栗薇薇
- 作品数：11 被引量：43H指数：4
- 供职机构：安徽省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项安徽省自然科学基金国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 安徽省一起布鲁菌病疫情的实验室诊断及病原学特征研究被引量：3
- 2015年
- 目的对2014年安徽省一起人感染布鲁菌疑似患者进行表型和分子生物学检测,以明确诊断。方法对患者进行流行病学调查,采用血培养法对经试管凝集试验检测为布鲁菌抗体阳性的患者和病羊血液进行荧光PCR及细菌分离培养,应用传统方法和分子生物学方法对可疑菌落进行种型鉴定。结果 136份高危者及疑似布病患者血清抗体筛查22份阳性,31份患者、病羊和外环境采样标本经荧光PCR检测5份阳性。2株安徽省分离株经传统方法和种型特异性PCR均鉴定为羊种生物3型布鲁菌。结论从患者和病羊均分离出羊种生物3型布鲁菌,结合流行病学资料分析,安徽省此次疫情由人直接接触病羊而感染布鲁菌所致。
- 袁媛孙永曹明华张永根栗薇薇胡万富
- 关键词：布鲁菌病疫情核酸扩增
- 2011-2013年安徽省手足口病病原构成和HEV71基因特征分析被引量：2
- 2017年
- 目的了解安徽地区2011-2013年引起手足口病（hand-foot-mouthdisease，HFMD）发病的病原构成情况和人肠道病毒71型（humanenterovirus71，HEV71）分离株的基因特征。方法利用“中国疾病预防控制信息系统”，对2011-2013年报告的安徽省HFMD病例病原学特征进行统计分析。对从HFMD病例咽拭子标本中分离的26株HEV71进行VP1基因全长扩增和序列测定，使用生物软件DNASTAR7．1比对分析同源性和应用Mega4．1构建系统发生树。结果安徽省2011-2013年HFMD病原构成主要为HEV71，柯萨奇病毒A组16型（coxsaekievirusA16，CVA16）和其他肠道病毒，阳性检出率分别为28．74％、10．77％和15．18％。HEV71VP1区基因序列同源性比对分析和系统发生树构建表明，26株HEV71属于C4a基因亚型，与2008年安徽阜阳流行株（EU703812）相比亲缘关系较近，VPl区核苷酸和氨基酸同源性分别为92．9％-98．8％和90．3％～99．7％。结论安徽省2011-2013年HFMD的主要病原体为HEV71，其次为其他肠道病毒和CVA16。26株HEV71的基因型属C4a亚型，与中国大陆同期主要流行毒株基因型相一致。
- 史永林陈国平张永根何军栗薇薇张进胡万富
- 关键词：人肠道病毒71型手足口病VP1基因
- 2016—2017年安徽省诺如病毒感染的散发病例基因型别分析被引量：5
- 2019年
- 目的分析安徽省2016—2017年诺如病毒(Norovirus,NoV)感染的散发病例基因型别分布和分子进化特征。方法收集2016年1月至2017年12月全省哨点医院腹泻患者NoV阳性粪便标本,采用Real-time PCR检测NoV GI和GII基因组,选择部分阳性标本经RT-PCR扩增衣壳蛋白(VP1)区部分序列,进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析。结果263份NoV阳性标本中GII组239份,占90.9%;GI组24份,占9.1%。成功测序的55株GII基因组中检出GII.2、3、4/Sydney_2012、13、17、21共6个NoV GII型亚型存在,其中主要的基因型为GII. 4/Sydney 2012,占47.27%(26/55),其次为GII.17(23.64%,13/55)和GII.2(14.55%,8/55),遗传进化树显示:26株GII.4型间核苷酸序列同源性为97.8%~100%,与参考株GII.4Sydney 2012(GenBank登录号:KU720515)同源性最高为98.9%。2016年NoV的优势流行株为GII.17变异株,2017年的优势流行株为GII.4/Sydney 2012变异株。结论2016—2017年安徽省NoV感染性腹泻流行毒株仍以GII组为主,基因亚型存在多样性,两个主要基因型更替流行。
- 袁媛史永林孙永胡万富栗薇薇葛盈露
- 关键词：腹泻诺如病毒基因型系统进化树
- 安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析被引量：2
- 2020年
- 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为引起全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延的病原体而受到广泛关注。安徽省自2020年1月起陆续出现990例新型冠状病毒肺炎确诊病例。为探索SARS-CoV-2分离培养和二代测序方法构建,了解该病毒在安徽省传播的变异情况,为药物筛选和疫苗研发等工作提供基础和依据,本研究选取1例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本接种Vero细胞进行病毒分离培养,并逐日观察细胞病变,经荧光定量PCR检测确认病毒分离培养结果;采用SARS-CoV-2全基因组捕获技术及二代测序对毒株进行全基因组测序,并通过DNASTAR Lasergene MegAlign v7.1.0和PhyloSuite v1.2.1进行序列比对和进化分析;将全基因组序列上传国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果显示,样本接种Vero细胞第4d出现细胞病变,经荧光定量PCR检测确认为SARS-CoV-2毒株。该毒株基因组序列全长29 860bp,与SARS-CoV-2参比序列相似度均在99%以上,共有9个位点发生突变。与蝙蝠来源SARS样冠状病毒Bat Yunnan RaTG13相似度最高,为96.8%。本研究通过Vero细胞成功分离培养了新型冠状病毒,并分析了安徽省首个SARS-CoV-2毒株全基因组序列,为了解病毒生物学特性提供了重要的参考信息。
- 栗薇薇孙永袁媛俞俊岭陈晴晴葛盈露张竹慧何军
- 关键词：全基因组序列VERO细胞
- 市售生食水产品污染副溶血性弧菌的病原学分析被引量：5
- 2013年
- 目的通过对2011～2012年合肥市售生食水产品中分离的副溶血性弧菌血清型、毒力基因和耐药性的研究,了解生食海产品污染的副溶血性弧菌的病原学特征。方法按GB/T4789.7-2008方法进行分离鉴定,用PCR技术检测不耐热溶血素(tlh)基因、耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热直接溶血素相关溶血素基因(trh)。药敏试验采用K-B法。结果两年检获的65株副溶血性弧菌分属11个血清群,以O2(41.54%)、O1(12.31%)、O3(12.31%)群为主。65株菌均不携带tdh和trh毒力基因,tlh基因全部阳性。药敏结果显示,65株菌对15种抗生素显示出较高的青霉素(100.0%)和氨苄西林(95.4%)耐药性。结论近年来合肥市售生食水产品中污染的副溶血性弧菌以O2血清型为主,tdh基因和trh基因均为阴性。
- 袁媛孙永张钧李春撒楠栗薇薇胡万富
- 关键词：副溶血性弧菌血清群耐药性
- 安徽省境外输入新冠病毒Delta变异株的首次发现与鉴定
- 2022年
- 为鉴定此次安徽省境外输入新型冠状病毒的分子特征,本研究对两例病例进行了高通量测序和基因组序列分析。高通量测序获得两株病毒的基因组全长分别为29858nt和29858nt,利用NextStrain和2019新型冠状病毒信息库(https://ngdc.cncb.ac.cn/ncov/)在线分析对两例毒株全基因组核苷酸和氨基酸变异位点进行分析。将全基因组序列上传到(https://pangolin.cog-uk.io)和(https://clades.nextstrain.org/)网站,通过在线网站分析结果显示,两株病毒均为B.1.617.2变异株(Delta),NextStrain进化分析为21A。两株毒株分别发现了49和48个核苷酸突变位点,氨基酸的变异位点分别有35和34个,其中存在相同的7个同义突变。两株病毒主要在ORF7a基因上C27527T(P45L)的突变不同。这是安徽省首次发现境外输入的B.1.617.2变异株(Delta株)此变异株存在引发本地的流行和爆发的风险,需要严密持续的对境外输入病例进行流行病学调查和病毒基因分子特征分析。
- 王鹏栗薇薇侯赛陈晓龙吴小珉马泰田佳明袁媛俞俊岭罗婉蓉葛盈露陈晴晴周雪何军苏斌
- 关键词：新型冠状病毒全基因组测序
- 安徽省149例腹泻病例中的分离沙门菌耐药谱及耐药基因分析被引量：17
- 2020年
- 目的分析安徽省腹泻病例粪便及肛拭子标本中所分离沙门菌的耐药谱及耐药基因型。方法选取分离自2017年4—10月安徽省腹泻病例粪便及肛拭子标本的149株沙门菌,采用玻片凝集法鉴定沙门菌血清型,采用微量肉汤稀释法测定所有菌株对14种抗生素药物的敏感性。选取其中耐头孢类抗生素的菌株,采用多重PCR方法对β‐内酰胺酶编码基因blaTEM、blaSHⅤ、blaOXA?1、blaOXA?2、blaPER、blaCMY、blaCTX?M,以及黏菌素耐药基因mcr?1和mcr?2进行检测。结果腹泻病例年龄M(P25,P75)为5.0(1.1,38.5)岁,男性为92例,≤12岁病例占54.4%(81例)。149株沙门菌中,105株对除亚胺培南以外的其他13种抗生素均具有不同程度的耐药性,其中,对氨苄西林的耐药率最高,为55.0%(82株),53.0%(79株)的菌株同时对≥3类抗生素耐药(多重耐药),主要为鼠伤寒沙门菌(83.6%,46/55)和肠炎沙门菌(71.4%,20/28)。共检出53种耐药谱,最常见耐药谱为氨苄西林‐氨苄西林/舒巴坦‐四环素‐氯霉素‐头孢唑啉‐甲氧苄啶/磺胺甲噁唑,共10株。60株耐头孢类抗生素菌株中,45株携带blaTEM?1基因的菌株,其中6株同时携带blaCTX?M?14基因,3株同时携带blaCTX?M?65基因;32株单独携带blaTEM?1耐药基因,且均对氨苄西林产生耐药性,其中31株对头孢唑啉产生了耐药性;2株未检出耐药基因。检出1株携带mcr?1基因的多重耐药菌。结论安徽省沙门菌对氨苄西林耐药现象较严重,且多重耐药菌株较多;blaTEM?1型基因是检出的主要耐药基因;检出mcr?1基因提示应关注安徽省沙门菌多黏菌素耐药情况。
- 栗薇薇陈晴晴张竹慧撒楠袁媛孙永
- 关键词：沙门菌属头孢菌素类
- 安徽省2011年食源性致病菌监测结果分析被引量：2
- 2013年
- 由食品污染引起的疾病是当今世界上公共卫生问题之一。食源性致病菌是食物中毒和食源性疾病暴发的重要因素，是食品安全的重要风险隐患。开展食源性致病菌监测可以主动和早期发现并采取干预措施，系统收集食品污染资料，为风险评估提供科学依据。
- 袁媛张钧胡万富撒楠栗薇薇李春胡守奎
- 关键词：食品食源性致病菌食品污染食品安全
- 安徽省COVID-19病例临床标本检测分析被引量：1
- 2020年
- 目的对安徽省新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例标本进行新型冠状病毒核酸检测,分析各类标本检出情况,为病例确诊及判断样本带毒风险提供依据。方法采用实时荧光RT-PCR方法检测197病例466份临床标本,病毒靶基因为ORF1ab和N,应用卡方检验探讨不同标本在不同临床分型和发病时间核酸阳性率差异。结果COVID-19病例痰液标本在各临床标本中阳性率最高94.67%(160/169),其次为咽拭子88.83%(159/179),血清6.78%(4/59),全血标本阳性率较低,为5.08%(3/59)。发病0~7 d普通型患者咽拭子阳性率和痰液阳性检出率差异有统计学意义(χ^2=8.994,P=0.003)。结论痰液标本核酸阳性检出率高于咽拭子标本,COVID-19病例血液标本存在病毒核酸,存在感染风险。
- 陈晴晴何军俞俊岭史永林栗薇薇袁媛葛盈露撒楠汪梦张竹慧孙永
- 关键词：新型冠状病毒实时荧光RT-PCR
- 安徽省临床分离致泻性大肠埃希菌主要流行基因型及同源性分析被引量：4
- 2022年
- 目的了解安徽地区临床分离致泻性大肠埃希菌(DEC)的耐药状况、基因同源性及主要基因型。方法采用微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验,采用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型进行基因型检测和同源性分析。结果268株DEC中,57.1%为多重耐药菌,其中肠聚集性大肠埃希菌(EAEC)118株,肠毒素性大肠埃希菌(ETEC)98株,肠致病性大肠埃希菌(EPEC)47株,3种病理类型菌株对常用抗菌药物的耐药率分别为:氨苄西林83.9%、73.5%、78.7%,萘啶酸65.3%、75.5%、34.0%,头孢唑林53.4%、35.7%、34.0%,四环素61.0%、31.6%、74.5%,复方磺胺甲口恶唑63.6%、23.5%、46.8%,氨苄西林/舒巴坦28.0%、9.2%、29.8%,庆大霉素34.7%、7.1%、34.0%,氯霉素22.9%、5.1%、21.3%,环丙沙星18.6%、4.1%、14.9%;2株EAEC和1株ETEC对亚胺培南耐药。55株EAEC分为35个ST型,优势基因型是ST10(14.5%);55株ETEC分为14个ST型,优势基因型是ST48(32.7%)和ST218(16.4%);15株EPEC分为12个ST型,优势基因型是ST28(13.3%)、ST517(13.3%)和ST2088(13.3%)。微进化树分析结果显示:55株ETEC中,马鞍山市分别有5、3、2、2株菌100%同源,合肥市有5株菌100%同源;55株EAEC中,阜阳市、滁州市各有2株菌100%同源;15株EPEC中,有2组2株菌100%同源,分离自马鞍山市。50株EAEC PFGE同源性聚类分析结果为:100%同源有2株,分离自蚌埠市,其余菌株同源性均在90%以下;21株EPEC的基因同源性均在75%以下;30株ETEC、3株肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)和5株ETEC+aEAEC的基因同源性达97.6%、93.6%各2株,其余菌株同源性都在90%以下。结论本研究发现安徽省临床分离的DEC耐药情况较严重,其中EAEC的耐药率高于EPEC和ETEC,ETEC的耐药率在各致病型中最低。分子分型检测发现本地区临床分离的DEC基因型较分散,在各致病型中,ETEC的基因型相对集中。微进化树分析提示ETEC存在地区同源性感染。在分子分型技术上,MLST能区分出优势基因型和聚集�
- 李春孟昭倩王利郭辉栗薇薇
- 关键词：致泻性大肠埃希菌多重耐药基因型同源性
