张南南
- 作品数：15 被引量：20H指数：3
- 供职机构：中国农业科学院郑州果树研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金河南省科技计划项目中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生更多>>
- 基于HRM获得与桃Tssd紧密连锁的SNP标记被引量：6
- 2017年
- 【目的】植物中,SNP标记具有分布广泛、分辨率高、共显性和多态性高等特点,是遗传研究的常用分子标记。桃全基因组测序完成,获得了大量SNP位点。利用现有的SNP数据进行简单、快速的SNP基因分型是基因定位、品种鉴定和图谱构建等后续研究的基础。文章拟建立采用高分辨率熔解曲线进行不同类型SNP的基因分型方法,以获得与桃温度敏感半矮生型基因紧密连锁的分子标记。【方法】以普通生长型(ST)单株97-32-46为母本,温度敏感半矮生型单株03-94-2(Tssd)为父本进行人工杂交,利用其分离群体96个后代单株为研究材料。在定位目标基因的区间内开发连锁和不同类型的SNP标记的基础上,采用高分辨率熔解曲线进行SNP的基因分型并获得与目标性状紧密连锁的SNP标记。【结果】明确了DNA模板和Mg^(2+)是影响基因分型的关键因子,并确立了反应体系最佳浓度区间。在15μL反应体系中模板DNA的量低于5.0 ng时或Mg^(2+)浓度低于1.6μmol·L^(-1)时则不能完成PCR扩增和基因分型;根据亲本基因型和表型一致的SNP位点设计引物,扩增片段长度在140 bp左右。高分辨率熔解曲线分析可对由单个核苷酸变异引起的4种不同类型的SNP(A/T、A/G、A/C和C/G)进行基因分型,并正确区分了温度敏感半矮生型和普通生长型,与进行Sanger测序鉴定的结果一致。采用96孔板对温度敏感半矮生型和普通生长型各48个分离后代单株进行了PCR扩增和基因分型,确定了遗传距离。分型结果表明高分辨率熔解曲线分析技术可以将96个样杂交后代单株分为温度敏感半矮生型和普通生长型2种,正确地区分了A/A基因型和A/T基因型。在96个样品中仅1个没有成功扩增,在温度敏感半矮生型和普通生长型中各存在1个重组单株。获得与温度敏感半矮生型基因紧密连锁的SNP标记,遗传距离为2.11 cM。【结论】建立了基于高分辨率熔解�
- 鲁振华牛良张南南崔国朝潘磊曾文芳王志强
- 关键词：高分辨率熔解曲线
- 基于SNP标记的桃抗蚜性状的基因定位
- 挖掘与桃抗蚜性状显著相关的SNP位点及候选基因,为桃抗性分子标记辅助选择育种奠定基础,并为进一步揭示桃抗蚜性状的遗传基础和分子机制提供依据。以来源于‘粉寿星’的抗蚜桃‘01-77-3’为母本,感蚜桃‘CN13’为父本,组...
- 张南南鲁振华崔国朝潘磊曾文芳牛良王志强
- 关键词：SNP标记抗蚜基因定位
- 文献传递
- 一种快速定位桃目的基因的方法
- 本发明公开了一种快速定位桃目的基因的方法，涉及生物基因技术领域。本发明方法包括：选取亲本杂交获得F<Sub>1</Sub>子代，根据表型并划分出目的性状植株和非目的性状植株，提取桃基因组DNA，设计引物进行扩增得到扩增产...
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- 文献传递
- 与桃垂枝基因紧密连锁的分子标记及其应用
- 本发明公开了一种与桃垂枝基因紧密连锁的分子标记及其应用，以期应用于桃垂枝分子标记辅助选择和优良桃种质资源选育。本发明筛选得到一种与桃垂枝基因紧密连锁的SNP分子标记，为WESNP‑20.83、WESNP‑20.99，WE...
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- 基于SNP标记的桃矮化基因精细定位被引量：3
- 2017年
- 【目的】矮化型桃树体矮小、节间短,是盆栽观赏和砧木育种的重要遗传资源。明确矮化性状形成的遗传机制并对桃矮化基因进行精细定位,是建立目标性状分子辅助选种体系和遗传改良的前提,可为有目标的选育矮化观赏桃和砧木品种奠定基础。【方法】以‘05-2-144’(‘97矮’ב鸳鸯垂枝’桃)套袋自交获得的395个后代单株构建的分离群体为材料。参考桃基因组信息并基于Sanger技术开发的SNP标记对亲本和后代单株进行分析,在扩大群体单株中进行连锁关系分析,确定连锁的SNP标记,初步定位目标基因。在定位区域内基于二代测序技术开发更多的基因型和表型一致的SNP标记,对后代单株进行基因分型,完成目标性状的精细定位。然后在精细定位区域内开发SNP标记,即杂交群体双亲均为Aa杂合基因型,对‘10-7’ב96-5-1’杂交后代89个单株进行分子鉴定,以验证基因定位结果的准确性。【结果】通过对桃单株‘05-2-144’自交后代实生苗表型鉴定表明,普通型和矮化型单株数分别为300株和95株,性状分离比例接近3﹕1(P值为0.67;χ2为0.19),符合孟德尔遗传规律,桃矮化性状受隐性单基因控制。用于分子鉴定的单株来源于‘10-7’(普通型)ב96-5-1’(普通型)杂交组合,共获得89个后代单株,其中普通型66株;矮化型23株(P值为0.854;χ2为0.034)。基于Sanger测序技术开发了SNP标记,在桃基因组数据库Pp06上25 230 425 bp和27 191 090 bp处获得了连锁的SNP标记,且目标基因位于这两个标记的右侧,初步获得了连锁的SNP分子标记。在此基础上,对亲本进行66.89X深度测序,继续开发符合Aa杂合基因型的SNP标记位点。根据参考基因组和物理距离区间共设计了15对SNP引物,其中12对引物与重测序结果中SNP的类型一致,3对引物与重测序结果中SNP的类型不一致,连锁标记的基因分型成功率为80.0%。通过基于SNP基因
- 鲁振华牛良张南南姚家龙崔国朝曾文芳潘磊王志强
- 关键词：矮化基因SNP
- 与桃抗蚜基因紧密连锁的SNP分子标记的应用
- 与桃抗蚜基因紧密连锁的SNP分子标记的应用，所述分子标记为KyHRM‑17‑45.71和KyHRM‑3‑46.12，分别位于桃基因组(Version 2.0)Scaffold 1的45.713Mb和46.121Mb处，其...
- 牛良鲁振华王志强潘磊张南南崔国朝曾文芳
- 文献传递
- 基于SNP标记桃抗蚜性状的基因定位被引量：6
- 2017年
- 【目的】挖掘与桃抗蚜性状紧密连锁的SNP位点及候选基因,为桃抗性分子标记辅助选择育种奠定基础,并为进一步揭示桃抗蚜性状的遗传基础和分子机制提供依据。【方法】以来源于‘粉寿星’的抗蚜桃‘01-77-3’为母本,栽培品种‘中油桃13号’为父本,杂交获得F1代分离群体进行基因定位。以‘96-5-1’(抗蚜)为母本,‘10-7’(感蚜)为父本杂交获得F1分离群体作为验证定位位点准确性的材料。参考桃基因组序列(Prunus persicaGenome v2.0.a1)开发基于Sanger测序的SNP标记,在亲本(‘01-77-3’‘中油桃13号’)及各4个子代中PCR扩增后进行Sanger测序,获得候选SNP后,扩大群体验证,实现对抗性基因的初步定位。对亲本(‘01-77-3’‘中油桃13号’‘96-5-1’‘10-7’)进行覆盖度约为70×的全基因组深度测序,并基于重测序数据,在初定位区间内开发基于Sanger测序与HRM分析的SNP标记,筛选多态性标记,对‘01-77-3’ב中油桃13号’杂交后代141株实生苗进行基因分型,以获得与桃抗蚜型基因紧密连锁的分子标记。通过双亲(‘96-5-1’‘10-7’)表型与基因型一致,在精细定位区间内开发与桃抗蚜性状紧密连锁的In Del位点,以验证In Del标记与抗蚜表型是否连锁。最后,参考桃基因组分析定位区间的候选基因。【结果】通过人工接种观察蚜虫对桃F1后代单株新梢危害表明,抗蚜与感蚜比例接近1﹕1(P值为0.556;χ~2为0.348),符合孟德尔遗传规律。基于Sanger测序结果,初步将抗蚜基因定位在桃基因组Pp01_38011783与Pp01_47231340之间,物理距离约为9.22 Mb。亲本全基因组深度测序分别产生Clean data 17.109 Gb,平均覆盖度为75.19×,在Pp01初定位区间内开发基于HRM与Sanger测序的SNP标记共29对,筛选后得到11对紧密连锁的标记。基因分型结果表明,与桃抗蚜基因紧密连锁的标记位于桃基因组Pp01的45.66 Mb和46.12 Mb处,Pp01_45.66处等位基因
- 张南南鲁振华崔国朝潘磊曾文芳牛良王志强
- 关键词：SNP标记抗蚜基因定位
- 与桃树矮化基因紧密连锁的SNP标记的应用
- 与桃树矮化基因紧密连锁的SNP标记的应用，所述分子标记分别位于桃基因组(Version 2.0)Scaffold 6上28.1Mb和29.2Mb处，为SNP260k‑2和SNP260k‑13，其中SNP260k‑2的等位...
- 鲁振华王志强牛良张南南崔国朝曾文芳潘磊
- 文献传递
- 基于SNP标记的桃抗蚜性状的基因定位
- 挖掘与桃抗蚜性状显著相关的SNP位点及候选基因,为桃抗性分子标记辅助选择育种奠定基础,并为进一步揭示桃抗蚜性状的遗传基础和分子机制提供依据.以来源于'粉寿星'的抗蚜桃'01-77-3' 为母本,感蚜桃'CN13' 为父本...
- 张南南鲁振华崔国朝潘磊曾文芳牛良王志强
- 关键词：SNP标记抗蚜基因定位
- 与桃树矮化基因紧密连锁的SNP标记的应用
- 与桃树矮化基因紧密连锁的SNP标记的应用，所述分子标记分别位于桃基因组(Version 2.0)Scaffold 6上28.1Mb和29.2Mb处，为SNP260k‑2和SNP260k‑13，其中SNP260k‑2的等位...
- 鲁振华王志强牛良张南南崔国朝曾文芳潘磊
- 文献传递
