洪旭鸿
- 作品数：1 被引量：2H指数：1
- 供职机构：福建农林大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：福建省农科院青年科技人才创新基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 丁香假单胞菌基因组内简单重复序列的比较分析被引量：2
- 2012年
- 【目的】分析丁香假单胞菌3个致病变种基因组内简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),为病菌SSR标记开发和遗传多样性研究提供有用信息。【方法】基于公共的基因组数据库资源,对3个菌株的完全重复SSR和不完全重复SSR的丰度和组成类型等进行分析。【结果】3个菌株完全重复SSR的分布规律较为相似,其中单碱基的短重复SSR均占绝对优势,多碱基和长重复SSR则较少;菌株B728a、1448A和DC3000的不完全重复SSR总数也较相近,分别为562、529和567,其中数量最多的均为六碱基重复。但3个菌株以四、五和六碱基为基序的SSR在基序组成和数量上则表现出较高的变异性,完全重复SSR中,除AGCC、ACCTGC等基序在两个菌株中同时出现,绝大多数基序仅在单个菌株基因组内出现;不完全重复SSR中,部分基序如CCCTG、ACGCA等的出现频率在不同菌株间存在明显差异。【结论】3个菌株的不完全重复SSR在数量和结构类型上均具有较大的相似性,而菌株间的完全重复SSR在数量和组成上则存在一定差异。
- 连玲丽洪旭鸿郑璐平黄碧芳谢荔岩林奇英
- 关键词：丁香假单胞菌简单重复序列基因组
