刘明
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：河北大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：教育部留学回国人员科研启动基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 蛋白质二级结构定义服务器DSSP和STRIDE的比较与应用
- 2008年
- 为了便于快速了解蛋白质的结构特征,解析已经通过X-射线衍射或者由核磁共振测定的蛋白质的二级结构,一些定义蛋白质二级结构的系统被建立起来。蛋白质二级结构定义软件DSSP和STRIDE都是旨在说明这些已测定的蛋白质原子坐标的软件,它们根据原子坐标将蛋白质残基划分为不同的二级结构,对于了解蛋白质的空间结构做了很大的贡献。本文对两者进行了深入的比较和分析,总结出DSSP和STRIDE的应用条件及各自的利弊得失。
- 闫蓬勃刘建国刘明姚依昆
- 关键词：蛋白质二级结构
- 基于进化信息改进蛋白质定点突变稳定性预测准确率被引量：1
- 2009年
- 定点突变后蛋白质稳定性的增加还是降低,是分子生物学和蛋白质工程的核心问题之一,也是目前生物信息学研究的重要领域。基于蛋白质序列信息对蛋白质定点突变后的稳定性进行预测的方法,因其简易、适用面广而得到广泛的研究应用。通过对编码策略(coding schemes)的探索,发现不同编码策略对预测准确率有较大影响,并发现基于进化信息的BLOSUM打分矩阵可以用于蛋白质定点突变稳定性预测,具有较高的预测准确率。应用基于BLOSUM62打分矩阵的神经网络(ANN)和支持向量机(SVM)算法,可以改进蛋白质定点突变后稳定性的预测,而且ANN+BLOSUM62在1623条序列的数据集上的实测结果优于目前国际通用的几款预测软件。
- 刘建国刘建荣刘明闫蓬勃
- 关键词：定点突变神经网络SVM
