库尔班·吐松
- 作品数：3 被引量：19H指数：2
- 供职机构：新疆大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 荒漠昆虫小胸鳖甲转录组微卫星的生物信息学分析被引量：5
- 2017年
- 位于蛋白质编码区及非编码区(可转录区)的微卫星是常用的一种功能分子标记。本研究以荒漠拟步甲科昆虫小胸鳖甲(Microdera punctipennis)为材料,从其转录组数据库中筛选出由1~6个碱基单元组成的简单序列重复进行分析,并对其微卫星的丰度和特征进行描述。研究显示,小胸鳖甲转录组中微卫星的分布频率为7.94%。其中,单碱基重复序列占微卫星的47.17%,是最丰富的重复序列;其次为3碱基重复序列,占39.81%,而2、4、5、6碱基重复序列分别占10.94%、0.90%、0.88%和0.29%。将小胸鳖甲转录本与同为拟步甲科的赤拟谷盗(Tribolium castaneum)编码序列进行比对,分析同源序列微卫星基元(motif)发现,二者蛋白质编码区微卫星具有高度物种特异性。对小胸鳖甲低温响应转录本和总转录本进行微卫星基元和不同长度微卫星重复次数的比较发现,它们之间没有显著性差异。对含有微卫星的冷响应基因进行基因本体论(gene ontology,GO)分析,发现主要富集到生物学过程、分子功能和细胞组分3个类群。
- 库尔班·吐松陈真刘小宁马纪
- 关键词：转录组微卫星特异性
- 准噶尔小胸鳖甲短时低温胁迫响应的转录组分析被引量：13
- 2016年
- 【目的】拟步甲科昆虫小胸鳖甲Microdera punctipennis是分布于中国新疆古尔班通古特沙漠的特有物种,具有很强的耐寒性,但其低温响应的分子机制尚不明确。本研究旨在利用转录组测序技术丰富小胸鳖甲的已知基因信息,分析在短时低温胁迫下,上调表达基因的主要类群及参与的主要代谢通路。【方法】利用Trinity软件对分别在4℃低温和25℃(对照)下处理3 h的小胸鳖甲成虫RNA-Seq数据进行从头组装,利用Blast2go软件进行基因注释。通过DESeq和GFOLD软件分析差异表达基因,并对上调表达基因进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢途径富集分析。【结果】测序过滤后得到68 165 001个有效读序,51 712个平均长度为984 bp的非冗余基因,其中29 925个基因(约57.87%)有同源序列(E-value<10-5),与拟步甲科的赤拟谷盗Tribolium castaneum相应基因相似性最高(核苷酸序列一致性为72.75%)。低温响应上调表达基因有514个,富集到35个GO类群,18个KEGG途径。其中胁迫响应类群、生物调节类群和免疫系统过程类群都占有重要比例,嘌呤代谢、硫胺素代谢、糖酵解/糖异生等代谢通路显著富集。在胁迫响应类群中,热激蛋白Hsp90基因、超氧化物歧化酶(SOD)基因和钙联接蛋白Calnexin基因等8个非生物胁迫相关基因显著上调表达。【结论】荒漠昆虫小胸鳖甲低温转录组揭示,在4℃冷驯化过程中,代谢过程、胁迫响应、生物调节和免疫系统等生物学过程相关基因表达显著上调,其中几个非生物胁迫响应基因提示小胸鳖甲可能从分子伴侣、细胞周期阻滞、线粒体稳定性、抗氧化胁迫等多方面应对低温胁迫。KEGG富集分析所揭示的小胸鳖甲在低温下的转录组代谢通路与其他物种有较大差异。研究结果为后续生物信息学分析及小胸鳖甲耐寒关键基因的发掘及耐寒机制的揭示提供了基础数据。
- 库尔班·吐松陆雪莹刘小宁马纪
- 关键词：低温胁迫冷驯化转录组差异基因
- 小胸鳖甲胞外铜锌超氧化物歧化酶重组蛋白的原核表达及多克隆抗体制备被引量：1
- 2019年
- 超氧化物歧化酶(SOD)是清除生物体内超氧阴离子自由基的主要抗氧化酶家族。基于原核表达系统,成功表达了拟步甲科Tenebrionidae小胸鳖甲Micordera punctipennis胞外铜锌SOD的重组蛋白(本文定义为Trx-His-MpecCu/Zn-SOD)。经Ni 2+亲和层析法纯化重组蛋白后,研究了重组蛋白的部分酶学性质。通过足垫加皮下注射法3次免疫小鼠后,分别用ELISA和Western blot的方法检测抗体效价和抗体特异性。结果表明,重组蛋白主要以包涵体形式存在,纯化后的重组蛋白浓度为1.33 mg·mL^-1,酶活力为27.52 U·mg^-1。Trx-His-MpecCu/Zn-SOD在25~45℃具有比较稳定的酶活性,在35℃最高,同时表现出比较广泛的酸碱耐受性(pH3~12),最适pH为9.0,表明重组蛋白的酶活性相对比较稳定。蛋白免疫法制备的鼠抗MpecCu/Zn-SOD多克隆抗体滴度高于1∶819 200。Western blot结果显示,该抗体能免疫结合重组蛋白Trx-His-MpecCu/Zn-SOD和小胸鳖甲体内天然MpecCu/Zn-SOD,但不能与黄粉虫Tenebrio molitor的总蛋白结合,说明制备的抗体效价较高且特异性较好。本研究结果为小胸鳖甲ecCu/Zn-SOD功能的深入研究奠定了基础。
- 孜拉吉古丽·西克然木马纪库尔班·吐松刘小宁
- 关键词：原核表达多克隆抗体
