数据库
- 生态学与进化生物学被引量：2
- 1990年
- 生态学,这门研究生物与环境之关系的学科,在19世纪就已成为一门有较明确定义的科学,至今已发展成为一门涉及到多个科学与文化领域的综合性学科。现代生态学的一些研究动态现代生态学的研究与发展,很重要的方面是在时间与空间尺度上不断向微观和宏观扩展。从一般的时间单位(秒、小时、日等)到地质量度单位(百万年);从细胞。
- 张尚宏
- 关键词：生态学进化生物学
- 大豆谷丙转氨酶的结构模型构建及其应用
- 2020年
- 大豆是一种重要的固氮农作物,其种子萌发时具有较强的氨基酸代谢作用,谷丙转氨酶的活性较高。而谷丙转氨酶能催化谷氨酸和丙酮酸可逆反应生成α-酮戊二酸和丙氨酸,且这一反应在生物的氨基酸代谢调节中起到十分重要的作用。通过查阅数据库,获得大豆谷丙转氨酶的可能序列,并利用Discovery Studio软件对大豆谷丙转氨酶的蛋白质序列(NCBI序列号NP001237567.2)进行了同源建模,得到了大豆谷丙转氨酶的三维结构模型。也通过分子动力学探究该模型在不同浓度的缓冲液中的状态,得到了一个稳定的溶液态模型。通过对该谷丙转氨酶的三维结构模型的改造和优化也证明了大豆谷丙转氨酶添加组氨酸标记的可行性,为后续表达和分离纯化大豆谷丙转氨酶的工作进行了理论准备。
- 林深钟镕华孟繁梅郑晓如伍俭儿张尚宏
- 关键词：谷丙转氨酶大豆同源建模组氨酸标签
- 基因组寡聚核苷酸频率组分差异的进化信息被引量：1
- 2008年
- 利用不同基因组全序列中寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树,并与传统方法的建树结果比较,分析以寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树的可行性及适用范围。在获得194种原核生物基因组全序列寡聚核苷酸频率数据的基础上,依据寡聚核苷酸组分的保守性构建权重矩阵,对寡聚核苷酸组分差异加权,并尝试用绝对值距离、Lance距离、欧氏距离三种方法计算距离矩阵,再用距离法构建系统树。结果显示,该方法对科以下分类单位的建树与传统方法的建树基本一致,而对科以上的分类单位较难区分。首次利用寡聚核苷酸频率保守性进行加权,通过非比对的算法用基因组全序列建树。
- 熊远妍王军鹏蓝一杰文明张尚宏
- 关键词：基因组全序列寡聚核苷酸系统树数据发掘生物信息学
- 不同生活习性下原核生物基因组大小与GC含量的关系研究被引量：2
- 2011年
- 对原核生物基因组的研究显示,基因组GC含量与基因组大小和氧气偏好性等因素存在着一定的相关性。为了探索基因组大小与GC含量的相关性是否受原核生物生活习性的影响,选取了有代表性的411种原核生物(包括古细菌与真细菌),分别从最适生长温度、氧气偏好性、运动特性、水生特性和寄生特性等因素进行分析,发现基因组大小与GC含量的相关性确实受这些因素的影响,而寄生原核生物中显示出最好的相关性。
- 林瀚黄亚志张尚宏
- 关键词：原核生物基因组大小GC含量生活习性
- 真核生物内含子数据库构建被引量：3
- 2004年
- 通过下载国际一级序列数据库GenBank的序列数据,开发研制了真核生物基因内含子数据库EID,该数据库由一个主数据库和多个子数据库组成,子数据库包括细胞核内含子数据库、细胞器内含子数据库,以及植物、无脊椎动物、灵长类、啮齿类、其他哺乳类和其他脊椎动物等不同类型生物内含子数据库。文中详细介绍了数据的获取和筛选方法,主数据库中dEID,pEID,hEID的文件格式和结构,EID数据库构建程序,以及EID的查询方式,提供的分析工具等。EID将建设成为研究内含子功能和进化起源的生物信息学平台。
- 何淼李继东张尚宏
- 关键词：真核生物内含子数据库
- 以RdRp酶为例通过蛋白结构比对研究RNA病毒进化历史的方法学探讨
- 2013年
- 目的以RdRp酶为例探讨病毒蛋白的保守性以及通过蛋白结构比对研究RNA病毒进化历史的可能性。方法从GenBank下载6个病毒科RdRp酶的序列,通过多维尺度分析筛选代表性的序列,使用在线预测工具SwissModel预测三维结构,分别用Dali和Matt软件进行结构两两比对,对比对结果进行聚类分析。筛选的序列同时进行系统发育分析。结果同一病毒科内RdRp酶结构比对的分值一般小于1.0,不同病毒科之间结构比对的分值一般大于3.0。对于同一病毒种,分离自不同年份的病毒蛋白结构相似,病毒蛋白结构的差异性与年份无明显相关性。聚类分析表明同一科病毒均聚在一起,但Dali和Matt得到的不同病毒科之间的进化关系并不完全相同,与系统发育树所揭示的进化关系也不完全相同。结论用现有的结构比对方法研究RNA病毒进化所得到的结果并不一致,与系统发育树的结论也不尽相同。因此,通过蛋白结构比对来研究病毒的进化历史,需要开发新的、更复杂的结构比对算法。
- 钟鸿圣凌诚柏佳宁张忠于爱莲张尚宏史卫峰
- 关键词：病毒进化
- 论生物基因组的起源和进化被引量：1
- 1996年
- 通过分析核（类核）基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组的大小与结构，发现这三种基因组都有“小基因组”和“大基因组”的形式及与之对应的结构特点．认为它们各自的祖先都是通过分别与“小基因组”和“大基因组”相应的两种途径进化成为现代核（类核）基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组．发展了生物基因组起源和进化的统一模式．
- 张尚宏
- 关键词：线粒体叶绿基因组进化核基因组
