郭志云
- 作品数：24 被引量：36H指数：3
- 供职机构：西南交通大学生命科学与工程学院更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家大学生创新性实验计划项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学文化科学更多>>
- 阿霉素诱导下的肝癌细胞HepG2中微小RNA差异表达分析
- 2016年
- 旨在研究阿霉素诱导引起的DNA损伤压力下,肝癌细胞Hep G2中参与DNA损伤应答的mi RNA,并分析这些mi RNA靶基因参与肝癌DNA损伤应答相关的生物学进程与通路。通过小RNA测序检测阿霉素处理肝癌细胞Hep G2前后mi RNA的差异表达情况,使用GO与KEGG通路富集方法对差异表达mi RNA靶基因进行功能富集分析。结果显示,共检测出显著表达差异mi RNA 68个,其中上调13个,下调55个。mi RNA靶基因的功能分析结果显示,53条mi RNAs靶基因显著富集于调控细胞增殖、细胞凋亡、细胞迁移和细胞周期等与DNA损伤应答以及肿瘤相关的生物进程和信号通路,包括p53信号通路、癌症通路、Wnt信号通路和MAPK信号通路等。研究表明,在阿霉素诱导下,Hep G2中的差异表达mi RNAs与DNA损伤相关的肿瘤生物学进程以及信号通路显著相关,预示这些mi RNAs在阿霉素引发的肝细胞癌DNA损伤应答中起着重要的作用。
- 杨亚蓝郭志云丁若凡茆灿泉郭建秀熊莉丽
- 关键词：阿霉素DNA损伤RNAS
- 基于多元分析的川天麻性状-产量-品质评价研究被引量：2
- 2017年
- 目的探讨川天麻性状变量和品质变量的关系,建立性状-产量参数与品质多指标的多元数学函数模型。方法参考《中国药典》(2015版,一部),测定川天麻性状-产量参数与品质指标,并利用SPSS 19.0和Matlab分析软件对数据进行分析处理。结果建立了川天麻性状-产量参数与品质多指标的多元线性和非线性函数模型。在多元线性分析中,天麻素含量指标可以通过两个变量因子线性表示;在多元非线性分析中,川天麻的各品质指标与总长度、中段周长/长度比值有着很显著的关联性。结论基于不同的数学函数模型,我们可以对天麻块茎中的天麻素、醇浸出物、多糖及水浸出物的含量进行预估,本研究为系统建立川天麻品质评价体系提供了基础理论依据,为天麻资源的综合开发利用提供了基础研究资料。
- 李坤伦张兴国秦家安吕光华郝安辉郭志云
- 关键词：生物学性状
- 乳腺癌增强子-miRNA调控网络识别与分析
- 2021年
- 乳腺癌发病率位列女性恶性肿瘤之首。先前研究表明增强子可通过调控miRNA影响肿瘤的发生发展。然而,增强子与miRNA在乳腺癌中形成何种调控网络目前尚不清楚。为了探究乳腺癌中增强子与miRNA形成的调控网络,通过分析112个乳腺浸润癌样本和104个正常组织样本,共识别了220对增强子-miRNA调控关系,其中包括220个增强子、56个乳腺癌失调miRNAs。生存分析表明, 6个miRNAs (hsa-mir-195、hsa-mir-671、hsa-mir-3619、hsa-mir-4664、hsa-mir-5003、hsa-mir-5691)的表达水平显著与乳腺浸润癌患者的生存时间相关。进一步的GO/KEGG功能富集分析显示,这6个miRNAs的靶基因显著富集在癌症相关生物学进程与信号通路上。对这6个miRNAs的靶基因进行驱动基因与网络分析,共识别了6个网络关键节点,其中TP53、CCNE2的基因显著与乳腺浸润癌患者的生存时间相关。以上结果为探索增强子与miRNA在乳腺癌中的调控机制提供了理论与方法基础。
- 钱明明谭政堂王文著李昶蓥邱正良郭志云
- 关键词：乳腺癌增强子
- 基于EST和GSS序列的玉米未知微RNA的数据挖掘被引量：7
- 2011年
- miRNAs通过与靶基因互补位点配对结合,在转录后水平负性调控靶基因的表达。根据miRNA进化上的保守性,以拟南芥、水稻等已知的植物miRNAs为探针,与相关数据库中玉米表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)中的非编码序列比对,采用一系列的标准进行筛选,最后预测得到24个玉米miRNA前体,通过靶基因的预测共得到61个靶基因。通过生物信息学方法大大提高了人们发现miRNAs及其靶基因的效率,补充了玉米miRNA数据库的不足。
- 李婧熊莉丽胡久梅郭志云
- 关键词：MICRORNA玉米ESTGSS靶基因
- 基于miRNA-mRNA网络筛查并验证胃癌诊断和预后评估相关的标志物及其潜在分子机制
- 2022年
- 目的:通过生物信息学方法探索并实验验证胃癌相关标志物miR-1-3p对胃癌细胞增殖的作用及其分子机制。方法:收集TCGA数据库中胃癌(n=375)及癌旁组织(n=45)的转录组数据,构建胃癌特异性mRNA-miRNA网络,筛选潜在的miRNA类标志物,利用TargetScan预测标志物的下游靶基因且分析它们的功能。选取人正常胃上皮细胞GES-1及胃癌细胞AGS、MKN45、NCI-N87,用q PCR法检测细胞中miR-1-3p和心肌蛋白(MYOCD)的表达,用lipofectamine 2000将miR-1-3p模拟物转染至胃癌细胞中,CCK-8法测定轨染后细胞的增殖能力,WB法测定MYOCD的表达量,双荧光素酶报告基因实验验证miR-1-3p与MYOCD之间的靶向结合关系。结果:通过数据库数据分析得到差异表达的259个miRNA和7 545个mRNA,构建胃癌特异性mRNAmiRNA调节网络,分析网络中脆弱结构后确定miR-1-3p为潜在的胃癌标志物,ROC曲线和Kaplan-Meier分析显示其对胃癌的诊断和预后评估有重要意义。细胞实验显示miR-1-3p在胃癌细胞中呈低表达(P<0.05),过表达miR-1-3p可抑制胃癌细胞AGS和MKN-45的增殖能力(P<0.05或P<0.01),且可抑制MYOCD的表达(P<0.01)。TargetScan数据库预测到MYOCD的3’UTR区域中有两个与miR-1-3p结合的位点,双荧光素酶报告基因实验证实miR-1-3p与MYOCD靶向结合且负调控MYOCD的表达(P<0.01)。结论:miR-1-3p可能是胃癌诊断和预后相关潜在的标志物,且miR-1-3p可能是通过靶向MYOCD来影响胃癌细胞的增殖。
- 李昶蓥郭志云
- 关键词：胃癌预后生物标志物
- MicroRNA参与下的p53调控网络被引量：1
- 2010年
- p53作为肿瘤致病的关键因子人们已经进行了广泛的研究,microRNA参与肿瘤的发生也已经成为了不争的事实,但目前关于p53与miRNA的调控关系还不是很清楚。就p53与miRNA存在的可能调控模式及p53对miRNA功能与合成方面的影响进行了综述,并结合已有的研究绘制了可能的p53与miRNA调控模式图。
- 郭志云茆灿泉熊莉丽
- 关键词：P53MIRNA信号通路
- DNAVec:基因组DNA序列的预训练词向量表示
- 2021年
- 破译DNA序列所代表的信息是基因组研究的基本问题之一。基因调控编码由于存在多义性关系而变得非常复杂,而以往的生物信息学方法往往无法捕捉到DNA序列的隐含信息,尤其是在数据匮乏的情况下。因而从序列信息中预测DNA序列的结构和功能是计算生物学的一个重要挑战。为了应对这一挑战,我们引入了一种新的方法,通过使用自然语言处理领域的语言模型BERT将DNA序列表示为连续词向量。通过对DNA序列进行建模,BERT有效地从未标记的大数据中捕捉到了DNA序列中的序列特性。我们将DNA序列的这种新的嵌入表示称为DNAVec (DNA-to-Vector)。此外,我们可以从模型中提取出预训练的词向量用于表示DNA序列,用于其他序列级别的分类任务。
- 郎梅郭志云
- 关键词：DNA序列自然语言处理
- 肝癌增强子-miRNA调控作用对的识别与特征分析
- 2020年
- 目的:探讨肝癌和正常肝组织中增强子与miRNA形成的调控关系及调控miRNA的增强子的特征,筛选出由增强子调控的差异表达miRNA并探讨其与肝癌治疗靶点的相关性。方法:基于TCGA与FANTOM5数据库,对肝癌和正常肝组织中共417个样本的增强子与miRNA进行共表达与3D基因组分析得到调控关系。通过ENCODE数据库中肝癌与正常肝组织的组蛋白修饰与转录因子的ChIP-seq数据分析调控miRNA的增强子上信号值的差异。筛选由增强子调控的差异表达的miRNA,并对患者的生存期与治疗靶点进行相关性分析。结果:在肝癌与正常肝组织中分别识别增强子-miRNA作用对93对和40对。ChIP-seq数据比对分析发现,肝癌中组蛋白修饰H3K27ac、H3K4me1和H3K4me3信号在调控miRNA增强子区域显著高于不调控miRNA的增强子区域(|rho|>0.3,P<0.05);多种转录因子在肝癌相关增强子中的富集显著低于正常肝组织(|rho|>0.3,P<0.05)。对增强子调控的miRNA进行差异表达分析,识别了6个与肝癌患者生存相关miRNA(hsa-miR-4664、hsa-miR-5003、hsa-miR-1915、hsa-miR-3619、hsa-miR-4745、hsa-miR-6728),发现这些miRNA与87个用于靶向治疗的基因以及8个免疫检查点基因显著相关(|rho|>0.1,FDR<0.05)。结论:成功在肝癌中识别出增强子-miRNA调控作用对与调控miRNA的增强子的特征,并筛选出由增强子调控的与肝癌患者生存和治疗靶点相关的miRNA,为后续深入开展肝癌的基础与临床研究提供了参考依据。
- 唐飞王文著郎梅郭志云
- 关键词：增强子微小RNA转录因子肝癌
- 前列腺癌中致病基因与核心转录因子的识别与功能分析
- 2020年
- 目的:通过分析识别前列腺癌功能基因模块并挖掘影响这些模块的核心转录因子与关键基因,探讨前列腺癌的发病机制。方法:通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expressed network analysis,WGCNA)识别与前列腺癌病理分期、Gleason分级等重要临床特征相关的枢纽基因模块,利用OPOSSUM在线工具分析富集调控这些基因的转录因子,应用通路富集分析和蛋白质相互作用网络分析识别前列腺癌的关键基因及其对前列腺癌患者重要临床特征和无病生存率(disease free survival,DFS)的影响。结果:识别出3个枢纽模块,分别与前列腺癌病理T分期、病理N分期、Gleason分级高度相关。进一步筛选得到13个前列腺癌核心转录因子参与调控这3个枢纽模块。这些转录因子调控的差异表达基因显著富集于Calcium、cGMP-PKG、cAMP前列腺癌相关信号通路,其组成的基因网络中14个关键基因(PRKG1、PRKG2、CYSLTR2、GRPR、CHRM3、ADCY5、ADRA1D、EDNRA、EDNRB、CYSLTR2、AGTR1、GRPR、GRIA1和OXT)处于重要节点位置,其中ADRA1A、PRKG2、CHRM3、ADRA1D和EDN3高表达显著延长了前列腺癌患者的DFS(均P<0.01)。结论:ADRA1A、PRKG2、CHRM3、ADRA1D和EDN3受前列腺癌核心转录因子调控,与前列腺癌重要临床特征高度相关,且高表达会显著增加前列腺癌的DFS,对前列腺癌机制的后续研究具有重要的参考价值。
- 黄晴晴谭政堂李昶蓥邱正良郭志云
- 关键词：前列腺癌转录因子
- 人α-synuclein突变体的克隆及细菌表面展示
- 2010年
- 目的在细菌表面构建及展示人α-synuclein突变体A30P、E46K和A53T。方法采用叠套PCR介导的点突变方法,以野生型α-sy-nuclein为模板。结果成功克隆了α-synucleinA30P、E46K和A53T3个突变型基因,并利用细菌亲密素展示系统将野生型α-synuclein及突变体A30P、E46K和A53T成功展示在大肠杆菌表面。结论α-synuclein及其突变体的细菌表面展示对于α-synuclein空间结构的良好保持和基于α-synu-clein神经退行性疾病靶分子药物、分子诊断试剂的研发和α-synuclein蛋白结构与功能的研究等具有重要的意义和价值。
- 熊莉丽赵鹏郭志云张建华茆灿泉
- 关键词：Α-SYNUCLEIN突变体生物信息
